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タイトルTwo solutions for efficient light-harvesting in phototrophic .
ジャーナル・号・ページmSystems, Vol. 11, Issue 1, Page e0109425, Year 2026
掲載日2026年1月20日
著者Alastair T Gardiner / Yibo Jin / David Bína / Maarten Joosten / David Kaftan / Izabela Mujakić / Zdenko Gardian / Pablo Castro-Hartmann / Pu Qian / Michal Koblížek /
PubMed 要旨Phototrophic Gemmatimonadota represent a unique group of phototrophic bacteria that acquired a complete set of photosynthetic genes via horizontal gene transfer and later evolved independently. () ...Phototrophic Gemmatimonadota represent a unique group of phototrophic bacteria that acquired a complete set of photosynthetic genes via horizontal gene transfer and later evolved independently. () contains photosynthetic complexes with two concentric light-harvesting antenna rings that absorb at 816 and 868 nm, allowing it to better exploit the light conditions found deeper in the water column. The closely related species , with highly similar photosynthetic genes, harvests infrared light using a single 860 nm absorption band. The cryo-electron microscopy structure of the photosynthetic complex reveals that the outer antenna lacks monomeric bacteriochlorophylls, resulting in a smaller optical antenna cross-section. The spectrum is red-shifted relative to due to the formation of a H-bond enabled by a different rotamer conformation of αTrp in the outer ring. This H-bond forms with a neighboring bacteriochlorophyll and increases the intra-dimer exciton coupling, affecting the exciton localization probability within the rings and increasing exciton cooperativity between the complexes. The functional consequences of the spectral shift, caused solely by a subtle conformational change of a single residue, represent a novel mechanism in which phototrophic organisms adjust their antennae for particular light conditions and enable to grow higher in the water column where more photons are available.IMPORTANCEThe photoheterotrophic species of the phylum Gemmatimonadota employ unique photosynthetic complexes with two concentric antenna rings around a central reaction center. In contrast to other phototrophic species, these organisms have not evolved any regulatory systems to control the expression of their photosynthetic apparatus under different light conditions. Despite the overall similarity, the complexes present in and have different absorption properties in the near-infrared region of the spectrum that make them more suitable for low or medium light, respectively. The main difference in absorption depends on the conformation of a single tryptophan residue that can form an H-bond with a neighboring bacteriochlorophyll. The presence or absence of this H-bond affects how the protein scaffold interacts with the bacteriochlorophylls, which in turn determines how light energy is transferred within and between the photosynthetic complexes.
リンクmSystems / PubMed:41342568 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 Å
構造データ

EMDB-51760, PDB-9h19:
Cryo-EM structure of RC-dLH complex model I from Gem. groenlandica strain TET16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-51788, PDB-9h22:
Cryo EM structure of RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-V7N:
(2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{Z},24~{E},26~{E},28~{E})-23-methanoyl-31-methoxy-2,6,10,14,19,27,31-heptamethyl-dotriaconta-2,4,6,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-tridecaenoic acid

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

ChemComp-PEX:
1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

ChemComp-MQ8:
MENAQUINONE 8

ChemComp-CD4:
(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A

ChemComp-FE:
Unknown entry

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / reaction centre light harvesting complex / RC-dLH / photosynthetic bacteria / gemmatimonas groenlandica / reaction cennter light harvesting complex / RC-LH1 / cryo-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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