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- EMDB-51447: MukEF in complex with the phage protein gp5.9 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51447
タイトルMukEF in complex with the phage protein gp5.9
マップデータPrimary map
試料
  • 複合体: Reconstituted complex of gp5.9/MukEF
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukF
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukE
    • タンパク質・ペプチド: Probable RecBCD inhibitor gp5.9
キーワードSMC complex / Chromosome segregation / DNA mimic / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex / nucleoid / chromosome condensation / chromosome segregation / DNA replication / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / cell division / : / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukE-like family / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Chromosome partition protein MukF, C-terminal domain / MukF, middle domain superfamily / MukF, C-terminal domain superfamily ...Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukE-like family / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Chromosome partition protein MukF, C-terminal domain / MukF, middle domain superfamily / MukF, C-terminal domain superfamily / MukF winged-helix domain / MukF middle domain / MukF C-terminal domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable RecBCD inhibitor gp5.9 / Chromosome partition protein MukE / Chromosome partition protein MukF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Burmann F / Wilkinson O / Kimanius D / Dillingham M / Lowe J
資金援助European Union, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)605-2019European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/Y004426/1 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Mechanism of DNA capture by the MukBEF SMC complex and its inhibition by a viral DNA mimic.
著者: Frank Bürmann / Bryony Clifton / Sophie Koekemoer / Oliver J Wilkinson / Dari Kimanius / Mark S Dillingham / Jan Löwe /
要旨: Ring-like structural maintenance of chromosome (SMC) complexes are crucial for genome organization and operate through mechanisms of DNA entrapment and loop extrusion. Here, we explore the DNA ...Ring-like structural maintenance of chromosome (SMC) complexes are crucial for genome organization and operate through mechanisms of DNA entrapment and loop extrusion. Here, we explore the DNA loading process of the bacterial SMC complex MukBEF. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we demonstrate that ATP binding opens one of MukBEF's three potential DNA entry gates, exposing a DNA capture site that positions DNA at the open neck gate. We discover that the gp5.9 protein of bacteriophage T7 blocks this capture site by DNA mimicry, thereby preventing DNA loading and inactivating MukBEF. We propose a comprehensive and unidirectional loading mechanism in which DNA is first captured at the complex's periphery and then ingested through the DNA entry gate, powered by a single cycle of ATP hydrolysis. These findings illuminate a fundamental aspect of how ubiquitous DNA organizers are primed for genome maintenance and demonstrate how this process can be disrupted by viruses.
履歴
登録2024年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51447.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51447.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.42 Å/pix.
x 210 pix.
= 298.815 Å		1.42 Å/pix.
x 210 pix.
= 298.815 Å		1.42 Å/pix.
x 210 pix.
= 298.815 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.42293 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.019885592 - 0.05103972
平均 (標準偏差)0.0000035603841 (±0.00131335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 298.8153 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51447_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_51447_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_51447_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_51447_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Reconstituted complex of gp5.9/MukEF

全体名称: Reconstituted complex of gp5.9/MukEF
要素
  • 複合体: Reconstituted complex of gp5.9/MukEF
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukF
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukE
    • タンパク質・ペプチド: Probable RecBCD inhibitor gp5.9

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超分子 #1: Reconstituted complex of gp5.9/MukEF

超分子名称: Reconstituted complex of gp5.9/MukEF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 233 KDa

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分子 #1: Chromosome partition protein MukF

分子名称: Chromosome partition protein MukF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 50.635727 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSEFSQTVPE LVAWARKNDF SISLPVDRLS FLLAVATLNG ERLDGEMSEG ELVDAFRHVS DAFEQTSETI GVRANNAIND MVRQRLLNR FTSEQAEGNA IYRLTPLGIG ITDYYIRQRE FSTLRLSMQL SIVAGELKRA ADAAEEGGDE FHWHRNVYAP L KYSVAEIF ...文字列:
MSEFSQTVPE LVAWARKNDF SISLPVDRLS FLLAVATLNG ERLDGEMSEG ELVDAFRHVS DAFEQTSETI GVRANNAIND MVRQRLLNR FTSEQAEGNA IYRLTPLGIG ITDYYIRQRE FSTLRLSMQL SIVAGELKRA ADAAEEGGDE FHWHRNVYAP L KYSVAEIF DSIDLTQRLM DEQQQQVKDD IAQLLNKDWR AAISSCELLL SETSGTLREL QDTLEAAGDK LQANLLRIQD AT MTHDDLH FVDRLVFDLQ SKLDRIISWG QQSIDLWIGY DRHVHKFIRT AIDMDKNRVF AQRLRQSVQT YFDEPWALTY ANA DRLLDM RDEEMALRDE EVTGELPEDL EYEEFNEIRE QLAAIIEEQL AVYKTRQVPL DLGLVVREYL SQYPRARHFD VARI VIDQA VRLGVAQADF TGLPAKWQPI NDYGAKVQAH VIDKY

UniProtKB: Chromosome partition protein MukF

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分子 #2: Chromosome partition protein MukE

分子名称: Chromosome partition protein MukE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 27.006484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSTNIEQVM PVKLAQALAN PLFPALDSAL RSGRHIGLDE LDNHAFLMDF QEYLEEFYAR YNVELIRAPE GFFYLRPRST TLIPRSVLS ELDMMVGKIL CYLYLSPERL ANEGIFTQQE LYDELLTLAD EAKLLKLVNN RSTGSDVDRQ KLQEKVRSSL N RLRRLGMV ...文字列:
MSSTNIEQVM PVKLAQALAN PLFPALDSAL RSGRHIGLDE LDNHAFLMDF QEYLEEFYAR YNVELIRAPE GFFYLRPRST TLIPRSVLS ELDMMVGKIL CYLYLSPERL ANEGIFTQQE LYDELLTLAD EAKLLKLVNN RSTGSDVDRQ KLQEKVRSSL N RLRRLGMV WFMGHDSSKF RITESVFRFG ADVRAGDDPR EAQRRLIRDG EAMPIENHLQ LNDETEENQP DSGEEE

UniProtKB: Chromosome partition protein MukE

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分子 #3: Probable RecBCD inhibitor gp5.9

分子名称: Probable RecBCD inhibitor gp5.9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 6.260819 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
GPGMSRDLVT IPRDVWNDIQ GYIDSLEREN DSLKNQLMEA DEYVAELEEK LNGTS

UniProtKB: Probable RecBCD inhibitor gp5.9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57528
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: OTHER

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9gmb:
MukEF in complex with the phage protein gp5.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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