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- EMDB-50803: Cryo-EM structure of single-layered nucleoprotein-RNA helical ass... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50803
タイトルCryo-EM structure of single-layered nucleoprotein-RNA helical assembly from Marburg virus, trimeric repeat unit
マップデータ
試料
  • 複合体: Helical assembly of nucleoprotein-RNA complex from Marburg virus
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
キーワードRNA-binding protein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zinzula L / Beck F / Camasta M / Bohn S / Liu C / Morado D / Bracher A / Plitzko JM / Baumeister W
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of single-layered nucleoprotein-RNA complex from Marburg virus
著者: Zinzula L / Beck F / Camasta M / Bohn S / Liu C / Morado D / Bracher A / Plitzko JM / Baumeister W
履歴
登録2024年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50803.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50803.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 512 pix.
= 476.16 Å		0.93 Å/pix.
x 512 pix.
= 476.16 Å		0.93 Å/pix.
x 512 pix.
= 476.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00243
最小 - 最大-0.009025586 - 0.013647945
平均 (標準偏差)0.000007109935 (±0.0006129704)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 476.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50803_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50803_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50803_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helical assembly of nucleoprotein-RNA complex from Marburg virus

全体名称: Helical assembly of nucleoprotein-RNA complex from Marburg virus
要素
  • 複合体: Helical assembly of nucleoprotein-RNA complex from Marburg virus
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')

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超分子 #1: Helical assembly of nucleoprotein-RNA complex from Marburg virus

超分子名称: Helical assembly of nucleoprotein-RNA complex from Marburg virus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 (ウイルス)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 (ウイルス)
分子量理論値: 49.495105 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GMDLHSLLEL GTKPTAPHVR NKKVILFDTN HQVSICNQII DAINSGIDLG DLLEGGLLTL CVEHYYNSDK DKFNTSPIAK YLRDAGYEF DVIKNADATR FLDVIPNEPH YSPLILALKT LESTESQRGR IGLFLSFCSL FLPKLVVGDR ASIEKALRQV T VHQEQGIV ...文字列:
GMDLHSLLEL GTKPTAPHVR NKKVILFDTN HQVSICNQII DAINSGIDLG DLLEGGLLTL CVEHYYNSDK DKFNTSPIAK YLRDAGYEF DVIKNADATR FLDVIPNEPH YSPLILALKT LESTESQRGR IGLFLSFCSL FLPKLVVGDR ASIEKALRQV T VHQEQGIV TYPNHWLTTG HMKVIFGILR SSFILKFVLI HQGVNLVTGH DAYDSIISNS VGQTRFSGLL IVKTVLEFIL QK TDSGVTL HPLVRTSKVK NEVASFKQAL SNLARHGEYA PFARVLNLSG INNLEHGLYP QLSAIALGVA TAHGSTLAGV NVG EQYQQL REAAHDAEVK LQRRHEHQEI QAIAEDDEER KILEQFHLQK TEITHSQTLA VLSQKREKLA RLAAEIENNI VEDQ GFKQS QNRVSQSFLN DPTPVEVTVQ ARPMNRVEHH HHHHHH

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 5
由来(天然)生物種: Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 (ウイルス)
分子量理論値: 5.816651 KDa
配列文字列:
AGACACACAA AAACAAGA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1.25 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 5518 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.86924 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 14.732 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 12135
Segment selection選択した数: 67385 / ソフトウェア - 名称: crYOLO (ver. 1.7.6)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9fvd:
Cryo-EM structure of single-layered nucleoprotein-RNA helical assembly from Marburg virus, trimeric repeat unit

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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