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万見
- EMDB-50585: Icosahedral Encapsulin with a closed pore state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50585
タイトルIcosahedral Encapsulin with a closed pore state
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of encapsulin shell containing engineered tandem dimer NfsB
    • タンパク質・ペプチド: 29 kDa antigen Cfp29
キーワードNanocompartment / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / plasma membrane / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Capper MJ / Kohhnke J
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101002326European Union
引用ジャーナル: RSC Chem Biol / 年: 2024
タイトル: A nanoengineered tandem nitroreductase: designing a robust prodrug-activating nanoreactor.
著者: Mariia Zmyslia / Michael J Capper / Michael Grimmeisen / Kerstin Sartory / Benedikt Deuringer / Mohamed Abdelsalam / Kaiwei Shen / Manfred Jung / Wolfgang Sippl / Hans-Georg Koch / Laurine ...著者: Mariia Zmyslia / Michael J Capper / Michael Grimmeisen / Kerstin Sartory / Benedikt Deuringer / Mohamed Abdelsalam / Kaiwei Shen / Manfred Jung / Wolfgang Sippl / Hans-Georg Koch / Laurine Kaul / Regine Süss / Jesko Köhnke / Claudia Jessen-Trefzer /
要旨: Nitroreductases are important enzymes for a variety of applications, including cancer therapy and bioremediation. They often require encapsulation to improve stability and activity. We focus on ...Nitroreductases are important enzymes for a variety of applications, including cancer therapy and bioremediation. They often require encapsulation to improve stability and activity. We focus on genetically encoded encapsulation of nitroreductases within protein capsids, like encapsulins. Our study showcases the encapsulation of nitroreductase NfsB as functional dimers within encapsulins, which enhances protein activity and stability in diverse conditions. Mutations within the pore region are beneficial for activity of the encapsulated enzyme, potentially by increasing diffusion rates. Cryogenic electron microscopy reveals the overall architecture of the encapsulated dimeric NfsB within the nanoreactor environment and identifies multiple pore states in the shell. These findings highlight the potential of encapsulins as versatile tools for enhancing enzyme performance across various fields.
履歴
登録2024年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50585.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50585.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 512 pix.
= 400.998 Å		0.78 Å/pix.
x 512 pix.
= 400.998 Å		0.78 Å/pix.
x 512 pix.
= 400.998 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.15212537 - 0.4018437
平均 (標準偏差)0.0006177854 (±0.014320284)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 400.9984 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50585_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50585_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50585_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of encapsulin shell containing engineered tande...

全体名称: Cryo-EM structure of encapsulin shell containing engineered tandem dimer NfsB
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of encapsulin shell containing engineered tandem dimer NfsB
    • タンパク質・ペプチド: 29 kDa antigen Cfp29

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超分子 #1: Cryo-EM structure of encapsulin shell containing engineered tande...

超分子名称: Cryo-EM structure of encapsulin shell containing engineered tandem dimer NfsB
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

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分子 #1: 29 kDa antigen Cfp29

分子名称: 29 kDa antigen Cfp29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 30.045578 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNNLYRDLAP ITESAWAEIE LEATRTFKRH IAGRRVVDVS GPNGPTTASV STGHLLDVSP PGDGVIAHLR DAKPLVRLRV PFTVARRDI DDVERGSQDS DWDPVKDAAK KLAFVEDRAI FEGYAAASIE GIRSSSSNPA LALPDDAREI PDVIAQALSE L RLAGVDGP ...文字列:
MNNLYRDLAP ITESAWAEIE LEATRTFKRH IAGRRVVDVS GPNGPTTASV STGHLLDVSP PGDGVIAHLR DAKPLVRLRV PFTVARRDI DDVERGSQDS DWDPVKDAAK KLAFVEDRAI FEGYAAASIE GIRSSSSNPA LALPDDAREI PDVIAQALSE L RLAGVDGP YSVLLSAETY TKVSETTAHG YPIREHINRL VDGEIIWAPA IDGAFVLSTR GGDFDLQLGT DVSIGYLSHD AE VVHLYME ETMTFLCYTA EASVALTPEL WSHPQFEK

UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
100.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 308711
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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