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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Composite map of the CD163/Hp(1-1)Hb complex (Map K) | |||||||||
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![]() | CD163 / M130 / Scavenger receptor / Haptoglobin / Hemoglobin / Hb / Hp / HpHb / Hp(1-1)Hb / hemolysis / ENDOCYTOSIS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / zymogen activation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / scavenger receptor activity / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption ...negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / zymogen activation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / scavenger receptor activity / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / antioxidant activity / oxygen transport / immune system process / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / acute-phase response / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / defense response / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / specific granule lumen / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / endocytic vesicle membrane / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / scaffold protein binding / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / defense response to bacterium / iron ion binding / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Huang C-S / White JBR / Degtjarik O | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural elucidation of the haptoglobin-hemoglobin clearance mechanism by macrophage scavenger receptor CD163. 著者: Ching-Shin Huang / Hui Wang / Joshua B R White / Oksana Degtjarik / Cindy Huynh / Kristoffer Brannstrom / Mark T Horn / Stephen P Muench / William S Somers / Javier Chaparro-Riggers / Laura Lin / Lidia Mosyak / ![]() ![]() 要旨: Intravascular hemolysis releases hemoglobin into the bloodstream, which can damage vascular and renal tissues due to its oxidative nature. Circulating haptoglobin acts as a primary defense by binding ...Intravascular hemolysis releases hemoglobin into the bloodstream, which can damage vascular and renal tissues due to its oxidative nature. Circulating haptoglobin acts as a primary defense by binding to free hemoglobin, forming a haptoglobin-hemoglobin (HpHb) complex that is then recognized and cleared by the CD163 scavenger receptor on macrophages. While the function and structure of HpHb complex are mostly well-defined, the molecular mechanism underlying its interaction with CD163 remains unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structures of human CD163 in its unliganded state and in its complex with HpHb. These structures reveal that CD163 functions as a trimer, forming a composite binding site at its center for one protomer of the dimeric HpHb, resulting in a 3:1 binding stoichiometry. In the unliganded state, CD163 can also form a trimer, but in an autoinhibitory configuration that occludes the ligand binding site. Widespread electrostatic interactions mediated by calcium ions are pivotal in both pre-ligand and ligand-bound receptor assemblies. This calcium-dependent mechanism enables CD163/HpHb complexes to assemble and, once internalized, disassemble into individual components upon reaching the endosome, where low calcium and lower pH conditions prevail. Collectively, this study elucidates the molecular mechanism by which CD163-mediated endocytosis efficiently clears different isoforms of HpHb. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 129.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 110 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9nb6MC ![]() 9nb5C ![]() 9nb8C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : CD163/Hp(1-1)Hb complex
全体 | 名称: CD163/Hp(1-1)Hb complex |
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要素 |
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-超分子 #1: CD163/Hp(1-1)Hb complex
超分子 | 名称: CD163/Hp(1-1)Hb complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 530 KDa |
-分子 #1: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130
分子 | 名称: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 109.731555 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SSLGGTDKEL RLVDGENKCS GRVEVKVQEE WGTVCNNGWS MEAVSVICNQ LGCPTAIKAP GWANSSAGSG RIWMDHVSCR GNESALWDC KHDGWGKHSN CTHQQDAGVT CSDGSNLEMR LTRGGNMCSG RIEIKFQGRW GTVCDDNFNI DHASVICRQL E CGSAVSFS ...文字列: SSLGGTDKEL RLVDGENKCS GRVEVKVQEE WGTVCNNGWS MEAVSVICNQ LGCPTAIKAP GWANSSAGSG RIWMDHVSCR GNESALWDC KHDGWGKHSN CTHQQDAGVT CSDGSNLEMR LTRGGNMCSG RIEIKFQGRW GTVCDDNFNI DHASVICRQL E CGSAVSFS GSSNFGEGSG PIWFDDLICN GNESALWNCK HQGWGKHNCD HAEDAGVICS KGADLSLRLV DGVTECSGRL EV RFQGEWG TICDDGWDSY DAAVACKQLG CPTAVTAIGR VNASKGFGHI WLDSVSCQGH EPAIWQCKHH EWGKHYCNHN EDA GVTCSD GSDLELRLRG GGSRCAGTVE VEIQRLLGKV CDRGWGLKEA DVVCRQLGCG SALKTSYQVY SKIQATNTWL FLSS CNGNE TSLWDCKNWQ WGGLTCDHYE EAKITCSAHR EPRLVGGDIP CSGRVEVKHG DTWGSICDSD FSLEAASVLC RELQC GTVV SILGGAHFGE GNGQIWAEEF QCEGHESHLS LCPVAPRPEG TCSHSRDVGV VCSRYTEIRL VNGKTPCEGR VELKTL GAW GSLCNSHWDI EDAHVLCQQL KCGVALSTPG GARFGKGNGQ IWRHMFHCTG TEQHMGDCPV TALGASLCPS EQVASVI CS GNQSQTLSSC NSSSLGPTRP TIPEESAVAC IESGQLRLVN GGGRCAGRVE IYHEGSWGTI CDDSWDLSDA HVVCRQLG C GEAINATGSA HFGEGTGPIW LDEMKCNGKE SRIWQCHSHG WGQQNCRHKE DAGVICSEFM SLRLTSEASR EACAGRLEV FYNGAWGTVG KSSMSETTVG VVCRQLGCAD KGKINPASLD KAMSIPMWVD NVQCPKGPDT LWQCPSSPWE KRLASPSEET WITCDNKIR LQEGPTSCSG RVEIWHGGSW GTVCDDSWDL DDAQVVCQQL GCGPALKAFK EAEFGQGTGP IWLNEVKCKG N ESSLWDCP ARRWGHSECG HKEDAAVNCT DISVQKTPQK ATTGRSHHHH HHHH UniProtKB: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130 |
-分子 #2: Hemoglobin subunit alpha
分子 | 名称: Hemoglobin subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 15.28155 KDa |
配列 | 文字列: MVLSPADKTN VKAAWGKVGA HAGEYGAEAL ERMFLSFPTT KTYFPHFDLS HGSAQVKGHG KKVADALTNA VAHVDDMPNA LSALSDLHA HKLRVDPVNF KLLSHCLLVT LAAHLPAEFT PAVHASLDKF LASVSTVLTS KYR UniProtKB: Hemoglobin subunit alpha |
-分子 #3: Hemoglobin subunit beta
分子 | 名称: Hemoglobin subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 16.021396 KDa |
配列 | 文字列: MVHLTPEEKS AVTALWGKVN VDEVGGEALG RLLVVYPWTQ RFFESFGDLS TPDAVMGNPK VKAHGKKVLG AFSDGLAHLD NLKGTFATL SELHCDKLHV DPENFRLLGN VLVCVLAHHF GKEFTPPVQA AYQKVVAGVA NALAHKYH UniProtKB: Hemoglobin subunit beta |
-分子 #4: Isoform 2 of Haptoglobin
分子 | 名称: Isoform 2 of Haptoglobin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.497652 KDa |
配列 | 文字列: MSALGAVIAL LLWGQLFAVD SGNDVTDIAD DGCPKPPEIA HGYVEHSVRY QCKNYYKLRT EGDGVYTLNN EKQWINKAVG DKLPECEAV CGKPKNPANP VQRILGGHLD AKGSFPWQAK MVSHHNLTTG ATLINEQWLL TTAKNLFLNH SENATAKDIA P TLTLYVGK ...文字列: MSALGAVIAL LLWGQLFAVD SGNDVTDIAD DGCPKPPEIA HGYVEHSVRY QCKNYYKLRT EGDGVYTLNN EKQWINKAVG DKLPECEAV CGKPKNPANP VQRILGGHLD AKGSFPWQAK MVSHHNLTTG ATLINEQWLL TTAKNLFLNH SENATAKDIA P TLTLYVGK KQLVEIEKVV LHPNYSQVDI GLIKLKQKVS VNERVMPICL PSKDYAEVGR VGYVSGWGRN ANFKFTDHLK YV MLPVADQ DQCIRHYEGS TVPEKKTPKS PVGVQPILNE HTFCAGMSKY QEDTCYGDAG SAFAVHDLEE DTWYATGILS FDK SCAVAE YGVYVKVTSI QDWVQKTIAE N UniProtKB: Haptoglobin |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #6: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 23 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #7: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HEM: |
-分子 #8: OXYGEN MOLECULE
分子 | 名称: OXYGEN MOLECULE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: OXY |
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分子量 | 理論値: 31.999 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-O2: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |