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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4919
タイトルSTRUCTURE OF THE MECHANOSENSITIVE CHANNEL MSCS EMBEDDED IN THE MEMBRANE BILAYER
マップデータRELION post-processed map; no mask; applied b-factor of -139; new box 250 px
試料
  • 複合体: MSCS IN NANODISCSMicrosoft Clustering Service
    • タンパク質・ペプチド: Small-conductance mechanosensitive channel
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / CHANNEL / MECHANOSENSITIVE
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / protein homooligomerization / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Mechanosensitive ion channel MscS, archaea/bacteria type / Conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel, conserved TM helix / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal ...Mechanosensitive ion channel MscS, archaea/bacteria type / Conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel, conserved TM helix / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small-conductance mechanosensitive channel
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Rasmussen T / Flegler VJ
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationBo1150/15-1 ドイツ
German Research FoundationINST 93/903-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structure of the Mechanosensitive Channel MscS Embedded in the Membrane Bilayer.
著者: Tim Rasmussen / Vanessa J Flegler / Akiko Rasmussen / Bettina Böttcher /
要旨: Since life has emerged, gradients of osmolytes over the cell membrane cause pressure changes in the cell and require tight regulation to prevent cell rupture. The mechanosensitive channel of small ...Since life has emerged, gradients of osmolytes over the cell membrane cause pressure changes in the cell and require tight regulation to prevent cell rupture. The mechanosensitive channel of small conductance (MscS) releases solutes and water when a hypo-osmotic shock raises the pressure in the cell. It is a member of a large family of MscS-like channels found in bacteria, archaea, fungi and plants and model for mechanosensation. MscS senses the increase of tension in the membrane directly by the force from the lipids, but the molecular mechanism is still elusive. We determined the lipid interactions of MscS by resolving the structure of Escherichia coli MscS embedded in membrane discs to 2.9-Å resolution using cryo-electron microscopy. The membrane is attached only to parts of the sensor paddles of MscS, but phospholipid molecules move through grooves into remote pockets on the cytosolic side. On the periplasmic side, a lipid bound by R88 at the pore entrance is separated from the membrane by TM1 helices. The N-terminus interacts with the periplasmic membrane surface. We demonstrate that the unique membrane domain of MscS promotes deep penetration of lipid molecules and shows multimodal interaction with the membrane to fine-tune tension sensing.
履歴
登録2019年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月12日-
マップ公開2019年7月24日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rld
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4919.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RELION post-processed map; no mask; applied b-factor of -139; new box 250 px
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0635 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0259 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.10170747 - 0.24689966
平均 (標準偏差)-0.00006331766 (±0.008011345)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 265.875 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06351.06351.0635
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z265.875265.875265.875
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.1020.247-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: RELION unfiltered half map; last refinement; new box 250 px

ファイルemd_4919_half_map_1.map
注釈RELION unfiltered half map; last refinement; new box 250 px
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: RELION unfiltered half map; last refinement; new box 250 px

ファイルemd_4919_half_map_2.map
注釈RELION unfiltered half map; last refinement; new box 250 px
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MSCS IN NANODISCS

全体名称: MSCS IN NANODISCSMicrosoft Clustering Service
要素
  • 複合体: MSCS IN NANODISCSMicrosoft Clustering Service
    • タンパク質・ペプチド: Small-conductance mechanosensitive channel
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: MSCS IN NANODISCS

超分子名称: MSCS IN NANODISCS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: MSCS WITH MSP1E3D1 AND AZOLECTINE
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: Small-conductance mechanosensitive channel

分子名称: Small-conductance mechanosensitive channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 30.922898 KDa
配列文字列: MEDLNVVDSI NGAGSWLVAN QALLLSYAVN IVAALAIIIV GLIIARMISN AVNRLMISRK IDATVADFLS ALVRYGIIAF TLIAALGRV GVQTASVIAV LGAAGLAVGL ALQGSLSNLA AGVLLVMFRP FRAGEYVDLG GVAGTVLSVQ IFSTTMRTAD G KIIVIPNG ...文字列:
MEDLNVVDSI NGAGSWLVAN QALLLSYAVN IVAALAIIIV GLIIARMISN AVNRLMISRK IDATVADFLS ALVRYGIIAF TLIAALGRV GVQTASVIAV LGAAGLAVGL ALQGSLSNLA AGVLLVMFRP FRAGEYVDLG GVAGTVLSVQ IFSTTMRTAD G KIIVIPNG KIIAGNIINF SREPVRRNEF IIGVAYDSDI DQVKQILTNI IQSEDRILKD REMTVRLNEL GASSINFVVR VW SNSGDLQ NVYWDVLERI KREFDAAGIS FPYPQMDVNF KRVKEDKAA

UniProtKB: Small-conductance mechanosensitive channel

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分子 #2: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 21 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.40 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: QUANTIFOIL R1.2/1.3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#0 - 検出モード: COUNTING / #0 - 実像数: 4160 / #0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#1 - 検出モード: COUNTING / #1 - 実像数: 1133 / #1 - 平均電子線量: 56.0 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#2 - 検出モード: INTEGRATING / #2 - 実像数: 3086 / #2 - 平均電子線量: 75.0 e/Å2 / #3 - Image recording ID: 4
#3 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#3 - 検出モード: INTEGRATING / #3 - 実像数: 3738 / #3 - 平均電子線量: 100.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: EMDB: 3035
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 302157
Image recording ID1
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2oau


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6rld:
STRUCTURE OF THE MECHANOSENSITIVE CHANNEL MSCS EMBEDDED IN THE MEMBRANE BILAYER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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