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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4894 | |||||||||
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タイトル | Single particle cryo-EM reconstruction of a 16-mer assembly of reduced recombinant human alphaA-crystallin. | |||||||||
![]() | Single particle cryo-EM reconstruction of a 16-mer assembly of reduced recombinant human alphaA-crystallin. | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of intracellular transport / response to stimulus / structural constituent of eye lens / visual perception / unfolded protein binding / protein stabilization / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / protein-containing complex / nucleoplasm ...negative regulation of intracellular transport / response to stimulus / structural constituent of eye lens / visual perception / unfolded protein binding / protein stabilization / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å | |||||||||
![]() | Peters C / Kaiser CJO / Buchner J / Weinkauf S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure and oxidation of the eye lens chaperone αA-crystallin. 著者: Christoph J O Kaiser / Carsten Peters / Philipp W N Schmid / Maria Stavropoulou / Juan Zou / Vinay Dahiya / Evgeny V Mymrikov / Beate Rockel / Sam Asami / Martin Haslbeck / Juri Rappsilber / ...著者: Christoph J O Kaiser / Carsten Peters / Philipp W N Schmid / Maria Stavropoulou / Juan Zou / Vinay Dahiya / Evgeny V Mymrikov / Beate Rockel / Sam Asami / Martin Haslbeck / Juri Rappsilber / Bernd Reif / Martin Zacharias / Johannes Buchner / Sevil Weinkauf / ![]() ![]() 要旨: The small heat shock protein αA-crystallin is a molecular chaperone important for the optical properties of the vertebrate eye lens. It forms heterogeneous oligomeric ensembles. We determined the ...The small heat shock protein αA-crystallin is a molecular chaperone important for the optical properties of the vertebrate eye lens. It forms heterogeneous oligomeric ensembles. We determined the structures of human αA-crystallin oligomers by combining cryo-electron microscopy, cross-linking/mass spectrometry, NMR spectroscopy and molecular modeling. The different oligomers can be interconverted by the addition or subtraction of tetramers, leading to mainly 12-, 16- and 20-meric assemblies in which interactions between N-terminal regions are important. Cross-dimer domain-swapping of the C-terminal region is a determinant of αA-crystallin heterogeneity. Human αA-crystallin contains two cysteines, which can form an intramolecular disulfide in vivo. Oxidation in vitro requires conformational changes and oligomer dissociation. The oxidized oligomers, which are larger than reduced αA-crystallin and destabilized against unfolding, are active chaperones and can transfer the disulfide to destabilized substrate proteins. The insight into the structure and function of αA-crystallin provides a basis for understanding its role in the eye lens. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 5.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 71.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 228.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 227.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single particle cryo-EM reconstruction of a 16-mer assembly of reduced recombinant human alphaA-crystallin. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Reduced recombinant human alphaA-crystallin
全体 | 名称: Reduced recombinant human alphaA-crystallin |
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要素 |
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-超分子 #1: Reduced recombinant human alphaA-crystallin
超分子 | 名称: Reduced recombinant human alphaA-crystallin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Recombinant wild type full-length human alphaA-crystallin purified in the presence of reductant. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 319 KDa |
-分子 #1: alphaA-crystallin
分子 | 名称: alphaA-crystallin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Wild type full sequence / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDVTIQHPWF KRTLGPFYPS RLFDQFFGEG LFEYDLLPFL SSTISPYYRQ SLFRTVLDSG ISEVRSDRD KFVIFLDVKH FSPEDLTVKV QDDFVEIHGK HNERQDDHGY ISREFHRRYR L PSNVDQSA LSCSLSADGM LTFCGPKIQT GLDATHAERA IPVSREEKPT SAPSS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Buffer was prepared without EDTA and DTT. EDTA stock (500mM) was titrated to pH 8 and added to 1 mM. DTT stock (1M) was added to 1mM. | |||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 293 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Diluted equilibrated specimen was added to glow-discharged (30s) grids. Sample was blotted 30s after sample application and immediately plunged.. | |||||||||||||||||||||
詳細 | Specimen was thawed, diluted to the final concentration and equilibrated at 310K for 3h. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 撮影したグリッド数: 3 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 37000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |