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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4890 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-transcriptional capping complex | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Post-processed cryo-EM map. | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 polynucleotide 5'-phosphatase / virion component => GO:0044423 / DNA-templated viral transcription / inorganic triphosphate phosphatase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex ...polynucleotide 5'-phosphatase / virion component => GO:0044423 / DNA-templated viral transcription / inorganic triphosphate phosphatase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription termination / virion component / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Hillen HS / Bartuli J / Grimm C / Dienemann C / Bedenk K / Szalar A / Fischer U / Cramer P | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 7件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Structural Basis of Poxvirus Transcription: Transcribing and Capping Vaccinia Complexes. 著者: Hauke S Hillen / Julia Bartuli / Clemens Grimm / Christian Dienemann / Kristina Bedenk / Aladar A Szalay / Utz Fischer / Patrick Cramer / 要旨: Poxviruses use virus-encoded multisubunit RNA polymerases (vRNAPs) and RNA-processing factors to generate mG-capped mRNAs in the host cytoplasm. In the accompanying paper, we report structures of ...Poxviruses use virus-encoded multisubunit RNA polymerases (vRNAPs) and RNA-processing factors to generate mG-capped mRNAs in the host cytoplasm. In the accompanying paper, we report structures of core and complete vRNAP complexes of the prototypic Vaccinia poxvirus (Grimm et al., 2019; in this issue of Cell). Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Vaccinia vRNAP in the form of a transcribing elongation complex and in the form of a co-transcriptional capping complex that contains the viral capping enzyme (CE). The trifunctional CE forms two mobile modules that bind the polymerase surface around the RNA exit tunnel. RNA extends from the vRNAP active site through this tunnel and into the active site of the CE triphosphatase. Structural comparisons suggest that growing RNA triggers large-scale rearrangements on the surface of the transcription machinery during the transition from transcription initiation to RNA capping and elongation. Our structures unravel the basis for synthesis and co-transcriptional modification of poxvirus RNA. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4890.map.gz | 13.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4890-v30.xml emd-4890.xml | 47.4 KB 47.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4890_fsc.xml | 12.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4890.png | 163.3 KB | ||
マスクデータ | emd_4890_msk_1.map | 149.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_4890_additional_1.map.gz emd_4890_additional_2.map.gz emd_4890_additional_3.map.gz emd_4890_additional_4.map.gz emd_4890_half_map_1.map.gz emd_4890_half_map_2.map.gz | 118.1 MB 624.4 KB 118.3 MB 118.3 MB 118.3 MB 118.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4890 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4890 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4890_validation.pdf.gz | 427.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4890_full_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4890_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4890 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4890 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post-processed cryo-EM map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4890_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Global 3D refinement map.
ファイル | emd_4890_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Global 3D refinement map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Mask used in refinement.
ファイル | emd_4890_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Mask used in refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half-map 1.
ファイル | emd_4890_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half-map 2.
ファイル | emd_4890_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4890_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4890_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-transcriptional ca...
+超分子 #1: Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase co-transcriptional ca...
+超分子 #2: DNA-dependent RNA polymerase subunit
+超分子 #3: RNA
+超分子 #4: synthetic
+分子 #1: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo147
+分子 #2: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo132
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit
+分子 #6: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo18
+分子 #7: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo7
+分子 #8: Small subunit of mRNA capping enzyme
+分子 #10: Large subunit of mRNA capping enzyme
+分子 #12: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide
+分子 #9: Non-template DNA strand
+分子 #13: Template strand DNA
+分子 #11: RNA
+分子 #14: MAGNESIUM ION
+分子 #15: ZINC ION
+分子 #16: S-ADENOSYLMETHIONINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4958 / 平均電子線量: 1.02 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |