[日本語] English
万見
- EMDB-48459: Structure of the distal part of the bacteriophage T4 tail -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48459
タイトルStructure of the distal part of the bacteriophage T4 tail
マップデータ3-fold-symmetric reconstruction focused on the bacteriophage T4 baseplate
試料
  • ウイルス: Escherichia phage T4 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 1種
キーワードbacteriophage T4 / contractile tail / baseplate / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, sheath / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral release from host cell / peptidoglycan catabolic process / virion component ...virus tail, sheath / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral release from host cell / peptidoglycan catabolic process / virion component / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phage T4-tail tape measure protein / Bacteriophage T4, Gp12 / Short tail fibre protein, C-terminal / Short tail fibre protein, C-terminal superfamily / Phage short tail fibre protein gp12, middle domain / Short tail fibre protein receptor-binding domain / Baseplate tail-tube protein gp48, T4-like virus / Tail-tube assembly protein / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 ...: / Phage T4-tail tape measure protein / Bacteriophage T4, Gp12 / Short tail fibre protein, C-terminal / Short tail fibre protein, C-terminal superfamily / Phage short tail fibre protein gp12, middle domain / Short tail fibre protein receptor-binding domain / Baseplate tail-tube protein gp48, T4-like virus / Tail-tube assembly protein / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 / Baseplate wedge protein gp7, domain V / Baseplate wedge protein gp7, helical domain / Baseplate wedge protein gp7, domain VI / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, C-terminal / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, N-terminal / Gp27, baseplate hub, domain 3 / Gp27, baseplate hub, domain 4 / Gp27, baseplate hub, domain 2 / Baseplate structural protein, domain 2 / Baseplate structural protein, domain 1 / Baseplate structural protein Gp11 / Bacteriophage T4, Gp11, C-terminal finger domain / Baseplate structural protein Gp11, N-terminal domain superfamily / Baseplate structural protein Gp11 superfamily / Baseplate structural protein Gp11, C-terminal domain / GP11 baseplate wedge protein / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp6 / Phage tail collar domain superfamily / : / : / : / : / : / : / Baseplate wedge protein gp6-like, helical domain / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain I / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain II / Baseplate wedge protein gp6, domain II / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain III / Baseplate wedge protein gp10 domain 3 / : / Tail sheath protein Gp18-like domain I / Phage tail collar domain / Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Phage Tail Collar Domain / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Gp5, C-terminal / Gp5 C-terminal repeat (3 copies) / : / Baseplate structural protein Gp10, C-terminal domain / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / : / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, N-terminal / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, C-terminal / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / : / Tail sheath protein Gp18 domain III N-terminal region / IraD/Gp25-like / PAAR motif / Baseplate wedge protein gp25 / PAAR motif / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Tail tube protein / Phospholipase / Baseplate tail tube cap / Tail sheath protein / Baseplate wedge subunit / Baseplate wedge subunit and tail pin / Baseplate wedge subunit / Baseplate wedge tail fiber connector / Baseplate hub subunit ...Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Tail tube protein / Phospholipase / Baseplate tail tube cap / Tail sheath protein / Baseplate wedge subunit / Baseplate wedge subunit and tail pin / Baseplate wedge subunit / Baseplate wedge tail fiber connector / Baseplate hub subunit / Baseplate wedge subunit / Baseplate wedge protein gp10 / Short tail fiber protein gp12 / Tape measure protein / Baseplate tail-tube junction protein gp54 / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge protein gp7
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Fokine A / Zhu J / Klose T / Vago F / Arnaud C / Wang Z / Khare B / Rossmann MG / Chen Z / Sun L ...Fokine A / Zhu J / Klose T / Vago F / Arnaud C / Wang Z / Khare B / Rossmann MG / Chen Z / Sun L / Fang Q / Kuhn R / Rao VB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081726 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: In situ Atomic Structure of Phage T4 Head-Tail Connector Complex Shows Molecular Gates Open for Genome Ejection and DNA Pushed into the Tail Tube
著者: Fokine A / Zhu J / Klose T / Vago F / Arnaud C / Wang Z / Khare B / Rossmann MG / Chen Z / Sun L / Fang Q / Kuhn R / Rao VB
履歴
登録2024年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_48459.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48459.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3-fold-symmetric reconstruction focused on the bacteriophage T4 baseplate
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.62 Å/pix.
x 400 pix.
= 646.4 Å		1.62 Å/pix.
x 400 pix.
= 646.4 Å		1.62 Å/pix.
x 400 pix.
= 646.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.616 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.07217898 - 0.10107589
平均 (標準偏差)0.000031823056 (±0.005151396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 646.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_48459_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_48459_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_48459_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Escherichia phage T4

全体名称: Escherichia phage T4 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage T4 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: gp12, short tail fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: gp9, baseplate wedge tail fiber connector
    • タンパク質・ペプチド: gp11, baseplate wedge protein
    • タンパク質・ペプチド: gp10, baseplate wedge protein
    • タンパク質・ペプチド: gp7, baseplate wedge protein
    • タンパク質・ペプチド: gp8, baseplate wedge protein
    • タンパク質・ペプチド: gp18, tail sheath protein
    • タンパク質・ペプチド: gp6, baseplate wedge protein
    • タンパク質・ペプチド: gp5, baseplate central spike protein
  • タンパク質・ペプチド: gp5.4, tip of the central spike
  • タンパク質・ペプチド: gp19, tail tube protein
  • タンパク質・ペプチド: gp27, baseplate hub protein
  • タンパク質・ペプチド: gp29, tape measure protein
  • タンパク質・ペプチド: gp53, baseplate wedge protein
  • タンパク質・ペプチド: gp25, baseplate wedge protein
  • タンパク質・ペプチド: gp48, baseplate protein
  • タンパク質・ペプチド: gp54, baseplate protein
  • タンパク質・ペプチド: unassigned peptide A
  • タンパク質・ペプチド: unassigned peptide B
  • タンパク質・ペプチド: unassigned peptide C
  • タンパク質・ペプチド: unassigned peptide D
  • タンパク質・ペプチド: unassigned peptide E
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Escherichia phage T4

超分子名称: Escherichia phage T4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9 / NCBI-ID: 2681598 / 生物種: Escherichia phage T4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: B

+
分子 #1: gp12, short tail fiber protein

分子名称: gp12, short tail fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 56.253926 KDa
配列文字列: MSNNTYQHVS NESRYVKFDP TDTNFPPEIT DVQAAIAAIS PAGVNGVPDA SSTTKGILFI PTEQEVIDGT NNTKAVTPAT LATRLSYPN ATETVYGLTR YSTNDEAIAG VNNESSITPA KFTVALNNAF ETRVSTESSN GVIKISSLPQ ALAGADDTTA M TPLKTQQL ...文字列:
MSNNTYQHVS NESRYVKFDP TDTNFPPEIT DVQAAIAAIS PAGVNGVPDA SSTTKGILFI PTEQEVIDGT NNTKAVTPAT LATRLSYPN ATETVYGLTR YSTNDEAIAG VNNESSITPA KFTVALNNAF ETRVSTESSN GVIKISSLPQ ALAGADDTTA M TPLKTQQL AIKLIAQIAP SETTATESDQ GVVQLATVAQ VRQGTLREGY AISPYTFMNS SSTEEYKGVI KLGTQSEVNS NN ASVAVTG ATLNGRGSTT SMRGVVKLTT TAGSQSGGDA SSALAWNADV IQQRGGQIIY GTLRIEDTFT IANGGANITG TVR MTGGYI QGNRIVTQNE IDRTIPVGAI MMWAADSLPS DAWRFCHGGT VSASDCPLYA SRIGTRYGGN PSNPGLPDMR GLFV RGSGR GSHLTNPNVN GNDQFGKPRL GVGCTGGYVG EVQIQQMSYH KHAGGFGEHD DLGAFGNTRR SNFVGTRKGL DWDNR SYFT NDGYEIDPES QRNSKYTLNR PELIGNETRP WNISLNYIIK VKE

UniProtKB: Short tail fiber protein gp12

+
分子 #2: gp9, baseplate wedge tail fiber connector

分子名称: gp9, baseplate wedge tail fiber connector / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 31.024725 KDa
配列文字列: MFIQEPKKLI DTGEIGNAST GDILFDGGNK INSDFNAIYN AFGDQRKMAV ANGTGADGQI IHATGYYQKH SITEYATPVK VGTRHDIDT STVGVKVIIE RGELGDCVEF INSNGSISVT NPLTIQAIDS IKGVSGNLVV TSPYSKVTLR CISSDNSTSV W NYSIESMF ...文字列:
MFIQEPKKLI DTGEIGNAST GDILFDGGNK INSDFNAIYN AFGDQRKMAV ANGTGADGQI IHATGYYQKH SITEYATPVK VGTRHDIDT STVGVKVIIE RGELGDCVEF INSNGSISVT NPLTIQAIDS IKGVSGNLVV TSPYSKVTLR CISSDNSTSV W NYSIESMF GQKESPAEGT WNISTSGSVD IPLFHRTEYN MAKLLVTCQS VDGRKIKTAE INILVDTVNS EVISSEYAVM RV GNETEED EIANIAFSIK ENYVTATISS STVGMRAAVK VIATQKIGVA Q

UniProtKB: Baseplate wedge tail fiber connector

+
分子 #3: gp11, baseplate wedge protein

分子名称: gp11, baseplate wedge protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 23.725523 KDa
配列文字列: MSLLNNKAGV ISRLADFLGF RPKTGDIDVM NRQSVGSVTI SQLAKGFYEP NIESAINDVH NFSIKDVGTI ITNKTGVSPE GVSQTDYWA FSGTVTDDSL PPGSPITVLV FGLPVSATTG MTAIEFVAKV RVALQEAIAS FTAINSYKDH PTDGSKLEVT Y LDNQKHVL ...文字列:
MSLLNNKAGV ISRLADFLGF RPKTGDIDVM NRQSVGSVTI SQLAKGFYEP NIESAINDVH NFSIKDVGTI ITNKTGVSPE GVSQTDYWA FSGTVTDDSL PPGSPITVLV FGLPVSATTG MTAIEFVAKV RVALQEAIAS FTAINSYKDH PTDGSKLEVT Y LDNQKHVL STYSTYGITI SQEIISESKP GYGTWNLLGA QTVTLDNQQT PTVFYHFERT A

UniProtKB: Baseplate wedge subunit and tail pin

+
分子 #4: gp10, baseplate wedge protein

分子名称: gp10, baseplate wedge protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 66.28168 KDa
配列文字列: MKQNINIGNV VDDGTGDYLR KGGIKINENF DELYYELGDG DVPYSAGAWK TYNASSGQTL TAEWGKSYAI NTSSGRVTIN LPKGTVNDY NKVIRARDVF ATWNVNPVTL VAASGDTIKG SAVPVEINVR FSDLELVYCA PGRWEYVKNK QIDKITSSDI S NVARKEFL ...文字列:
MKQNINIGNV VDDGTGDYLR KGGIKINENF DELYYELGDG DVPYSAGAWK TYNASSGQTL TAEWGKSYAI NTSSGRVTIN LPKGTVNDY NKVIRARDVF ATWNVNPVTL VAASGDTIKG SAVPVEINVR FSDLELVYCA PGRWEYVKNK QIDKITSSDI S NVARKEFL VEVQGQTDFL DVFRGTSYNV NNIRVKHRGN ELYYGDVFSE NSDFGSPGEN EGELVPLDGF NIRLRQPCNI GD TVQIETF MDGVSQWRSS YTRRQIRLLD SKLTSKTSLE GSIYVTDLST MKSIPFSAFG LIPGEPINPN SLEVRFNGIL QEL AGTVGM PLFHCVGADS DDEVECSVLG GTWEQSHTDY SVETDENGIP EILHFDSVFE HGDIINITWF NNDLGTLLTK DEII DETDN LYVSQGPGVD ISGDVNLTDF DKIGWPNVEA VQSYQRAFNA VSNIFDTIYP IGTIYENAVN PNNPVTYMGF GSWKL FGQG KVLVGWNEDI SDPNFALNNN DLDSGGNPSH TAGGTGGSTS VTLENANLPA TETDEEVLIV DENGSVIVGG CQYDPD ESG PIYTKYREAK ASTNSTHTPP TSITNIQPYI TVYRWIRIA

UniProtKB: Baseplate wedge protein gp10

+
分子 #5: gp7, baseplate wedge protein

分子名称: gp7, baseplate wedge protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 119.336516 KDa
配列文字列: MTVKAPSVTS LRISKLSANQ VQVRWDDVGA NFYYFVEIAE TKTNSGENLP SNQYRWINLG YTANNSFFFD DADPLTTYII RVATAAQDF EQSDWIYTEE FETFATNAYT FQNMIEMQLA NKFIQEKFTL NNSDYVNFNN DTIMAALMNE SFQFSPSYVD V SSISNFII ...文字列:
MTVKAPSVTS LRISKLSANQ VQVRWDDVGA NFYYFVEIAE TKTNSGENLP SNQYRWINLG YTANNSFFFD DADPLTTYII RVATAAQDF EQSDWIYTEE FETFATNAYT FQNMIEMQLA NKFIQEKFTL NNSDYVNFNN DTIMAALMNE SFQFSPSYVD V SSISNFII GENEYHEIQG SIQQVCKDIN RVYLMESEGI LYLFERYQPV VKVSNDKGQT WKAVKLFNDR VGYPLSKTVY YQ SANTTYV LGYDKIFYGR KSTDVRWSAD DVRFSSQDIT FAKLGDQLHL GFDVEIFATY ATLPANVYRI AEAITCTDDY IYV VARDKV RYIKTSNALI DFDPLSPTYS ERLFEPDTMT ITGNPKAVCY KMDSICDKVF ALIIGEVETL NANPRTSKII DSAD KGIYV LNHDEKTWKR VFGNTEEERR RIQPGYANMS TDGKLVSLSS SNFKFLSDNV VNDPETAAKY QLIGAVKYEF PREWL ADKH YHMMAFIADE TSDWETFTPQ PMKYYAEPFF NWSKKSNTRC WINNSDRAVV VYADLKYTKV IENIPETSPD RLVHEY WDD GDCTIVMPNV KFTGFKKYAS GMLFYKASGE IISYYDFNYR VRDTVEIIWK PTEVFLKAFL QNQEHETPWS PEEERGL AD PDLRPLIGTM MPDSYLLQDS NFEAFCEAYI QYLSDGYGTQ YNNLRNLIRN QYPREEHAWE YLWSEIYKRN IYLNADKR D AVARFFESRS YDFYSTKGIE ASYKFLFKVL YNEEVEIEIE SGAGTEYDII VQSDSLTEDL VGQTIYTATG RCNVTYIER SYSNGKLQWT VTIHNLLGRL IAGQEVKAER LPSFEGEIIR GVKGKDLLQN NIDYINRSRS YYVMKIKSNL PSSRWKSDVI RFVHPVGFG FIAITLLTMF INVGLTLKHT ETIINKYKNY KWDSGLPTEY ADRIAKLTPT GEIEHDSVTG EAIYEPGPMA G VKYPLPDD YNAENNNSIF QGQLPSERRK LMSPLFDASG TTFAQFRDLV NKRLKDNIGN PRDPENPTQV KIDE

UniProtKB: Baseplate wedge protein gp7

+
分子 #6: gp8, baseplate wedge protein

分子名称: gp8, baseplate wedge protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 38.041668 KDa
配列文字列: MNDSSVIYRA IVTSKFRTEK MLNFYNSIGS GPDKNTIFIT FGRSEPWSSN ENEVGFAPPY PTDSVLGVTD MWTHMMGTVK VLPSMLDAV IPRRDWGDTR YPDPYTFRIN DIVVCNSAPY NATESGAGWL VYRCLDVPDT GMCSIASLTD KDECLKLGGK W TPSARSMT ...文字列:
MNDSSVIYRA IVTSKFRTEK MLNFYNSIGS GPDKNTIFIT FGRSEPWSSN ENEVGFAPPY PTDSVLGVTD MWTHMMGTVK VLPSMLDAV IPRRDWGDTR YPDPYTFRIN DIVVCNSAPY NATESGAGWL VYRCLDVPDT GMCSIASLTD KDECLKLGGK W TPSARSMT PPEGRGDAEG TIEPGDGYVW EYLFEIPPDV SINRCTNEYI VVPWPEELKE DPTRWGYEDN LTWQQDDFGL IY RVKANTI RFKAYLDSVY FPEAALPGNK GFRQISIITN PLEAKAHPND PNVKAEKDYY DPEDLMRHSG EMIYMENRPP IIM AMDQTE EINILFTF

UniProtKB: Baseplate wedge subunit

+
分子 #7: gp18, tail sheath protein

分子名称: gp18, tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 71.348625 KDa
配列文字列: MTLLSPGIEL KETTVQSTVV NNSTGTAALA GKFQWGPAFQ IKQVTNEVDL VNTFGQPTAE TADYFMSAMN FLQYGNDLRV VRAVDRDTA KNSSPIAGNI EYTISTPGSN YAVGDKITVK YVSDDIETEG KITEVDADGK IKKINIPTAK IIAKAKEVGE Y PTLGSNWT ...文字列:
MTLLSPGIEL KETTVQSTVV NNSTGTAALA GKFQWGPAFQ IKQVTNEVDL VNTFGQPTAE TADYFMSAMN FLQYGNDLRV VRAVDRDTA KNSSPIAGNI EYTISTPGSN YAVGDKITVK YVSDDIETEG KITEVDADGK IKKINIPTAK IIAKAKEVGE Y PTLGSNWT AEISSSSSGL AAVITLGKII TDSGILLAEI ENAEAAMTAV DFQANLKKYG IPGVVALYPG ELGDKIEIEI VS KADYAKG ASALLPIYPG GGTRASTAKA VFGYGPQTDS QYAIIVRRND AIVQSVVLST KRGGKDIYDS NIYIDDFFAK GGS EYIFAT AQNWPEGFSG ILTLSGGLSS NAEVTAGDLM EAWDFFADRE SVDVQLFIAG SCAGESLETA STVQKHVVSI GDVR QDCLV LCSPPRETVV GIPVTRAVDN LVNWRTAAGS YTDNNFNISS TYAAIDGNYK YQYDKYNDVN RWVPLAADIA GLCAR TDNV SQTWMSPAGY NRGQILNVIK LAIETRQAQR DRLYQEAINP VTGTGGDGYV LYGDKTATSV PSPFDRINVR RLFNML KTN IGRSSKYRLF ELNNAFTRSS FRTETAQYLQ GIKALGGIYE YRVVCDTTNN TPSVIDRNEF VATFYIQPAR SINYITL NF VATATGADFD ELTGLAG

UniProtKB: Tail sheath protein

+
分子 #8: gp6, baseplate wedge protein

分子名称: gp6, baseplate wedge protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 74.492641 KDa
配列文字列: MANTPVNYQL TRTANAIPEI FVGGTFAEIK QNLIEWLNGQ NEFLDYDFEG SRLNVLCDLL AYNTLYIQQF GNAAVYESFM RTANLRSSV VQAAQDNGYL PTSKSAAQTE IMLTCTDALN RNYITIPRGT RFLAYAKDTS VNPYNFVSRE DVIAIRDKNN Q YFPRLKLA ...文字列:
MANTPVNYQL TRTANAIPEI FVGGTFAEIK QNLIEWLNGQ NEFLDYDFEG SRLNVLCDLL AYNTLYIQQF GNAAVYESFM RTANLRSSV VQAAQDNGYL PTSKSAAQTE IMLTCTDALN RNYITIPRGT RFLAYAKDTS VNPYNFVSRE DVIAIRDKNN Q YFPRLKLA QGRIVRTEII YDKLTPIIIY DKNIDRNQVK LYVDGAEWIN WTRKSMVHAG STSTIYYMRE TIDGNTEFYF GE GEISVNA SEGALTANYI GGLKPTQNST IVIEYISTNG ADANGAVGFS YADTLTNITV ININENPNDD PDFVGADGGG DPE DIERIR ELGTIKRETQ QRCVTATDYD TFVSERFGSI IQAVQTFTDS TKPGYAFIAA KPKSGLYLTT VQREDIKNYL KDYN LAPIT PSIISPNYLF IKTNLKVTYA LNKLQESEQW LEGQIIDKID RYYTEDVEIF NSSFAKSKML TYVDDADHSV IGSSA TIQM VREVQNFYKT PEAGIKYNNQ IKDRSMESNT FSFNSGRKVV NPDTGLEEDV LYDVRIVSTD RDSKGIGKVI IGPFAS GDV TENENIQPYT GNDFNKLANS DGRDKYYVIG EINYPADVIY WNIAKINLTS EKFEVQTIEL YSDPTDDVIF TRDGSLI VF ENDLRPQYLT IDLEPISQ

UniProtKB: Baseplate wedge protein gp6

+
分子 #9: gp5, baseplate central spike protein

分子名称: gp5, baseplate central spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lysozyme
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 63.183723 KDa
配列文字列: MEMISNNLNW FVGVVEDRMD PLKLGRVRVR VVGLHPPQRA QGDVMGIPTE KLPWMSVIQP ITSAAMSGIG GSVTGPVEGT RVYGHFLDK WKTNGIVLGT YGGIVREKPN RLEGFSDPTG QYPRRLGNDT NVLNQGGEVG YDSSSNVIQD SNLDTAINPD D RPLSEIPT ...文字列:
MEMISNNLNW FVGVVEDRMD PLKLGRVRVR VVGLHPPQRA QGDVMGIPTE KLPWMSVIQP ITSAAMSGIG GSVTGPVEGT RVYGHFLDK WKTNGIVLGT YGGIVREKPN RLEGFSDPTG QYPRRLGNDT NVLNQGGEVG YDSSSNVIQD SNLDTAINPD D RPLSEIPT DDNPNMSMAE MLRRDEGLRL KVYWDTEGYP TIGIGHLIMK QPVRDMAQIN KVLSKQVGRE ITGNPGSITM EE ATTLFER DLADMQRDIK SHSKVGPVWQ AVNRSRQMAL ENMAFQMGVG GVAKFNTMLT AMLAGDWEKA YKAGRDSLWY QQT KGRASR VTMIILTGNL ESYGVEVKTP ARSLSAMAAT VAKSSDPADP PIPNDSRILF KEPVSSYKGE YPYVHTMETE SGHI QEFDD TPGQERYRLV HPTGTYEEVS PSGRRTRKTV DNLYDITNAD GNFLVAGDKK TNVGGSEIYY NMDNRLHQID GSNTI FVRG DETKTVEGNG TILVKGNVTI IVEGNADITV KGDATTLVEG NQTNTVNGNL SWKVAGTVDW DVGGDWTEKM ASMSSI SSG QYTIDGSRID IG

UniProtKB: Pre-baseplate central spike protein Gp5

+
分子 #10: gp5.4, tip of the central spike

分子名称: gp5.4, tip of the central spike / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 10.233663 KDa
配列文字列:
MSGLSYDKCV TAGHEAWPPT VVNATQSKVF TGGIAVLVAG DPITEHTEIK KPYETHGGVT QPRTSKVYVT GKKAVQMADP ISCGDTVAQ ASSKVFIK

UniProtKB: Phospholipase

+
分子 #11: gp19, tail tube protein

分子名称: gp19, tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 18.479613 KDa
配列文字列:
MFVDDVTRAF ESGDFARPNL FQVEISYLGQ NFTFQCKATA LPAGIVEKIP VGFMNRKINV AGDRTFDDWT VTVMNDEAHD ARQKFVDWQ SIAAGQGNEI TGGKPAEYKK SAIVRQYARD AKTVTKEIEI KGLWPTNVGE LQLDWDSNNE IQTFEVTLAL D YWE

UniProtKB: Tail tube protein

+
分子 #12: gp27, baseplate hub protein

分子名称: gp27, baseplate hub protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 44.431062 KDa
配列文字列: MSMLQRPGYP NLSVKLFDSY DAWSNNRFVE LAATITTLTM RDSLYGRNEG MLQFYDSKNI HTKMDGNEII QISVANANDI NNVKTRIYG CKHFSVSVDS KGDNIIAIEL GTIHSIENLK FGRPFFPDAG ESIKEMLGVI YQDRTLLTPA INAINAYVPD I PWTSTFEN ...文字列:
MSMLQRPGYP NLSVKLFDSY DAWSNNRFVE LAATITTLTM RDSLYGRNEG MLQFYDSKNI HTKMDGNEII QISVANANDI NNVKTRIYG CKHFSVSVDS KGDNIIAIEL GTIHSIENLK FGRPFFPDAG ESIKEMLGVI YQDRTLLTPA INAINAYVPD I PWTSTFEN YLSYVREVAL AVGSDKFVFV WQDIMGVNMM DYDMMINQEP YPMIVGEPSL IGQFIQELKY PLAYDFVWLT KS NPHKRDP MKNATIYAHS FLDSSIPMIT TGKGENSIVV SRSGAYSEMT YRNGYEEAIR LQTMAQYDGY AKCSTIGNFN LTP GVKIIF NDSKNQFKTE FYVDEVIHEL SNNNSVTHLY MFTNATKLET IDPVKVKNEF KSDTTTEESS SSNKQ

UniProtKB: Baseplate hub subunit

+
分子 #13: gp29, tape measure protein

分子名称: gp29, tape measure protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 64.485539 KDa
配列文字列: MKKPQEMQTM RRKVISDNKP TQEAAKSASN TLSGLNDIST KLDDAQAASE LIAQTVEEKS NEIIGAIDNV ESAVSDTSAG SELIAETVE IGNNINKEIG ESLGSKLDKL TSLLEQKIQT AGIQQTGTSL ATVESAIPVK VVEDDTAESV GPLLPAPEAV N NDPDADFF ...文字列:
MKKPQEMQTM RRKVISDNKP TQEAAKSASN TLSGLNDIST KLDDAQAASE LIAQTVEEKS NEIIGAIDNV ESAVSDTSAG SELIAETVE IGNNINKEIG ESLGSKLDKL TSLLEQKIQT AGIQQTGTSL ATVESAIPVK VVEDDTAESV GPLLPAPEAV N NDPDADFF PTPQPVEPKQ ESPEEKQKKE AFNLKLSQAL DKLTKTVDFG FKKSISITDK ISSMLFKYTV SAAIEAAKMT AM ILAVVVG IDLLMIHFKY WSDKFSKAWD LFSTDFTKFS SETGTWGPLL QSIFDSIDKI KQLWEAGDWG GLTVAIVEGL GKV LFNLGE LIQLGMAKLS AAILRVIPGM KDTADEVEGR ALENFQNSTG ASLNKEDQEK VANYQDKRMN GDLGPIAEGL DKIS NWKTR ASNWIRGVDN KEALTTDEER AAEEEKLKQL SPEERKNALM KANEARAAMI RFEKYADSAD MSKDSTVKSV EAAYE DLKK RMDDPDLNNS PAVKKELAAR FSKIDATYQE LKKNQPNAKP ETSAKSPEAK QVQVIEKNKA QQAPVQQASP SINNTN NVI KKNTVVHNMT PVTSTTAPGV FDATGVN

UniProtKB: Tape measure protein

+
分子 #14: gp53, baseplate wedge protein

分子名称: gp53, baseplate wedge protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 22.990885 KDa
配列文字列: MLFTFFDPIE YAAKTVNKNA PTIPMTDIFR NYKDYFKRAL AGYRLRTYYI KGSPRPEELA NAIYGNPQLY WVLLMCNDNY DPYYGWITS QEAAYQASIQ KYKNVGGDQI VYHVNENGEK FYNLISYDDN PYVWYDKGDK ARKYPQYEGA LAAVDTYEAA V LENEKLRQ ...文字列:
MLFTFFDPIE YAAKTVNKNA PTIPMTDIFR NYKDYFKRAL AGYRLRTYYI KGSPRPEELA NAIYGNPQLY WVLLMCNDNY DPYYGWITS QEAAYQASIQ KYKNVGGDQI VYHVNENGEK FYNLISYDDN PYVWYDKGDK ARKYPQYEGA LAAVDTYEAA V LENEKLRQ IKIIAKSDIN SFMNDLIRIM EKSYGNDK

UniProtKB: Baseplate wedge subunit

+
分子 #15: gp25, baseplate wedge protein

分子名称: gp25, baseplate wedge protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 15.111101 KDa
配列文字列:
MANINKLYSD IDPEMKMDWN KDVSRSLGLR SIKNSLLGII TTRKGSRPFD PEFGCDLSDQ LFENMTPLTA DTVERNIESA VRNYEPRID KLAVNVIPVY DDYTLIVEIR FSVIDNPDDI EQIKLQLASS NRV

UniProtKB: Baseplate wedge subunit

+
分子 #16: gp48, baseplate protein

分子名称: gp48, baseplate protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 39.770332 KDa
配列文字列: MAIVKEITAD LIKKSGEKIS AGQSTKSEVG TKTYTAQFPT GRASGNDTTE DFQVTDLYKN GLLFTAYNMS SRDSGSLRSM RSNYSSSSS SILRTARNTI SSTVSKLSNG LISNNNSGTI SKSPIANILL PRSKSDVDTS SHRFNDVQES LISRGGGTAT G VLSNIAST ...文字列:
MAIVKEITAD LIKKSGEKIS AGQSTKSEVG TKTYTAQFPT GRASGNDTTE DFQVTDLYKN GLLFTAYNMS SRDSGSLRSM RSNYSSSSS SILRTARNTI SSTVSKLSNG LISNNNSGTI SKSPIANILL PRSKSDVDTS SHRFNDVQES LISRGGGTAT G VLSNIAST AVFGALESIT QGIMADNNEQ IYTTARSMYG GAENRTKVFT WDLTPRSTED LMAIINIYQY FNYFSYGETG KS QYAAEIK GYLDDWYRST LIEPLSPEDA AKNKTLFEKM TSSLTNVLVV SNPTVWMVKN FGATSKFDGK TEIFGPCQIQ SIR FDKTPN GNFNGLAIAP NLPSTFTLEI TMREIITLNR ASLYAGTF

UniProtKB: Baseplate tail tube cap

+
分子 #17: gp54, baseplate protein

分子名称: gp54, baseplate protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 35.001188 KDa
配列文字列: MYSLEEFNNQ AINADFQRNN MFSCVFATTP STKSSSLISS ISNFSYNNLG LNSDWLGLTQ GDINQGITTL ITAGTQKLIR KSGVSKYLI GAMSQRTVQS LLGSFTVGTY LIDFFNMAYN SSGLMIYSVK MPENRLSYET DWNYNSPNIR ITGRELDPLV I SFRMDSEA ...文字列:
MYSLEEFNNQ AINADFQRNN MFSCVFATTP STKSSSLISS ISNFSYNNLG LNSDWLGLTQ GDINQGITTL ITAGTQKLIR KSGVSKYLI GAMSQRTVQS LLGSFTVGTY LIDFFNMAYN SSGLMIYSVK MPENRLSYET DWNYNSPNIR ITGRELDPLV I SFRMDSEA CNYRAMQDWV NSVQDPVTGL RALPQDVEAD IQVNLHSRNG LPHTAVMFTM HSISVSAPEL SYDGDNQITT FD VTFAYRV MQAGAVDRQR ALEWLESAAI NGIQSVLGNS GGVTGLSNSL SRLSRLGGTA GSISNINTMT GIVNSQSKIL GAI

UniProtKB: Baseplate tail-tube junction protein gp54

+
分子 #18: unassigned peptide A

分子名称: unassigned peptide A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 2.145636 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #19: unassigned peptide B

分子名称: unassigned peptide B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 1.549902 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #20: unassigned peptide C

分子名称: unassigned peptide C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 869.063 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #21: unassigned peptide D

分子名称: unassigned peptide D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 613.749 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #22: unassigned peptide E

分子名称: unassigned peptide E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 783.958 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #23: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Ted Pella lacey carbon 400 mesh grids (catalog No: 01824) were used..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 113800
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る