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- EMDB-48163: OLE RNA dimer (Clostridium acetobutylicum) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48163
タイトルOLE RNA dimer (Clostridium acetobutylicum)
マップデータC2 reconstruction of OLE dimer.
試料
  • 複合体: OLE RNA dimer - Clostridium acetobutylicum
    • RNA: OLE RNA dimer
キーワードOLE / ncRNA / RNA
生物種Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kretsch RC / Wu Y / Das R / Chiu W / Zhang K
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM122579 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM129541 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2330652 米国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Naturally ornate RNA-only complexes revealed by cryo-EM.
著者: Rachael C Kretsch / Yuan Wu / Svetlana A Shabalina / Hyunbin Lee / Grace Nye / Eugene V Koonin / Alex Gao / Wah Chiu / Rhiju Das /
要旨: The structures of natural RNAs remain poorly characterized and may hold numerous surprises. Here we report three-dimensional structures of three large ornate bacterial RNAs using cryo-electron ...The structures of natural RNAs remain poorly characterized and may hold numerous surprises. Here we report three-dimensional structures of three large ornate bacterial RNAs using cryo-electron microscopy (cryo-EM). GOLLD (Giant, Ornate, Lake- and Lactobacillales-Derived), ROOL (Rumen-Originating, Ornate, Large) and OLE (Ornate Large Extremophilic) RNAs form homo-oligomeric complexes whose stoichiometries are retained at lower concentrations than measured in cells. OLE RNA forms a dimeric complex with long co-axial pipes spanning two monomers. Both GOLLD and ROOL form distinct RNA-only multimeric nanocages with diameters larger than the ribosome, each empty except for a disordered loop. Extensive intramolecular and intermolecular A-minor interactions, kissing loops, an unusual A-A helix and other interactions stabilize the three complexes. Sequence covariation analysis of these large RNAs reveals evolutionary conservation of intermolecular interactions, supporting the biological importance of large, ornate RNA quaternary structures that can assemble without any involvement of proteins.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Naturally ornate RNA-only complexes revealed by cryo-EM
著者: Kretsch RC / Wu Y / Shabalina SA / Lee H / Nye G / Koonin EV / Gao A / Chiu W / Das R
履歴
登録2024年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48163.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C2 reconstruction of OLE dimer.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.95 Å/pix.
x 360 pix.
= 343.44 Å		0.95 Å/pix.
x 360 pix.
= 343.44 Å		0.95 Å/pix.
x 360 pix.
= 343.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.954 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0
最小 - 最大-23.949169999999999 - 51.959933999999997
平均 (標準偏差)0.000000000002625 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 343.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: C1 reconstruction of OLE dimer.

ファイルemd_48163_additional_1.map
注釈C1 reconstruction of OLE dimer.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map of OLE dimer (C2).

ファイルemd_48163_half_map_1.map
注釈Half-map of OLE dimer (C2).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map of OLE dimer (C2).

ファイルemd_48163_half_map_2.map
注釈Half-map of OLE dimer (C2).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OLE RNA dimer - Clostridium acetobutylicum

全体名称: OLE RNA dimer - Clostridium acetobutylicum
要素
  • 複合体: OLE RNA dimer - Clostridium acetobutylicum
    • RNA: OLE RNA dimer

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超分子 #1: OLE RNA dimer - Clostridium acetobutylicum

超分子名称: OLE RNA dimer - Clostridium acetobutylicum / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
分子量理論値: 373 KDa

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分子 #1: OLE RNA dimer

分子名称: OLE RNA dimer / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
分子量理論値: 186.321078 KDa
配列文字列: GGUGCAGUAU UCUAGUCAGG GAAAUGCUUU UUGAAGGCGG GGCUAAAAAU CCGCUAAAGG GCACAUCGAU GAAGUUCCUG GUGCUGGCC UUAGAAUGCC CAGUCUUGGG CUUGUGCUGG GAGUUAAAAA AGCUGGGGCA CUCGCAAUGG CAUGCGACAA A UGACCCUA ...文字列:
GGUGCAGUAU UCUAGUCAGG GAAAUGCUUU UUGAAGGCGG GGCUAAAAAU CCGCUAAAGG GCACAUCGAU GAAGUUCCUG GUGCUGGCC UUAGAAUGCC CAGUCUUGGG CUUGUGCUGG GAGUUAAAAA AGCUGGGGCA CUCGCAAUGG CAUGCGACAA A UGACCCUA CUUUUGUGGA GGCCAAUUAU UGUAUAUUGA GAGAGAUAUU CAAUAUACGA AAUUGGGGUA AACCUGCAAU GU GGUGUAA AAGCUAUGUG CAGUGUAGCC UGCCUUGAGU GGUAUGGGGA GAGGAGAUAA ACAAGUCAAA AAUUUUAGGC CUA AGUUUU UGUACUAUUG AACUCUGAAA CCUAUGUUGC AAAAGAGGCU AAGAAAGCAU CUAACUGUUG AGGAAAACUC CUAG ACUGU UUUGGUAAAA UGAGGAUUGC AGUGCGGACU UAGUGGCAAU UCAGUCCUGA AAGUGGCAAC ACUUCAGCUC GGAUA UUAA AGGGAAACCG CUAUAUGGCG ACGUAUAGUU AUUCGUGGGG AAAGCCUACU GAACCUAUGC CGUAAGAUUU ACUUAU UUU GUUACCACAU UGCC

GENBANK: GENBANK: AE001437.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMSodium HEPES
10.0 mMMagnesium ChlorideMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 6752 / 平均露光時間: 4.74 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 541108
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform Refinement / 使用した粒子像数: 87716
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
ソフトウェア - 詳細: Ab Initio reconstruction multiclass
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform Refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9mcw:
OLE RNA dimer (Clostridium acetobutylicum)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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