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- EMDB-48179: ROOL RNA nanocage (env-120) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48179
タイトルROOL RNA nanocage (env-120)
マップデータComposite reconstruction of ROOL RNA nanocage.
試料
  • 複合体: ROOL RNA nanocage
    • RNA: RNA (598-MER)
キーワードROOL / RNA / ncRNA / nanocage
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kretsch RC / Wu Y / Das R / Chiu W
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122579 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129541 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2330652 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Naturally ornate RNA-only complexes revealed by cryo-EM.
著者: Rachael C Kretsch / Yuan Wu / Svetlana A Shabalina / Hyunbin Lee / Grace Nye / Eugene V Koonin / Alex Gao / Wah Chiu / Rhiju Das /
要旨: The structures of natural RNAs remain poorly characterized and may hold numerous surprises. Here we report three-dimensional structures of three large ornate bacterial RNAs using cryo-electron ...The structures of natural RNAs remain poorly characterized and may hold numerous surprises. Here we report three-dimensional structures of three large ornate bacterial RNAs using cryo-electron microscopy (cryo-EM). GOLLD (Giant, Ornate, Lake- and Lactobacillales-Derived), ROOL (Rumen-Originating, Ornate, Large) and OLE (Ornate Large Extremophilic) RNAs form homo-oligomeric complexes whose stoichiometries are retained at lower concentrations than measured in cells. OLE RNA forms a dimeric complex with long co-axial pipes spanning two monomers. Both GOLLD and ROOL form distinct RNA-only multimeric nanocages with diameters larger than the ribosome, each empty except for a disordered loop. Extensive intramolecular and intermolecular A-minor interactions, kissing loops, an unusual A-A helix and other interactions stabilize the three complexes. Sequence covariation analysis of these large RNAs reveals evolutionary conservation of intermolecular interactions, supporting the biological importance of large, ornate RNA quaternary structures that can assemble without any involvement of proteins.
履歴
登録2024年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48179.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48179.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite reconstruction of ROOL RNA nanocage.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.29 Å/pix.
x 400 pix.
= 516. Å		1.29 Å/pix.
x 400 pix.
= 516. Å		1.29 Å/pix.
x 400 pix.
= 516. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.29 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0
最小 - 最大-24.390419000000001 - 46.201050000000002
平均 (標準偏差)0.000000000003189 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 516.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: D4 reconstruction of ROOL RNA nanocage.

ファイルemd_48179_additional_1.map
注釈D4 reconstruction of ROOL RNA nanocage.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement of ROOL RNA of the bottom of one chain.

ファイルemd_48179_additional_2.map
注釈Focused refinement of ROOL RNA of the bottom of one chain.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement of ROOL RNA of the bottom of three chains.

ファイルemd_48179_additional_3.map
注釈Focused refinement of ROOL RNA of the bottom of three chains.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement of ROOL RNA of the bottom left of one chain.

ファイルemd_48179_additional_4.map
注釈Focused refinement of ROOL RNA of the bottom left of one chain.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement of ROOL RNA of one chain.

ファイルemd_48179_additional_5.map
注釈Focused refinement of ROOL RNA of one chain.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement of ROOL RNA of the bottom right of one chain.

ファイルemd_48179_additional_6.map
注釈Focused refinement of ROOL RNA of the bottom right of one chain.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement of ROOL RNA of the top of one chain.

ファイルemd_48179_additional_7.map
注釈Focused refinement of ROOL RNA of the top of one chain.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: C1 reconstruction of ROOL RNA nanocage.

ファイルemd_48179_additional_8.map
注釈C1 reconstruction of ROOL RNA nanocage.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement of ROOL RNA of the bottom of two chains.

ファイルemd_48179_additional_9.map
注釈Focused refinement of ROOL RNA of the bottom of two chains.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map for composite reconstruction of ROOL RNA nanocage.

ファイルemd_48179_half_map_1.map
注釈Half-map for composite reconstruction of ROOL RNA nanocage.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map for composite reconstruction of ROOL RNA nanocage.

ファイルemd_48179_half_map_2.map
注釈Half-map for composite reconstruction of ROOL RNA nanocage.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ROOL RNA nanocage

全体名称: ROOL RNA nanocage
要素
  • 複合体: ROOL RNA nanocage
    • RNA: RNA (598-MER)

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超分子 #1: ROOL RNA nanocage

超分子名称: ROOL RNA nanocage / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.702 MDa

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分子 #1: RNA (598-MER)

分子名称: RNA (598-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 8
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 203.072094 KDa
配列文字列: GUUUAUAGAC AUAGCCUUGU GUAUGACUGU CUAAUCAACA GUGCAAGGAA UUAGUUGUGC UCUCAAAAGG AGUUAUGUGA AGGAAAGAU UAAAUGGAUA CAUUUAAUUA AGUACAAUUA CUACAAAAUC UAUAAUGACU GGGUAAGUCA CCCGUAAGAA G GAUGAGUU ...文字列:
GUUUAUAGAC AUAGCCUUGU GUAUGACUGU CUAAUCAACA GUGCAAGGAA UUAGUUGUGC UCUCAAAAGG AGUUAUGUGA AGGAAAGAU UAAAUGGAUA CAUUUAAUUA AGUACAAUUA CUACAAAAUC UAUAAUGACU GGGUAAGUCA CCCGUAAGAA G GAUGAGUU AGUAGAGAUA UAAUAAUAUC UUACAGUUCA ACUGAUGUGC AAGUUUAUAA GUAGACGUAG UGUGAAAGAC UU AUCGCUA ACGCAAUAGA CGUUAUCUCG AAAGGAUAAA AGAAACCAAG AAGAUAUACA AAUUGGUAAC UUGUAUAAGC CCU UGGUAA UACCAAAUAA GUUAGUUCCU CAUGAUGUCG UGGAAACAUG ACUAUAAGAU AAGUUGAAUU CGAUAGUAGC CCAA GAGGA AUC(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N) (N)(UNK)GAU UGUGCCUUGA AAAAGGUGGG UGAGGUCUGU GGGUAAAAAU UAAUUCCCAU CUGGUUUUGG AUUUUCUUC GGAAAAUUGG UGCAAGAAGC GUGGAGUUGC UAACCAUUGC UCAGACUUGU AUCGCCAGUA GCACGAUAAC GAUAUUUAUG AAUGUUGUA AGGUGAAUAA AAGCCUAUGA UUUGUGAAC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.9 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMSodium HEPES
10.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 4462 / 平均露光時間: 1.42 sec. / 平均電子線量: 59.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 71114
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Local refinement / 使用した粒子像数: 31056
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
ソフトウェア - 詳細: ab initio reconstruction multi class
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Homogeneous refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9mds:
ROOL RNA nanocage (env-120)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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