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- EMDB-47578: Cryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 50S ribosomal s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47578
タイトルCryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 50S ribosomal subunit in complex with Dri
マップデータPyrobaculum caldidifontis 50S ribosomal subunit bound to Dri
試料
  • 複合体: 50S ribosomal subunit
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 37種
  • リガンド: x 4種
キーワードRibosome / Translation / Hibernation / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea ...: / : / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L32e, archaeal / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / : / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / CBS domain / CBS domain / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / CBS domain profile. / Ribosomal protein L23 / : / Class I glutamine amidotransferase-like / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / : / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / : / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L37e
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL22 / DJ-1/PfpI domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL13 ...Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL22 / DJ-1/PfpI domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL13 / LSU ribosomal protein L38E / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L15e / PaREP1 domain containing protein / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Putative signal-transduction protein with CBS domains / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Nissley AJ / Cate JHD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2002182 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of an Archaeal Ribosome with a Divergent Active Site
著者: Nissley AJ / Shulgina Y / Kivimae RW / Downing BE / Penev PI / Banfield JF / Nayak DD / Cate JHD
履歴
登録2024年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47578.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47578.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 857.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pyrobaculum caldidifontis 50S ribosomal subunit bound to Dri
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 608 pix.
= 504.214 Å		0.83 Å/pix.
x 608 pix.
= 504.214 Å		0.83 Å/pix.
x 608 pix.
= 504.214 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8293 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.152
最小 - 最大-0.5178891 - 1.3523083
平均 (標準偏差)-0.00023832911 (±0.03154009)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ608608608
Spacing608608608
セルA=B=C: 504.2144 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_47578_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Pyrobaculum caldidifontis 50S ribosomal subunit bound to Dri...

ファイルemd_47578_half_map_1.map
注釈Pyrobaculum caldidifontis 50S ribosomal subunit bound to Dri (Half Map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Pyrobaculum caldidifontis 50S ribosomal subunit bound to Dri...

ファイルemd_47578_half_map_2.map
注釈Pyrobaculum caldidifontis 50S ribosomal subunit bound to Dri (Half Map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 50S ribosomal subunit

全体名称: 50S ribosomal subunit
要素
  • 複合体: 50S ribosomal subunit
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Putative signal-transduction protein with CBS domains
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL5
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL8
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL13
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: eL14
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15e
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL18
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL18
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL19
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL20
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL30
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL30
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL31
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL32
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL34
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL37
    • タンパク質・ペプチド: LSU ribosomal protein L38E
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL39
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL40
    • タンパク質・ペプチド: eL42
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL43
    • タンパク質・ペプチド: DJ-1/PfpI domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: PaREP1 domain containing protein
  • リガンド: SPERMINE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: 50S ribosomal subunit

超分子名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#39
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)

+
分子 #1: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 984.007875 KDa
配列文字列: UAGGCAAAGC CGCCCGGUGG AUGGCUCGGC UCGGGCG(5MC)CG AAGAAGGGCG UGGCAAGCUG CGAUAAGCCC GGGGUA GC(B8T) GCAGGCAGGC UUAGAACCCG GGAUCCCCGA AUGGGGCUUC CUGCCGGGGC CGAAUAGGCC CCGGCGCCCC GUA AGGGGC ...文字列:
UAGGCAAAGC CGCCCGGUGG AUGGCUCGGC UCGGGCG(5MC)CG AAGAAGGGCG UGGCAAGCUG CGAUAAGCCC GGGGUA GC(B8T) GCAGGCAGGC UUAGAACCCG GGAUCCCCGA AUGGGGCUUC CUGCCGGGGC CGAAUAGGCC CCGGCGCCCC GUA AGGGGC GGGAACGCGG GGAAAGGAAA CAUCUUAGUA CCCGCAGGAA GGGAAGCCAA CAGGGACCCC CUGAGUAGGG GCGA CCGAA AGGGGGAUAG CCCAAACCAA AUCCUCGCGG GACAACCGUG GGGAGAUGUG GGGCUUGGGC CCGGGCAACC GCCGG CGGG CGGUAGCCGA AGUGGGCUGG AAUGCCCCGC CGUAGAGGGU GAUAGCCCCG UAGGCGAAAC CGCCCGUGGC GGAGUC CCG GGGUCCCGGA GUACCUCGGC UUAGUUUUGC CGGGGGAACG CGCCGGCCAC UGGCCGGCAA GGCUAAGCAC GUCCCGA GU CCGAUAGCGC ACUAGUA(OMC)(OMC)G UGAGGGAAAG CUGAAAAGAA CCCCGGAAGG GGGGUGAAAA GAGCCUGAAA CCGGGCGGC UACAGUGGGG CAGGCCCGAA AGGAUGCCCC CUCCCGAAGG AAACCCCGGU GACGGGGGAG UACGAGGGAG G GGGUCCAG GGUCUGCCCU UACGUCUAGA AACACGGGCC GGGGAGUUCA (OMC)GGCCGUGGC GAGCCUAAGG GGUUCAAC C CCGGAGGCGU AGGGAAACCG ACAGCCCGCA GCGGGGCAAC CCGCGAGGGG CGGGGUCUUA AAGGGCCCGU AGUCACGGC CGUGAGACCA GAAACCGGGC GAUCUAGCCC UGGGCAGGGU GAAGCGGGGC GAAAGCCCCG UGGAGGCCCG AAGGGGUUCU GAUGUGCAA AU(OMC)GU(OMU)CCCA UGACCUGGGG CUAGGGGCAA AA(OMG)ACCAA(OMU)C AAGCCCGGUG AUAGC UGGU UCCCCCCGAA GCGGGUCUCA GCCCGGCCUC CCCGGAGGCG GCCGGCGGGG UAGAGUACUG AUCGGGGGUG CGGGAG CCG AAAGGCUCCG GCCCCCGGUC AAACUCCGAA CCUGCCAGCG CCGUAGAAGG GGGGAGGCGG GGGCGGUGGG GUAAGCC UC CGCUCCGAGA CGGGAACAAC CGAGACCGGG GUUAAGGCCC CCAAGUGCGG GCUUAGUGUC AAUCUAAAAG GGCGUCCC C CGCCCAAGAC AGCGGGGCCG UGGGCCUAAC AGCAGCCAUC GGCUAAGCAA CGCGUAACAG CGGACCCGCC GAGGCGGGG GGCCCCGAAG AUGUACAGGG ACUAAGCCCG CCGCCGAGAC CCCGGCCCGC GGGCCGUUGG CCCGCGUGGG GUAGGGGGGC GCGGCCGUG GGGCAGAAGC CGGGCCGUGA GGUCCGGUGG ACCCGCGGCC GACGAAGAUC CCGGCGGUAG UAGCAGCGAA G AGGGGUGA GAAGCCCCUC CGCCGGAAAG GACCAGGGUU UCCUGGCAAC UUCAAUAGGC CAGGAGUUAG CCGGUCCUAA GG CGGGGCC UAAUAGGCAC CCGCCGAAAG GGAAACGGGU UAAUAUUCCC GUGCCGCGGG GGUAGGUUCU GCGGCAACGC AGG CCCCGU CCCCGACGCC UCGGGAUAGG GCGGGCGGGA CUGCCGUCCC GCUUAACCGU CGAAGGCCGG GGAGUGCCGU AAUG GCGAG AACCGGCCGA AGGCGGGAAU AGCCGGGGGU UUCCCCGGUC CGCCCGACUC CUGGGGCCCG UGAAAAGGGG ACGGG GAAC GAGCCCCCGC GCCCGUACCG AGAACCGACG CAGGUGCUCC UGGGUGAGAA GCCCAAGGCG GCUCGGGUGA CCCCGG GCC AGGGAACU(OMC)G GCAAAUUGGC CCCGUAACUU CGGGAGAAGG GGUGCCUGCG GUCUUGGGGU AUACCCCCGG GAC CGCAGG UCGCAGUGGC AAGGGGGACC UGAC(PSU)GUUUA ACAAAAACAU AGGUCCCCGC GAGCCCGUAA (OMG)G (OMG)UGUGUA C(OMG)GGGGCUGA AUCCU(OMG)GCCA (OMC)UGGCGGUAC G(PSU)GA(A2M)CCCCG GGUACAACC GGGCGA(A2M)GCG C(4AC)(OMG)(OMC)UGAAGG CCGGGGGUAA CUCUGACCC(PSU) CUUAAGGUAG C(5MC)AA (A2M)UGCC UU(OMG)CCGG(OMG)UA AGU(OMU)CCGGCG UGCA(OMU)GAAUG GAUCAACGA(OMG) (OMG)UCCCCA CU GU(OMC)(OMC)CGGCCC GGGGCCCGGC GAACCCACCU (OMC)CAGGUGCAC AG(OMU)CCUGGGA CCCCCGACGG GG C(OMG)AGAAG UCCCUAUGGA GCUUCACAGC AGCCUGUCGU UGCGGGGGGG CGGGGGGUGC AGAGCGUAGG UGGGAGCGA UGAAACGGGG UCUCCGGGCC CCGUGGAUGC GACCCUGGAA CACCACCCAC UCUCCGCCCC UCCGCUUACC CGCCGCAAGG CGGGGACAG CGGCAGGCGG GCUGUUCGGC UG(OMG)GGC(OMG)GCA CACCCCUGAA AAGAUAUC(OMG)G GGGUGCCCA AAGCUCGGC(OMU) CAGGCGGGUC AGAAAUCCGC CGUAGAGUGU AAGGGCAAAA GCCGGGCUGA CUGGGCCCUU GAACGC AAG GGGCCCAGGC GGGAAACCGG GGCCUAGAGA ACGCUCGUGC CCCCACCAGU GGGGGCCGG(OMG) (OMC)AUGACAGA AAAGUUAC(OMC)C UAGGAAUAAC CGGC(PSU)CG(OMU)CG CGGGUGAGAG UCCCCAUCGA CCCC(OMG)CGGUU (PSU)(OMG)G(PSU)ACCCA GACGUCG(OMU)(OMC)(PSU) CU(OMU)CCCAUCC UGGCGGUGCA GCAGCCGCCA AGG GUGGGG C(OMU)(OMG)CCCGCCC AUUAAAGGGG AACGUG(A2M)GAU GGG(UR3)UCAGA(OMC) CG(OMU)CGCGAGA CAGGU(OMC)GGU CUCUACCUGU CGGGGGCGCU GGCCGCCUGA GGGGAAGGUG CCCUCAGUAC GAGAGGAACG GGGCGCC GC GGCCUCUAGU GUACCGGUUG UCCGGCAGGG CACUGCCGGG CAGCCACGCC GUGGGGGA(OMU)A ACCGCUGAAA GCAU CUAAG CGGGAAGCCC UC(OMC)(OMC)CGAGAC GAGGCGGCCG UUGCCCUGGG GGCAACCCCG GGGCACGAGG GCUCC (B8T)GUA GAAGACGGGG UUGAUGGGGG GGCGGUGUAA CCCCCGAGGG UUUCCCGAGG GGAGAGCCGG CCCCUCCCAA UC GCCCGAG CGU(G7M)C

+
分子 #2: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 41.803953 KDa
配列文字列:
GCCCCUAACC CGGCCAUAGG CGCCGGUGCU ACACCCGGUC UCAUCAGAAC CCGGAAGUUA AGGCCGGCGC CGCGCUCGGG AGUACUGGG CUCCGCGAGG GCCCGGGAAA CCGGCGUGCU GGGAGGGGGC

GENBANK: GENBANK: CP000561.1

+
分子 #3: Putative signal-transduction protein with CBS domains

分子名称: Putative signal-transduction protein with CBS domains
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 72.127695 KDa
配列文字列: MLTREELEKL AEKRVPQFVR DVVEHPPFRV TVNTTLETLA AYLRKFPVDV VPVFKSVFSD EVAGVVYPHT ALLLKSKKLD AKVGEFLNQ PLVVKESWRI ENVAEMLISE SKWGAVVVDE EGKFVGVVSL RGLLSALLLR EPKAKSVAAV YTSIDEKKPR V GFVKAIEK ...文字列:
MLTREELEKL AEKRVPQFVR DVVEHPPFRV TVNTTLETLA AYLRKFPVDV VPVFKSVFSD EVAGVVYPHT ALLLKSKKLD AKVGEFLNQ PLVVKESWRI ENVAEMLISE SKWGAVVVDE EGKFVGVVSL RGLLSALLLR EPKAKSVAAV YTSIDEKKPR V GFVKAIEK VSKIFHKLVG GEVDGYVVLN REGGAAGILT VWNFLKSRRW FRGSGEPRAI FGTRVTRGES KPRGVARVWR IM SRGVAVA NPDTPITDVA RYMATFGIYV VPVVDRNGKV IGAVTAWDVL HAYLYGPKEG REDVEVKTAV EVPVSKPSME AVI RLKPVK HVTGLRARDV MLSDVPMVNV RDPLSSIRKA FLRSKSGILA VVDDSGKVVG FITRRDFMSY IAEKSLGYWR RQKG KLLVL REEALPGEQA KLAVEEGTAG DLAKSEYPTV SESATLEEVA YKMLAAGTDY VVVIDSAGQP IGVVTKDELV KAYKE RGRS VKVGELMTPA DVAAVNPFSS LMSTTRKINA FELDGVVVVE GGNIMGVVTV DDLALRPVEE TLRGERVVYF TKSGVL RKA TTGLSRLRYS KVGTLTALDV SRPVDHVANV NADVKEVLDK LVEQGVVPVV DEQGRLVGVL NKMDIVKDLA RVYVTYA MP EKLAEVKQVE ERA

UniProtKB: Putative signal-transduction protein with CBS domains

+
分子 #4: Large ribosomal subunit protein uL2

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 26.240348 KDa
配列文字列: MGKRILVQRR GRGGSQFRSP SWKRDGPVRY PPNISGRGIV VEILHEPGLN APVAKIRMEN GVEFFNYAAE GLYVGQVIQV GPDAPPAVG NVLPLGKIPE GTMVFNVEKR FGDGGKFARS GGTYALVIGQ RPEENKTIVR LPSGRVIEVD ARGRATIGIV A GGGRVEKP ...文字列:
MGKRILVQRR GRGGSQFRSP SWKRDGPVRY PPNISGRGIV VEILHEPGLN APVAKIRMEN GVEFFNYAAE GLYVGQVIQV GPDAPPAVG NVLPLGKIPE GTMVFNVEKR FGDGGKFARS GGTYALVIGQ RPEENKTIVR LPSGRVIEVD ARGRATIGIV A GGGRVEKP FVKAGKKYHR ARAKSWKYPT VRGKAMSPYA HPHGGGSHQK GGTPVPKTAP PGQKVGFIGS RCTGRGCVRA RA QQKQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #5: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 37.240543 KDa
配列文字列: MGLKINRPRR GSMGVYPRKR AADIVPRVRT WPEVNLGKPT LLGFAAYKAG MLHAVVVDDR PTSPLYGKEV VKAVTVLDAP PLYVAAVRL YTLDPTNGYK VAVGEAWVSE PPADLRRVLT LPEKFDTEKQ LKALEEYRDV AVDVRVLVAT QPRLSGIGKK T PEVLEIPV ...文字列:
MGLKINRPRR GSMGVYPRKR AADIVPRVRT WPEVNLGKPT LLGFAAYKAG MLHAVVVDDR PTSPLYGKEV VKAVTVLDAP PLYVAAVRL YTLDPTNGYK VAVGEAWVSE PPADLRRVLT LPEKFDTEKQ LKALEEYRDV AVDVRVLVAT QPRLSGIGKK T PEVLEIPV GGVPSIDERI NFAISLLGKT VSPKDVFTPG QLVDVIAVTK GKGYQGVVKR FGVTILPRWH KHRKGHRRTG TI GPQAPAL MFTQPRPGQM GFHQRTEYNK RILKIGDNGA EITPKSGFPH YGVIKGPYIL LQGSVPGARK RLVVLRYPVR PPK KAPPAA EPQVVWVSSQ SI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #6: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 31.602059 KDa
配列文字列: MGAVVKELLK FKLLDLSPYI KPAEERPPEA LKVYDVNGQY MADIETPIHF YEPVRPDLIR RAYLSALSAR FQPKGVYEGA GKEHSCESF GVGLGIARIP RYKGHLWPRG CFAPNTRGGR RAHPPRPEKK LHEEINWKEK NLAIRSAIAA TAYKSWVAAR G HMVEKVPS ...文字列:
MGAVVKELLK FKLLDLSPYI KPAEERPPEA LKVYDVNGQY MADIETPIHF YEPVRPDLIR RAYLSALSAR FQPKGVYEGA GKEHSCESF GVGLGIARIP RYKGHLWPRG CFAPNTRGGR RAHPPRPEKK LHEEINWKEK NLAIRSAIAA TAYKSWVAAR G HMVEKVPS LPLVVSGDAE KIAKAKEAKK LFEVLGLWPD VERAAEGVKI RAGKGKMRGR RYKEPKSVLV VVSELDVPLI GA VRNFPGV DVVPVSHLNM LVLAPGGVPG RLTLWTATAV ERLKGLFL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #7: Large ribosomal subunit protein uL5

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 20.156908 KDa
配列文字列:
MKWKELVLVK DHPMKRVYIE KVVVNIGVGT GGERLEKAAN LLRELTGAEP SLRRAKRSIK DFGIRKGEPI GVAVTLRRDK AVEFLMRAL QAVGNRIKRS SFDERGNVCF GIKEHIMLPG VKYDPAVGIW GMDVCVRLAK PGLRVQLRRR RRSKVGKGQL V TREEAVEF FQKVLGVQVD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #8: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 21.663471 KDa
配列文字列: MHVVYAVEEV PIPDGVKVAI EKTGPFDYVV KVKGPLGELV KEFKNTPVIM SLSDGKVVLE VLNAKKREYA LLGTYKGILK NMFLGVTKG WRYKLKVIYT HFPMLVKVQG NQLTIENFLG RKSKIVLEIP KGVKVEVKGK EDIVVEGIDR ELVSQFAAAI Q AATELRGE ...文字列:
MHVVYAVEEV PIPDGVKVAI EKTGPFDYVV KVKGPLGELV KEFKNTPVIM SLSDGKVVLE VLNAKKREYA LLGTYKGILK NMFLGVTKG WRYKLKVIYT HFPMLVKVQG NQLTIENFLG RKSKIVLEIP KGVKVEVKGK EDIVVEGIDR ELVSQFAAAI Q AATELRGE EKPSPHGREG GLGVVDGIYV VGYEHVKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #9: Large ribosomal subunit protein eL8

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 16.013695 KDa
配列文字列:
MAVTIDPKTF YANPLPGKPF YVRFEVPSDV AEKALEILSI ARQTGKIKKG TNETTKAVER GLAKLVLIAE DVDPPEVVAH LPLLCEEKK VPYVYVPSKE KLGKAAGINV AAAAAVVIEA GQAAGELEAL VNKINEIRAK HGLNAIPVRR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8

+
分子 #10: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 21.736996 KDa
配列文字列:
MIVKKVLDLS QIPEKGEIVI DAEGHIMGRL ASYVAKILLS KPELRVVVVN AEKLVVTGDR KMVVEWFMRK ISEWRTHYNP EKAGPKIPR RPDRVFKRVV RGMLPKKVES GRDALKRLRV YMSIPLDFIQ RRRLVLYEVP AAKLRVRPLM QFVTLEEVWR S IDPAAWEK WNKAKEVWAK KIKQATSG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #11: Large ribosomal subunit protein eL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 17.939125 KDa
配列文字列:
MIPKPVVQVP RSIKSGGVTK WKEGRGFSLG ELKEVGLNAE QARLLGLPVD TRRDSVWPQN VEALRKWLIE VLEGKATPPE PTLPKVVKV KRKRGRAFRG LTSAGRRSRG LISTRFRETH NYKFKKKAKE RRLKKRHEAT KGLGNVLRIS RIINESKE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL13

+
分子 #12: Large ribosomal subunit protein uL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 15.768449 KDa
配列文字列:
MAKRGGKRTV GVPYRFHVTP GIFMNSLVPV ADNSGAKLVR VIGVVGHYSK SVHRRIPGAG VGDMVVVVVR EGKPELRKQI FRAIVVRQR RPYRRPDGTW VAFEDNAVVI VTPEGDPKGS EIHGPVAMEA TLRWPTIANL ASIVV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #13: eL14

分子名称: eL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 11.470542 KDa
配列文字列:
MVKVIDVGRV VVKVLGREAG RKAVVVDIVD ENYVVITGPK SLSGVRRRRV NINHIEPTDK KIEIKKGASD EEVLKALEAA GLVEYMKER VKPKLFEITP ADVK

+
分子 #14: Large ribosomal subunit protein uL15

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 17.52543 KDa
配列文字列:
MVRRFKRATK YRRGSRTHGW GRVGQHRKSG GSGGKGMVGF HKHKWSLVMK YGESGTGWPF YGKHGFKQPE TISVEWRPIN VGRLAELVK ELRERGEVRE EEGRLVVDLL KLGYNKLLGG GHMDVPLVVY TPVASKAAVE KIAKAGGEVR IVSLVHR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L15e

分子名称: 50S ribosomal protein L15e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 22.623768 KDa
配列文字列: MPSAYQYMAM WYRKVGREVH ERLMRSVLIK WRKEPAIVRV ERPFRLERAR KLGYKPKQGV VVARVRLIRG PFNRRRPDSG RRPKRMGVY GITAWKSWRQ VAEERAARKF PGLEVLNSYW VADDGIYRYF EVILIDCNQP TIQRDPLYSG ICGREVPRRR L ARRLRERQ ...文字列:
MPSAYQYMAM WYRKVGREVH ERLMRSVLIK WRKEPAIVRV ERPFRLERAR KLGYKPKQGV VVARVRLIRG PFNRRRPDSG RRPKRMGVY GITAWKSWRQ VAEERAARKF PGLEVLNSYW VADDGIYRYF EVILIDCNQP TIQRDPLYSG ICGREVPRRR L ARRLRERQ RKLIEHLKKT LLPKLKGTST A

UniProtKB: 50S ribosomal protein L15e

+
分子 #16: Large ribosomal subunit protein uL16

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 19.89323 KDa
配列文字列:
MPARPARCYR RIKGPPYTRE EYIHGAPMIQ IPKFDMGTTS AAARAAFTMV AKLVAEERGQ IRMQALEAAR QISSKYLTKY VGDANYYLR LNVVPHHVLR ENRMLAMAGA DRLQEGMRLA FGSPAGRAAR VEPGQVIFYV EFKPEHLAHV KEALRRAASK L PIPTRIVV EPKGDGKTAS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #17: Large ribosomal subunit protein uL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 23.424332 KDa
配列文字列: MARGARYKVP FRRRREGVTN YRKRRKLLLS RKPRLVVRKT NKHLIAQIVI ARPHGDETVV GLDTRVLSKF GWKGDENNTS AAYLLGLIV GYKARAKGIK EAILDIGLHR PTPGARVFAV MKGVIDAGVE VPHGEEVVPS EERIRGEHVA EYAKRLKEEA P EAYKARFS ...文字列:
MARGARYKVP FRRRREGVTN YRKRRKLLLS RKPRLVVRKT NKHLIAQIVI ARPHGDETVV GLDTRVLSKF GWKGDENNTS AAYLLGLIV GYKARAKGIK EAILDIGLHR PTPGARVFAV MKGVIDAGVE VPHGEEVVPS EERIRGEHVA EYAKRLKEEA P EAYKARFS RYLQRGLPPE ELPSHFEEVK KKIVEYYEQK LAKAVAR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #18: Large ribosomal subunit protein eL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 13.224723 KDa
配列文字列:
MPPNPTGPTN RQLRMLIRFL RKAATANSAN IWRAIAELVE RPRRSRVVVN VGKLNRVAND GDVVVIPGKL LGGGELKKRV VVAAVSVTP KAWKKVVEAG GEVLTIPELV RRNPKGSGVK IVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL18

+
分子 #19: Large ribosomal subunit protein eL19

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 17.414342 KDa
配列文字列:
MVDVKRLAAE ILGVGVSRVK ISPEAVGRLE EVVTKDDVRA LIDEGLIWAE PEKGNSRGRW RELHEKKKKG RRRGQGSRKG RRLDEEEAW VNKMRVMRRF LNTLKRQGKL DPATWRQLYR MVKGNYFRDL RHLKTYINEH KLTKEPVK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL19

+
分子 #20: Large ribosomal subunit protein eL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 8.929547 KDa
配列文字列:
MPKIYRVVGD TSTGMKFVVE VVGERPYDAL EKVYSVLGSR HKLKRTQIRI REVSVVEPSS AKSNEAKMLM VLEKVVRY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL20

+
分子 #21: Large ribosomal subunit protein eL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 11.319301 KDa
配列文字列:
MVKRTHGYRY KSRKLLSKAP RERGMSGLSR LLYEYKPGDK VVIDIDPTFI STAPHRRYQG KVGVVIGTRG RAYVIETYIG DKKKIIITT PEHLRPHLGG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL21

+
分子 #22: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 21.309219 KDa
配列文字列:
MPHFHYSLTD EQAAELVFKK YGVRITPEQI AKAYAPEQRM SWKKSVEVAR FIKGMTLKQA KAWLEDVVKL KRPIPIKTFK KKQAHHATP WEGWPVAKWP VKVAKRYLQL LENLENNAKF KGLDVERLVI IHAAAHKGIK IPNIMPRAFG RATPFNEETV N VEIVAAEL PKEVVPKRYK LNLVKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #23: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 9.307085 KDa
配列文字列:
MIKRFVITEK ALRLAERENK ITIIVERTAT KKQIADEVQR LYNVKVEKVN TLITPRGEKK AYVKLAEGYS AMDLLTKLGV L

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #24: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 14.588312 KDa
配列文字列:
MPFTASAQPR KQRLSLYAAP LHLRRKLLNA KLSPELQKKL GVKRLPVRRG DTVLIMRGDF KGVTGKVVKV DLKRVRIFVE GATRTNSRG QTVYYPIHPS KVMIVDVDLS DKARQKLIER RKRGQHGSS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #25: Large ribosomal subunit protein eL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 7.10254 KDa
配列文字列:
MKIHKCSFCG ADIPPGYGIM YVRSDGTVQR FCSRKCFVSA VKYGRNPRKL AWVRKKKAKT SK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL24

+
分子 #26: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 9.15887 KDa
配列文字列:
MSERKLKPKA LREMSPEERR ELLNQLRAEL VKLQTQRSRG FVEKPGRIRQ VRRMIARILT IERELAKAGA RAEKGGAKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #27: Large ribosomal subunit protein uL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 20.287805 KDa
配列文字列:
MMAATEQKTV YPRYAVIRLR GIPTTPGDIA ATLDLLRLRR KFTMVVVVGS PSVMGMIERV NDWVTWGEID ADTLAEVLRK RGRIVGDKP LTLEYLQKWG WNSFEEVALA YISGEIETLA CKKDFKAREG QRPPCIPYLK PFFRLHPPRG GLNSVKLHFS V GGDLGYRG PLINDLIKRM L

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #28: Large ribosomal subunit protein eL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 10.886839 KDa
配列文字列:
MIDIGRELQV AINTGKVIIG LRETKKSLLT GAPKLVIIAA NAPRWAREDI EYYAKLAGVP IFTFPGSSIE LGAAAKRPHK IMALAVVDP GQSEILKLVE HA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL30

+
分子 #29: Large ribosomal subunit protein eL31

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 10.668632 KDa
配列文字列:
MSEEKKVVLT REYVINLRRT REVSRTKRAK YAVGLIRRFV ARHLKVEPKA VKLGQALNEA LWARSIEKPP RRVHVVVEKL DDGTVRVEL KQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL31

+
分子 #30: Large ribosomal subunit protein eL32

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 18.172572 KDa
配列文字列:
MVVVPRRELP QPLKRLLRLR LQMKRRKPEF VRIDQWRYKR IEDSGWRNQR TLDNKIRRKW KGWPKPVEVG YRKPAAVRGL HPSGFVEVL VHRPEDLAGL DPKVHAVRIG RTVGLRKRLE IVKKARELGF YVLNPGKEVV ELLKKELNTA QPQQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL32

+
分子 #31: Large ribosomal subunit protein eL34

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 9.373127 KDa
配列文字列:
MPRPAYRSRS LRRVKVKTPG GRTVVHYEKR AKGVPKCAVT GQPLGGMNSK VYRFGISTRA PSRPYGGVVS HKVLARAIRY AVRR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL34

+
分子 #32: Large ribosomal subunit protein eL37

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 6.174278 KDa
配列文字列:
MKGTPSMGKH NKGKTHIRCP RCGRHSYNVT KKYCASCGWG RSKRWRRYNW AK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL37

+
分子 #33: LSU ribosomal protein L38E

分子名称: LSU ribosomal protein L38E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 7.954435 KDa
配列文字列:
MPKEIFLVEL WKKYGEKAQV VRVKRYEDFV KLKARLSGYL YTIRVPPDKA EQLISELKAK NVKVEEV

UniProtKB: LSU ribosomal protein L38E

+
分子 #34: Large ribosomal subunit protein eL39

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 6.030298 KDa
配列文字列:
MARNKPLGKK LRLAAALNSN RNPPLWVIAK TKRRVTRSPA RRHWRRQKLK A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL39

+
分子 #35: Large ribosomal subunit protein eL40

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 6.356657 KDa
配列文字列:
MPITLDPEKL AIVLQHRFNY KICRNCGARN PPDAEKCRRC RSRNLRPKKF KKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL40

+
分子 #36: eL42

分子名称: eL42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 10.60361 KDa
配列文字列:
MKFPKSVNMY CPRCNTYTQH SVSNYHGGQR RSLAEGQRRY ERKLKGYGST PKPKQKRFAK VNKKVTLVFT CTKCGYKIVK SLGRMKKVE LV

+
分子 #37: Large ribosomal subunit protein eL43

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 11.387464 KDa
配列文字列:
MPFSHTKIVG PAGRYGARYG MGIRRKVTTI EVKQRGKHRC PSCRSLVRLE RLAFGIWHCP KCGHTFAGGA YVPQTILGKT IAPEELKGV EAEKAKWKEA AKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL43

+
分子 #38: DJ-1/PfpI domain-containing protein

分子名称: DJ-1/PfpI domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 20.956449 KDa
配列文字列:
MPKALLYVID TAKRDEYPTL KNFLVKGGYE VDVAVGSRDV NVNYTVDLMT LPSDKLPTLF EEYDAFALAG GFKIYYHVLQ KKPPLKIWD LNIDKERLAQ LVVEFNRRRK LLIAPMAVPA YVAQLGLLSG RHATVYPVTE LIKILRDNKV NFVNKQVVRS E NIITVKDI TTTSEKEFLA ALREKG

UniProtKB: DJ-1/PfpI domain-containing protein

+
分子 #39: PaREP1 domain containing protein

分子名称: PaREP1 domain containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
分子量理論値: 10.938797 KDa
配列文字列:
MPLCSKWESL ITWAEKGGNS YKALEFREKL VECIVYTATE KVKKKKLDEA EELLKYGKEV AKKFNIEELN FHIALLEKEI SKIRQRRAQ AQTK

UniProtKB: PaREP1 domain containing protein

+
分子 #40: SPERMINE

分子名称: SPERMINE / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 46 / 式: SPM
分子量理論値: 202.34 Da
Chemical component information

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

+
分子 #41: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 173 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #42: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #43: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 7994 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
10.0 mMKClPotassium Chloride
20.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium Acetate
3.0 mMC10H26N4Spermine
2.0 mMC4H10O2S2DTT
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7318 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2360632
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 183467
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9e6q:
Cryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 50S ribosomal subunit in complex with Dri

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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