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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4748 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of calcium-free human TMEM16K / Anoctamin 10 in detergent (closed form) | |||||||||
![]() | Relion2 post-processed sharpened with -150A**2 b-factor | |||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / CALCIUM ACTIVATION / TRANSPORT PROTEIN / LIPID TRANSPORT / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | |||||||||
機能・相同性 | ![]() intracellularly calcium-gated chloride channel activity / calcium-activated cation channel activity / chloride channel activity / chloride transmembrane transport / monoatomic ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / Induction of Cell-Cell Fusion / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.14 Å | |||||||||
![]() | Pike ACW / Bushell SR | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structural basis of lipid scrambling and inactivation in the endoplasmic reticulum scramblase TMEM16K. 著者: Simon R Bushell / Ashley C W Pike / Maria E Falzone / Nils J G Rorsman / Chau M Ta / Robin A Corey / Thomas D Newport / John C Christianson / Lara F Scofano / Chitra A Shintre / Annamaria ...著者: Simon R Bushell / Ashley C W Pike / Maria E Falzone / Nils J G Rorsman / Chau M Ta / Robin A Corey / Thomas D Newport / John C Christianson / Lara F Scofano / Chitra A Shintre / Annamaria Tessitore / Amy Chu / Qinrui Wang / Leela Shrestha / Shubhashish M M Mukhopadhyay / James D Love / Nicola A Burgess-Brown / Rebecca Sitsapesan / Phillip J Stansfeld / Juha T Huiskonen / Paolo Tammaro / Alessio Accardi / Elisabeth P Carpenter / ![]() ![]() ![]() 要旨: Membranes in cells have defined distributions of lipids in each leaflet, controlled by lipid scramblases and flip/floppases. However, for some intracellular membranes such as the endoplasmic ...Membranes in cells have defined distributions of lipids in each leaflet, controlled by lipid scramblases and flip/floppases. However, for some intracellular membranes such as the endoplasmic reticulum (ER) the scramblases have not been identified. Members of the TMEM16 family have either lipid scramblase or chloride channel activity. Although TMEM16K is widely distributed and associated with the neurological disorder autosomal recessive spinocerebellar ataxia type 10 (SCAR10), its location in cells, function and structure are largely uncharacterised. Here we show that TMEM16K is an ER-resident lipid scramblase with a requirement for short chain lipids and calcium for robust activity. Crystal structures of TMEM16K show a scramblase fold, with an open lipid transporting groove. Additional cryo-EM structures reveal extensive conformational changes from the cytoplasmic to the ER side of the membrane, giving a state with a closed lipid permeation pathway. Molecular dynamics simulations showed that the open-groove conformation is necessary for scramblase activity. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 27.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 77.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 30.5 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 22.4 MB 22.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Relion2 post-processed sharpened with -150A**2 b-factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: RELION2 refine3d halfmap1
ファイル | emd_4748_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION2 refine3d halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: RELION2 refine3d halfmap2
ファイル | emd_4748_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION2 refine3d halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Anoctamin 10
全体 | 名称: Anoctamin 10 |
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要素 |
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-超分子 #1: Anoctamin 10
超分子 | 名称: Anoctamin 10 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 153 KDa |
-分子 #1: Anoctamin-10
分子 | 名称: Anoctamin-10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 77.276016 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKVTLSALDT SESSFTPLVV IELAQDVKEE TKEWLKNRII AKKKDGGAQL LFRPLLNKYE QETLENQNLY LVGASKIRML LGAEAVGLV KECNDNTMRA FTYRTRQNFK GFDDNNDDFL TMAECQFIIK HELENLRAKD EKMIPGYPQA KLYPGKSLLR R LLTSGIVI ...文字列: MKVTLSALDT SESSFTPLVV IELAQDVKEE TKEWLKNRII AKKKDGGAQL LFRPLLNKYE QETLENQNLY LVGASKIRML LGAEAVGLV KECNDNTMRA FTYRTRQNFK GFDDNNDDFL TMAECQFIIK HELENLRAKD EKMIPGYPQA KLYPGKSLLR R LLTSGIVI QVFPLHDSEA LKKLEDTWYT RFALKYQPID SIRGYFGETI ALYFGFLEYF TFALIPMAVI GLPYYLFVWE DY DKYVIFA SFNLIWSTVI LELWKRGCAN MTYRWGTLLM KRKFEEPRPG FHGVLGINSI TGKEEPLYPS YKRQLRIYLV SLP FVCLCL YFSLYVMMIY FDMEVWALGL HENSGSEWTS VLLYVPSIIY AIVIEIMNRL YRYAAEFLTS WENHRLESAY QNHL ILKVL VFNFLNCFAS LFYIAFVLKD MKLLRQSLAT LLITSQILNQ IMESFLPYWL QRKHGVRVKR KVQALKADID ATLYE QVIL EKEMGTYLGT FDDYLELFLQ FGYVSLFSCV YPLAAAFAVL NNFTEVNSDA LKMCRVFKRP FSEPSANIGV WQLAFE TMS VISVVTNCAL IGMSPQVNAV FPESKADLIL IVVAVEHALL ALKFILAFAI PDKPRHIQMK LARLEFESLE ALKQQQM KL VTENLKEEPM ESGKEKATAE NLYFQ UniProtKB: Anoctamin-10 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4.5sec before plunging. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2038 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 56.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | phenix.real_space_refine with NCS constraints and model reference restraints (PDB id: TBC). |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 150 / 当てはまり具合の基準: Correlation coef |
得られたモデル | ![]() PDB-6r7z: |