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万見
- EMDB-4571: Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4571
タイトルElongator catalytic subcomplex Elp123 lobe
マップデータPostprocessed map of Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe from yeast at 3.3 A resolution.
試料
  • 複合体: Elongator catalytic subcomplex Elp123
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 3
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: 5'-DEOXYADENOSINE
キーワードElongator / yeast (酵母) / tRNA modification / Elp123 / TRANSLATION (翻訳 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA uridine(34) acetyltransferase activity / elongator holoenzyme complex / protein urmylation / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / tRNA wobble uridine modification / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / : / protein transport / regulation of translation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...tRNA uridine(34) acetyltransferase activity / elongator holoenzyme complex / protein urmylation / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / tRNA wobble uridine modification / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / : / protein transport / regulation of translation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / microtubule binding / tRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Elongator complex protein 1 / Elongator complex protein 2 / IKI3 family / Radical SAM, C-terminal extension / Elongator complex protein 3-like / ELP3/YhcC / Radical_SAM C-terminal domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily ...Elongator complex protein 1 / Elongator complex protein 2 / IKI3 family / Radical SAM, C-terminal extension / Elongator complex protein 3-like / ELP3/YhcC / Radical_SAM C-terminal domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongator complex protein 2 / Elongator complex protein 3 / Elongator complex protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Dauden MI / Weis F
資金援助 ドイツ, ポーランド, 2件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationBR921/9-1 & Mu3173/2-1 ドイツ
Polish National Science CentreUMO-2015/19/B/NZ1/00343 ポーランド
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of tRNA recognition by the Elongator complex.
著者: Maria I Dauden / Marcin Jaciuk / Felix Weis / Ting-Yu Lin / Carolin Kleindienst / Nour El Hana Abbassi / Heena Khatter / Rościsław Krutyhołowa / Karin D Breunig / Jan Kosinski / Christoph ...著者: Maria I Dauden / Marcin Jaciuk / Felix Weis / Ting-Yu Lin / Carolin Kleindienst / Nour El Hana Abbassi / Heena Khatter / Rościsław Krutyhołowa / Karin D Breunig / Jan Kosinski / Christoph W Müller / Sebastian Glatt /
要旨: The highly conserved Elongator complex modifies transfer RNAs (tRNAs) in their wobble base position, thereby regulating protein synthesis and ensuring proteome stability. The precise mechanisms of ...The highly conserved Elongator complex modifies transfer RNAs (tRNAs) in their wobble base position, thereby regulating protein synthesis and ensuring proteome stability. The precise mechanisms of tRNA recognition and its modification reaction remain elusive. Here, we show cryo-electron microscopy structures of the catalytic subcomplex of Elongator and its tRNA-bound state at resolutions of 3.3 and 4.4 Å. The structures resolve details of the catalytic site, including the substrate tRNA, the iron-sulfur cluster, and a SAM molecule, which are all validated by mutational analyses in vitro and in vivo. tRNA binding induces conformational rearrangements, which precisely position the targeted anticodon base in the active site. Our results provide the molecular basis for substrate recognition of Elongator, essential to understand its cellular function and role in neurodegenerative diseases and cancer.
履歴
登録2019年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月6日-
マップ公開2019年7月17日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0452
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0452
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qk7
  • 表面レベル: 0.0452
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4571.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4571.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 93 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map of Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe from yeast at 3.3 A resolution.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0452 / ムービー #1: 0.0452
最小 - 最大-0.109405376 - 0.4307079
平均 (標準偏差)0.00040084976 (±0.00539636)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ290290290
Spacing290290290
セルA=B=C: 391.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z290290290
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z391.500391.500391.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS290290290
D min/max/mean-0.1090.4310.000

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添付データ

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追加マップ: LocScale map of Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe...

ファイルemd_4571_additional_1.map
注釈LocScale map of Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe including the dimerization domain (DD) of Elp1, used to build the atomic model of the C-terminal domains of Elp1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: LocScale map of Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe...

ファイルemd_4571_additional_2.map
注釈LocScale map of Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe used to build the atomic model.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe from yeast.

ファイルemd_4571_half_map_1.map
注釈Half map of Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe from yeast.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe from yeast.

ファイルemd_4571_half_map_2.map
注釈Half map of Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe from yeast.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Elongator catalytic subcomplex Elp123

全体名称: Elongator catalytic subcomplex Elp123
要素
  • 複合体: Elongator catalytic subcomplex Elp123
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 3
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: 5'-DEOXYADENOSINE

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超分子 #1: Elongator catalytic subcomplex Elp123

超分子名称: Elongator catalytic subcomplex Elp123 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: The EM map corresponds to one lobe of the Elp123 complex, that includes one copy of Elp1, Elp2 and Elp3, and the C-terminal part of a second copy of Elp1.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 621 KDa

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分子 #1: Elongator complex protein 1

分子名称: Elongator complex protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Chain D corresponds to the C-terminal domain of Elp1
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 153.166266 KDa
配列文字列: MVEHDKSGSK RQELRSNMRN LITLNKGKFK PTASTAEGDE DDLSFTLLDS VFDTLSDSIT CVLGSTDIGA IEVQQFMKDG SRNVLASFN IQTFDDKLLS FVHFADINQL VFVFEQGDII TATYDPVSLD PAETLIEIMG TIDNGIAAAQ WSYDEETLAM V TKDRNVVV ...文字列:
MVEHDKSGSK RQELRSNMRN LITLNKGKFK PTASTAEGDE DDLSFTLLDS VFDTLSDSIT CVLGSTDIGA IEVQQFMKDG SRNVLASFN IQTFDDKLLS FVHFADINQL VFVFEQGDII TATYDPVSLD PAETLIEIMG TIDNGIAAAQ WSYDEETLAM V TKDRNVVV LSKLFEPISE YHLEVDDLKI SKHVTVGWGK KETQFRGKGA RAMEREALAS LKASGLVGNQ LRDPTMPYMV DT GDVTALD SHEITISWRG DCDYFAVSSV EEVPDEDDET KSIKRRAFRV FSREGQLDSA SEPVTGMEHQ LSWKPQGSLI ASI QRKTDL GEEDSVDVIF FERNGLRHGE FDTRLPLDEK VESVCWNSNS EALAVVLANR IQLWTSKNYH WYLKQELYAS DISY VKWHP EKDFTLMFSD AGFINIVDFA YKMAQGPTLE PFDNGTSLVV DGRTVNITPL ALANVPPPMY YRDFETPGNV LDVAC SFSN EIYAAINKDV LIFAAVPSIE EMKKGKHPSI VCEFPKSEFT SEVDSLRQVA FINDSIVGVL LDTDNLSRIA LLDIQD ITQ PTLITIVEVY DKIVLLRSDF DYNHLVYETR DGTVCQLDAE GQLMEITKFP QLVRDFRVKR VHNTSAEDDD NWSAESS EL VAFGITNNGK LFANQVLLAS AVTSLEITDS FLLFTTAQHN LQFVHLNSTD FKPLPLVEEG VEDERVRAIE RGSILVSV I PSKSSVVLQA TRGNLETIYP RIMVLAEVRK NIMAKRYKEA FIVCRTHRIN LDILHDYAPE LFIENLEVFI NQIGRVDYL NLFISCLSED DVTKTKYKET LYSGISKSFG MEPAPLTEMQ IYMKKKMFDP KTSKVNKICD AVLNVLLSNP EYKKKYLQTI ITAYASQNP QNLSAALKLI SELENSEEKD SCVTYLCFLQ DVNVVYKSAL SLYDVSLALL VAQKSQMDPR EYLPFLQELQ D NEPLRRKF LIDDYLGNYE KALEHLSEID KDGNVSEEVI DYVESHDLYK HGLALYRYDS EKQNVIYNIY AKHLSSNQMY TD AAVAYEM LGKLKEAMGA YQSAKRWREA MSIAVQKFPE EVESVAEELI SSLTFEHRYV DAADIQLEYL DNVKEAVALY CKA YRYDIA SLVAIKAKKD ELLEEVVDPG LGEGFGIIAE LLADCKGQIN SQLRRLRELR AKKEENPYAF YGQETEQADD VSVA PSETS TQESFFTRYT GKTGGTAKTG ASRRTAKNKR REERKRARGK KGTIYEEEYL VQSVGRLIER LNQTKPDAVR VVEGL CRRN MREQAHQIQK NFVEVLDLLK ANVKEIYSIS EKDRERVNEN GEVYYIPEIP VPEIHDFPKS HIVDF

UniProtKB: Elongator complex protein 1

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分子 #2: Elongator complex protein 2

分子名称: Elongator complex protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 89.51943 KDa
配列文字列: MVECITPEAI FIGANKQTQV SDIHKVKKIV AFGAGKTIAL WDPIEPNNKG VYATLKGHEA EVTCVRFVPD SDFMVSASED HHVKIWKFT DYSHLQCIQT IQHYSKTIVA LSALPSLISV GCADGTISIW RQNIQNDEFG LAHEFTIKKG FFYPLCLSLS K VEEKKYLL ...文字列:
MVECITPEAI FIGANKQTQV SDIHKVKKIV AFGAGKTIAL WDPIEPNNKG VYATLKGHEA EVTCVRFVPD SDFMVSASED HHVKIWKFT DYSHLQCIQT IQHYSKTIVA LSALPSLISV GCADGTISIW RQNIQNDEFG LAHEFTIKKG FFYPLCLSLS K VEEKKYLL AIGGTNVNVF IASFILSDSG IEKCRVVAEL EGHEDWVKSL AFRHQETPGD YLLCSGSQDR YIRLWRIRIN DL IDDSEED SKKLTLLSNK QYKFQIDDEL RVGINFEALI MGHDDWISSL QWHESRLQLL AATADTSLMV WEPDETSGIW VCS LRLGEM SSKGASTATG SSGGFWSCLW FTHERMDFFL TNGKTGSWRM WATKDNIICD QRLGISGATK DVTDIAWSPS GEYL LATSL DQTTRLFAPW IYDASGRKRE IATWHEFSRP QIHGYDMICV ETVTDTRFVS GGDEKILRSF DLPKGVAGML QKFVG IQFE EKSEMPDSAT VPVLGLSNKA GEDDANEDDE EEEGGNKETP DITDPLSLLE CPPMEDQLQR HLLWPEVEKL YGHGFE ITC LDISPDQKLI ASACRSNNVQ NAVIRIFSTE NWLEIKPALP FHSLTITRLK FSKDGKFLLS VCRDRKWALW ERNMEDN TF ELRFKNEKPH TRIIWDADWA PLEFGNVFVT ASRDKTVKVW RHQKEPADDY VLEASIKHTK AVTAISIHDS MIREKILI S VGLENGEIYL YSYTLGKFEL ITQLNEDITP ADKITRLRWS HLKRNGKLFL GVGSSDLSTR IYSLAYE

UniProtKB: Elongator complex protein 2

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分子 #3: Elongator complex protein 3

分子名称: Elongator complex protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: FeS cluster and 5DA / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 63.755059 KDa
配列文字列: MARHGKGPKT NKKKLAPEKE RFIQCCADIT LELTDSLTSG TTREINLNGL ITKYSKKYKL KQQPRLTDII NSIPDQYKKY LLPKLKAKP VRTASGIAVV AVMCKPHRCP HIAYTGNICV YCPGGPDSDF EYSTQSYTGY EPTSMRAIRA RYDPYEQARG R VEQLKQLG ...文字列:
MARHGKGPKT NKKKLAPEKE RFIQCCADIT LELTDSLTSG TTREINLNGL ITKYSKKYKL KQQPRLTDII NSIPDQYKKY LLPKLKAKP VRTASGIAVV AVMCKPHRCP HIAYTGNICV YCPGGPDSDF EYSTQSYTGY EPTSMRAIRA RYDPYEQARG R VEQLKQLG HSIDKVEYVL MGGTFMSLPK EYREDFIVKL HNALSGFNGN DIDEAILYSQ QSLTKCVGIT IETRPDYCTQ TH LDDMLKY GCTRLEIGVQ SLYEDVARDT NRGHTVRSVC ETFAVSKDAG YKVVSHMMPD LPNVGMERDI EQFKEYFENP DFR TDGLKI YPTLVIRGTG LYELWKTGRY KSYSANALVD LVARILALVP PWTRIYRVQR DIPMPLVTSG VDNGNLRELA LARM KDLGT TCRDVRTREV GIQEVHHKVQ PDQVELIRRD YYANGGWETF LSYEDPKKDI LIGLLRLRKA SKKYTYRKEF TSQRT SIVR ELHVYGSVVP LHSRDPRKFQ HQGFGTLLME EAERIAKEEH GSEKISVISG VGVRNYYGKL GYELDGPYMS KRI

UniProtKB: Elongator complex protein 3

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分子 #4: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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分子 #5: 5'-DEOXYADENOSINE

分子名称: 5'-DEOXYADENOSINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 5AD
分子量理論値: 251.242 Da
Chemical component information

ChemComp-5AD:
5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン / デオキシアデノシン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHepesHepes
125.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
50.0 mMNaFSodium fluoride
0.1 mMNa3VO4Sodium vanadate
5.0 mMC2H6OSbeta-mercaptoethanol2-メルカプトエタノール
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: Pelco EasyGlow glow discharger, 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 2.5 ul of sample, blotting parameters: wait time 15 s, blot force 5, blot time 5-8 s..
詳細The sample was cross-linked with 0.01% glutaraldehyde, quenched and then plunged.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
詳細Gatan Quantum energy filter and a K2 Summit direct detector
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 4614 / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1000000
詳細: Initially 8563 particles were manually selected using EMAN2 boxer swarm tool, and used as 2D templates for the autopicking procedure in relion, that yielded 1 million particles.
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4151


詳細: The initial model was low pass filtered to 60 A.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 39000
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 84135
詳細The detector was operated in super resolution mode.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5m2n

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5cqs

chain_id: A, residue_range: 932-1349, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6qk7:
Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

5cqs


Chain - Chain ID: D / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6qk7:
Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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