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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45295 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the human BOS:human EMC complex in GDN | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened map of human BOS:human EMC complex | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein biogenesis / membrane protein complex / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 multi-pass transmembrane protein insertion into ER membrane / multi-pass translocon complex / extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane ...multi-pass transmembrane protein insertion into ER membrane / multi-pass translocon complex / extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Miscellaneous transport and binding events / ferrous iron transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / copper ion transport / regulation of protein complex stability / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / regulation of protein-containing complex assembly / regulation of signal transduction / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of angiogenesis / ribosome binding / early endosome membrane / carbohydrate binding / angiogenesis / membrane => GO:0016020 / early endosome / protein stabilization / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / apoptotic process / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Nguyen VN / Tomaleri GP / Voorhees RM | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Role of a holo-insertase complex in the biogenesis of biophysically diverse ER membrane proteins 著者: Page KR / Nguyen VN / Pleiner T / Tomaleri GP / Wang ML / Guna A / Hazu M / Wang T / Chou T / Voorhees RM | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45295.map.gz | 257.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45295-v30.xml emd-45295.xml | 34.5 KB 34.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_45295.png | 53.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-45295.cif.gz | 10 KB | ||
その他 | emd_45295_additional_1.map.gz emd_45295_half_map_1.map.gz emd_45295_half_map_2.map.gz | 248.2 MB 475.3 MB 475.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45295 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45295 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45295.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of human BOS:human EMC complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map of human BOS:human EMC complex
ファイル | emd_45295_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map of human BOS:human EMC complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_45295_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_45295_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Human BOS complex
+超分子 #1: Human BOS complex
+分子 #1: ER membrane protein complex subunit 10
+分子 #2: ER membrane protein complex subunit 1
+分子 #3: ER membrane protein complex subunit 2
+分子 #4: ER membrane protein complex subunit 3
+分子 #5: ER membrane protein complex subunit 4
+分子 #6: Membrane magnesium transporter 1
+分子 #7: ER membrane protein complex subunit 6
+分子 #8: ER membrane protein complex subunit 7
+分子 #9: ER membrane protein complex subunit 8
+分子 #10: Nicalin
+分子 #11: BOS complex subunit NOMO2
+分子 #12: Transmembrane protein 147
+分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.53 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||||||||
詳細 | Sample solubilized and purified in GDN. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17978 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |