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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4518 | |||||||||
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タイトル | MloK1 map from single particle analysis of 2D crystals, class 7 (intermediate conformation) | |||||||||
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![]() | Voltage-gated potassium channel / Cyclic nucleotide-binding domain / ion channel / ion transport / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / potassium channel activity / cGMP binding / cAMP binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å | |||||||||
![]() | Righetto R / Biyani N | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Retrieving high-resolution information from disordered 2D crystals by single-particle cryo-EM. 著者: Ricardo D Righetto / Nikhil Biyani / Julia Kowal / Mohamed Chami / Henning Stahlberg / ![]() 要旨: Electron crystallography can reveal the structure of membrane proteins within 2D crystals under close-to-native conditions. High-resolution structural information can only be reached if crystals are ...Electron crystallography can reveal the structure of membrane proteins within 2D crystals under close-to-native conditions. High-resolution structural information can only be reached if crystals are perfectly flat and highly ordered. In practice, such crystals are difficult to obtain. Available image unbending algorithms correct for disorder, but only perform well on images of non-tilted, flat crystals, while out-of-plane distortions are not addressed. Here, we present an approach that employs single-particle refinement procedures to locally unbend crystals in 3D. With this method, density maps of the MloK1 potassium channel with a resolution of 4 Å were obtained from images of 2D crystals that do not diffract beyond 10 Å. Furthermore, 3D classification allowed multiple structures to be resolved, revealing a series of MloK1 conformations within a single 2D crystal. This conformational heterogeneity explains the poor diffraction observed and is related to channel function. The approach is implemented in the FOCUS package. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 3.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 86.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 4.3 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 4 MB 4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6qd3MC ![]() 4432C ![]() 4439C ![]() 4441C ![]() 4513C ![]() 4514C ![]() 4515C ![]() 4516C ![]() 4517C ![]() 4519C ![]() 6i9dC ![]() 6iaxC ![]() 6qcyC ![]() 6qczC ![]() 6qd0C ![]() 6qd1C ![]() 6qd2C ![]() 6qd4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4518_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4518_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : MloK1 potassium channel in lipidic bilayer of 2D crystals
全体 | 名称: MloK1 potassium channel in lipidic bilayer of 2D crystals |
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要素 |
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-超分子 #1: MloK1 potassium channel in lipidic bilayer of 2D crystals
超分子 | 名称: MloK1 potassium channel in lipidic bilayer of 2D crystals タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 160 KDa |
-分子 #1: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
分子 | 名称: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.766297 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSVLPFLRIY APLNAVLAAP GLLAVAALTI PDMSGRSRLA LAALLAVIWG AYLLQLAATL LKRRAGVVRD RTPKIAIDVL AVLVPLAAF LLDGSPDWSL YCAVWLLKPL RDSTFFPVLG RVLANEARNL IGVTTLFGVV LFAVALAAYV IERDIQPEKF G SIPQAMWW ...文字列: MSVLPFLRIY APLNAVLAAP GLLAVAALTI PDMSGRSRLA LAALLAVIWG AYLLQLAATL LKRRAGVVRD RTPKIAIDVL AVLVPLAAF LLDGSPDWSL YCAVWLLKPL RDSTFFPVLG RVLANEARNL IGVTTLFGVV LFAVALAAYV IERDIQPEKF G SIPQAMWW AVVTLSTTGY GDTIPQSFAG RVLAGAVMMS GIGIFGLWAG ILATGFYQEV RRGDFVRNWQ LVAAVPLFQK LG PAVLVEI VRALRARTVP AGAVICRIGE PGDRMFFVVE GSVSVATPNP VELGPGAFFG EMALISGEPR SATVSAATTV SLL SLHSAD FQMLCSSSPE IAEIFRKTAL ERRGAAASA UniProtKB: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 |
-分子 #2: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 2D array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 20 mM KCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.6, 1 mM BaCl2, 1 mM EDTA, 0.2 mM cAMP |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 270 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 詳細: The dataset of 346 movies recorded and processed for Kowal et al. (2018) 2 was employed. As reported, the data were collected on an FEI Titan Krios TEM equipped with a Gatan K2 DED. Total ...詳細: The dataset of 346 movies recorded and processed for Kowal et al. (2018) 2 was employed. As reported, the data were collected on an FEI Titan Krios TEM equipped with a Gatan K2 DED. Total dose: 40 e-/A^2 distributed over 40 movie frames. Pixel size: 1.3 A on the sample level (counting mode). Nominal tilt range: -55 to +55 degrees. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | The consensus model was flexibily fit in to the EM map of this class using Normal Mode Analysis with iMODFIT, and then real-space refined using PHENIX. |
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-6qd3: |