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- EMDB-4481: Complex III2 focused refinement from Ovine respiratory supercompl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4481
タイトルComplex III2 focused refinement from Ovine respiratory supercomplex I+III2
マップデータFocused refinement around complex III2 from ovine mitochondrial supercomplex I III2
試料
  • 複合体: Ovine mitochondrial SC I+III2
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 6種
キーワードcomplex III / cellular respiration / mitochondria / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / membrane => GO:0016020 / : / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane ...: / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / membrane => GO:0016020 / : / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit ...Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Letts JA / Sazanov LA
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council701309 オーストリア
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Structures of Respiratory Supercomplex I+III Reveal Functional and Conformational Crosstalk.
著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Gianluca Degliesposti / Mark Skehel / Leonid A Sazanov /
要旨: The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We ...The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We demonstrate that CoQ trapping in the isolated SC I+III limits complex (C)I turnover, arguing against channeling. The SC structure, resolved at up to 3.8 Å in four distinct states, suggests that CoQ oxidation may be rate limiting because of unequal access of CoQ to the active sites of CIII. CI shows a transition between "closed" and "open" conformations, accompanied by the striking rotation of a key transmembrane helix. Furthermore, the state of CI affects the conformational flexibility within CIII, demonstrating crosstalk between the enzymes. CoQ was identified at only three of the four binding sites in CIII, suggesting that interaction with CI disrupts CIII symmetry in a functionally relevant manner. Together, these observations indicate a more nuanced functional role for the SCs.
履歴
登録2018年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月21日-
マップ公開2019年8月21日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
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  • 原子モデル: PDB-6q9e
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4481.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused refinement around complex III2 from ovine mitochondrial supercomplex I III2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 364 pix.
= 509.6 Å		1.4 Å/pix.
x 364 pix.
= 509.6 Å		1.4 Å/pix.
x 364 pix.
= 509.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.14
最小 - 最大-0.32649752 - 0.7996147
平均 (標準偏差)-0.000016271637 (±0.017880779)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ364364364
Spacing364364364
セルA=B=C: 509.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z364364364
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z509.600509.600509.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS364364364
D min/max/mean-0.3260.800-0.000

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_4481_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Focused refinement around complex III2 from ovine mitochondrial...

ファイルemd_4481_half_map_1.map
注釈Focused refinement around complex III2 from ovine mitochondrial supercomplex I III2. Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Focused refinement around complex III2 from ovine mitochondrial...

ファイルemd_4481_half_map_2.map
注釈Focused refinement around complex III2 from ovine mitochondrial supercomplex I III2. Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ovine mitochondrial SC I+III2

全体名称: Ovine mitochondrial SC I+III2
要素
  • 複合体: Ovine mitochondrial SC I+III2
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex III subunit VII
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase, complex III subunit X
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
超分子 #1: Ovine mitochondrial SC I+III2

超分子名称: Ovine mitochondrial SC I+III2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
詳細: Complex III2 focused refinement from ovine respiratory SC I+III2
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Mitochondrial inner membrane
分子量理論値: 1.4 MDa

+
分子 #1: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 49.385414 KDa
配列文字列: TATYAQALQS VPETQVSQLD NGLRVASEQS SQPTCTVGVW IDAGSRYETE KNNGAGYFVE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SMGAHLNAY STREHTAYYI KALSKDLPKA VELLADIVQN CSLEDSQIEK ERDVILQELQ ENDTSMRDVV FNYLHATAFQ G TPLAQSVE ...文字列:
TATYAQALQS VPETQVSQLD NGLRVASEQS SQPTCTVGVW IDAGSRYETE KNNGAGYFVE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SMGAHLNAY STREHTAYYI KALSKDLPKA VELLADIVQN CSLEDSQIEK ERDVILQELQ ENDTSMRDVV FNYLHATAFQ G TPLAQSVE GPSENVRKLS RADLTEYLSR HYKAPRMVLA AAGGLEHRQL LDLAQKHFSG LSGTYDEDAV PTLTPCRFTG SE IRHREDG LPLAHVAIAV EGPGWANPDN VALQVANAII GHYDCTYGGG MHLSSPLASV AVTNKLCQSF QTFNICYADT GLL GAHFVC DHMSIDDMMF VLQGQWMRLC TSATESEVVR GKNLLRNALV SHLDGTTPVC EDIGRSLLTY GRRIPLAEWE SRIA EVDAR VVREVCSKYF YDQCPAVAGF GPIEQLPDYN RIRSGMFWLR F

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

+
分子 #2: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 46.655531 KDa
配列文字列: SLKVAPKAKA TAAPAGVPQH PQDLEFTRLP NGLVIASLEN YAPASRIGLF IKAGSRYENF NNLGTSHLLR LASSLTTKGA SSFKITRGI EAVGGKLSVT STRENMAYTV ECLRDDVDIL MEFLLNVTTA PEFRRWEVAA LQSQLRIDKA VAFQNPQAHV I ENLHAAAY ...文字列:
SLKVAPKAKA TAAPAGVPQH PQDLEFTRLP NGLVIASLEN YAPASRIGLF IKAGSRYENF NNLGTSHLLR LASSLTTKGA SSFKITRGI EAVGGKLSVT STRENMAYTV ECLRDDVDIL MEFLLNVTTA PEFRRWEVAA LQSQLRIDKA VAFQNPQAHV I ENLHAAAY RNALANSLYC PDYRIGKVTP DELHDYVQNH FTSARMALIG LGVSHPVLKQ VAEQFLNIRG GLGLSGAKAK YR GGEIREQ NGDSLVHAAL VAESAAIGSA EANAFSVLQH VLGAGPHVKR GSNATSSLYQ AVAKGVHQPF DVSAFNASYS DSG LFGFYT ISQAASAGDV IKAAYNQVKT IAQGNLSNPD VQAAKNKLKA GYLMSVESSE GFLDEVGCQA LAAGSYTPPS TVLQ QIDAV ADADVINAAK KFVSGRKSMA ASGNLGHTPF IDEL

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 42.87784 KDa
配列文字列: MINIRKTHPL MKIVNNAFID LPAPSNISSW WNFGSLLGIC LILQILTGLF LAMHYTPDTT TAFSSVTHIC RDVNYGWIIR YMHANGASM FFICLFMHVG RGLYYGSYTF LETWNIGVIL LFATMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTN L VEWIWGGF ...文字列:
MINIRKTHPL MKIVNNAFID LPAPSNISSW WNFGSLLGIC LILQILTGLF LAMHYTPDTT TAFSSVTHIC RDVNYGWIIR YMHANGASM FFICLFMHVG RGLYYGSYTF LETWNIGVIL LFATMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTN L VEWIWGGF SVDKATLTRF FAFHFIFPFI IAALAMVHLL FLHETGSNNP TGIPSDTDKI PFHPYYTIKD ILGAILLILI LM LLVLFTP DLLGDPDNYT PANPLNTPPH IKPEWYFLFA YAILRSIPNK LGGVLALVLS ILVLVIMPLL HTSKQRSMMF RPI SQCMFW ILVADLLTLT WIGGQPVEHP YIIIGQLASI MYFLIILVMM PVASIIENNL LKW

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #4: Cytochrome c1

分子名称: Cytochrome c1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 27.322316 KDa
配列文字列: SDLELHPPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEDE AKALAEEVEV QDGPNEDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPR VSLREGLYFN PYFPGQAIGM A PPIYNEVL ...文字列:
SDLELHPPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEDE AKALAEEVEV QDGPNEDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPR VSLREGLYFN PYFPGQAIGM A PPIYNEVL EFDDGTPATM SQVAKDVCTF LRWAAEPEHD HRKRMGLKML LMMGLLLPLV YAMKRHKWSV LKSRKLAYRP PK

UniProtKB: cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 21.654607 KDa
配列文字列: SHTDIKVPDF SDYRRPEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLIT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS ...文字列:
SHTDIKVPDF SDYRRPEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLIT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS GRIRKGPAPL NLEVPSYEFT SDDMVIVG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 13.432314 KDa
配列文字列:
AGRPAVSASS KWLEGIRKWY YNAAGFNKLG LMRDDTIHEN DDVKEAIRRL PENLYNDRVF RIKRALDLSM RQQILPKEQW TKYEEDKFY LEPYLKEVIR ERKEREEWTK K

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #7: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex III subunit VII

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex III subunit VII
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 9.606067 KDa
配列文字列:
GRQFGHLTRV RHVITYSLSP FEQRAFPHYF SKGIPNVLRR TRACILRVAP PFVVFYLVYT WGTQEFEKSK RKNPAAYEND K

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 9.223133 KDa
配列文字列:
GDPKEEEEEE EELVDPLTTV REQCEQLEKC VKARERLELC DERVSSRSQT EEDCTEELFD FLHARDHCVA HKLFNSLK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: Modeled as poly-alanine due to poor density. / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 2.826475 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #10: Ubiquinol-cytochrome c reductase, complex III subunit X

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase, complex III subunit X
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 7.310372 KDa
配列文字列:
AAPTLTARLY SLLFRRTSTF ALTIVVGALF FERAFDQGAD AIYEHINEGK LWKHIKHKYE NKE

UniProtKB: Complex III subunit 9

+
分子 #11: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #12: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #13: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 5 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #14: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 3 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

+
分子 #15: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #16: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
0.25 MNaClsodium chloride
0.02 MHEPES
0.02 %Brij-35

詳細: 250 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.7, 0.02% Brij-35
凍結凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blotting for 30 seconds at 4 degrees Celsius, 95% humidity and flash freezing.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1854 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 400000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5lnk

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 102314
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ppj


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 90
得られたモデル

PDB-6q9e:
Complex III2 focused refinement from Ovine respiratory supercomplex I+III2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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