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万見
- EMDB-44417: TCR GDN detergent micelle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44417
タイトルTCR GDN detergent micelle
マップデータGDN_Local_unsharpened
試料
  • 複合体: TCR in GDN micelles
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
  • タンパク質・ペプチド: TCRa
  • タンパク質・ペプチド: TCRb
  • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードT-cell receptor / TCR / 1G4 / nanodisc / CD3 / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / Fc-gamma receptor signaling pathway ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / Fc-gamma receptor signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / Nef and signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / smoothened signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of interleukin-4 production / protein complex oligomerization / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / dendrite development / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / FCGR activation / PD-1 signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / T cell receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / cerebellum development / protein tyrosine kinase binding / T cell activation / apoptotic signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / transmembrane signaling receptor activity / cell-cell junction / protein transport / Downstream TCR signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor complex adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / cell body / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / dendritic spine / cell surface receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. ...CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Notti RQ / Walz T
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32CA9207 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)KL2TR001865 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR001866 米国
Other privateBlack Family Metastasis Center 米国
Shapiro-Silverberg Fund for the Advancement of Translational Research 米国
The Mark FoundationWalz-Notti Aspire 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: The resting and ligand-bound states of the membrane-embedded human T-cell receptor-CD3 complex.
著者: Ryan Q Notti / Fei Yi / Søren Heissel / Martin W Bush / Zaki Molvi / Pujita Das / Henrik Molina / Christopher A Klebanoff / Thomas Walz
要旨: The T-cell receptor (TCR) initiates T-lymphocyte activation, but mechanistic questions remain( ). Here, we present cryogenic electron microscopy structures for the unliganded and human leukocyte ...The T-cell receptor (TCR) initiates T-lymphocyte activation, but mechanistic questions remain( ). Here, we present cryogenic electron microscopy structures for the unliganded and human leukocyte antigen (HLA)-bound human TCR-CD3 complex in nanodiscs that provide a native-like lipid environment. Distinct from the "open and extended" conformation seen in detergent( ), the unliganded TCR-CD3 in nanodiscs adopts two related "closed and compacted" conformations that represent its physiologic resting state . By contrast, the HLA-bound complex adopts the open and extended conformation, and conformation-locking disulfide mutants show that ectodomain opening is necessary for maximal ligand-dependent T-cell activation. Together, these results reveal allosteric conformational change during TCR activation and highlight the importance of native-like lipid environments for membrane protein structure determination.
履歴
登録2024年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44417.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44417.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GDN_Local_unsharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.59515244 - 1.3621628
平均 (標準偏差)-0.0010361077 (±0.033750433)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: GDN Local DeepEMhancer

ファイルemd_44417_additional_1.map
注釈GDN_Local_DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: GDN Local Bfactorsharp

ファイルemd_44417_additional_2.map
注釈GDN_Local_Bfactorsharp
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: GDN nonuniform Bfactorsharp

ファイルemd_44417_additional_3.map
注釈GDN_nonuniform_Bfactorsharp
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: GDN nonuniform unsharpened

ファイルemd_44417_additional_4.map
注釈GDN_nonuniform_unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: GDN Local HalfA

ファイルemd_44417_half_map_1.map
注釈GDN_Local_HalfA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: GDN Local HalfB

ファイルemd_44417_half_map_2.map
注釈GDN_Local_HalfB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TCR in GDN micelles

全体名称: TCR in GDN micelles
要素
  • 複合体: TCR in GDN micelles
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
  • タンパク質・ペプチド: TCRa
  • タンパク質・ペプチド: TCRb
  • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: TCR in GDN micelles

超分子名称: TCR in GDN micelles / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4, #6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: TCRa

分子名称: TCRa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.301111 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METLLGLLIL WLQLQWVSSK QEVTQIPAAL SVPEGENLVL NCSFTDSAIY NLQWFRQDPG KGLTSLLLIQ SSQREQTSGR LNASLDKSS GRSTLYIAAS QPGDSATYLC AVRPLYGGSY IPTFGRGTSL IVHPYIQNPD PAVYQLRDSK SSDKSVCLFT D FDSQTNVS ...文字列:
METLLGLLIL WLQLQWVSSK QEVTQIPAAL SVPEGENLVL NCSFTDSAIY NLQWFRQDPG KGLTSLLLIQ SSQREQTSGR LNASLDKSS GRSTLYIAAS QPGDSATYLC AVRPLYGGSY IPTFGRGTSL IVHPYIQNPD PAVYQLRDSK SSDKSVCLFT D FDSQTNVS QSKDSDVYIT DKTVLDMRSM DFKSNSAVAW SNKSDFACAN AFNNSIIPED TFFPSPESSC DVKLVEKSFE TD TNLNFQN LSVIGFRILL LKVAGFNLLM TLRLWS

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分子 #2: TCRb

分子名称: TCRb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.687016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSIGLLCCAA LSLLWAGPVN AGVTQTPKFQ VLKTGQSMTL QCAQDMNHEY MSWYRQDPGM GLRLIHYSVG AGITDQGEVP NGYNVSRST TEDFPLRLLS AAPSQTSVYF CASSYVGNTG ELFFGEGSRL TVLEDLKNVF PPEVAVFEPS EAEISHTQKA T LVCLATGF ...文字列:
MSIGLLCCAA LSLLWAGPVN AGVTQTPKFQ VLKTGQSMTL QCAQDMNHEY MSWYRQDPGM GLRLIHYSVG AGITDQGEVP NGYNVSRST TEDFPLRLLS AAPSQTSVYF CASSYVGNTG ELFFGEGSRL TVLEDLKNVF PPEVAVFEPS EAEISHTQKA T LVCLATGF YPDHVELSWW VNGKEVHSGV STDPQPLKEQ PALNDSRYCL SSRLRVSATF WQNPRNHFRC QVQFYGLSEN DE WTQDRAK PVTQIVSAEA WGRADCGFTS ESYQQGVLSA TILYEILLGK ATLYAVLVSA LVLMAMVK

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分子 #3: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.949537 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEHSTFLSGL VLATLLSQVS PFKIPIEELE DRVFVNCNTS ITWVEGTVGT LLSDITRLDL GKRILDPRGI YRCNGTDIYK DKESTVQVH YRMCQSCVEL DPATVAGIIV TDVIATLLLA LGVFCFAGHE TGRLSGAADT QALLRNDQVY QPLRDRDDAQ Y SHLGGNWA RNK

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

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分子 #4: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.174227 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQSGTHWRVL GLCLLSVGVW GQDGNEEMGG ITQTPYKVSI SGTTVILTCP QYPGSEILWQ HNDKNIGGDE DDKNIGSDED HLSLKEFSE LEQSGYYVCY PRGSKPEDAN FYLYLRARVC ENCMEMDVMS VATIVIVDIC ITGGLLLLVY YWSKNRKAKA K PVTRGAGA ...文字列:
MQSGTHWRVL GLCLLSVGVW GQDGNEEMGG ITQTPYKVSI SGTTVILTCP QYPGSEILWQ HNDKNIGGDE DDKNIGSDED HLSLKEFSE LEQSGYYVCY PRGSKPEDAN FYLYLRARVC ENCMEMDVMS VATIVIVDIC ITGGLLLLVY YWSKNRKAKA K PVTRGAGA GGRQRGQNKE RPPPVPNPDY EPIRKGQRDL YSGLNQRRI

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

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分子 #5: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.220763 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEQGKGLAVL ILAIILLQGT LAQSIKGNHL VKVYDYQEDG SVLLTCDAEA KNITWFKDGK MIGFLTEDKK KWNLGSNAKD PRGMYQCKG SQNKSKPLQV YYRMCQNCIE LNAATISGFL FAEIVSIFVL AVGVYFIA

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

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分子 #6: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.723439 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MKWKALFTAA ILQAQLPITE AQSFGLLDPK LCYLLDGILF IYGVILTALF LRVKFSRSAD APAYQQGQNQ LYNELNLGRR EEYDVLDKR RGRDPEMGGK PQRRKNPQEG LYNELQKDKM AEAYSEIGMK GERRRGKGHD GLYQGLSTAT KDTYDALHMQ A LPPR

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #10: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
25.0 mMHEPES
0.02 %GDN
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 64000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 252000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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