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- EMDB-43923: Bovine fetal muscle nAChR bound to ACh -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43923
タイトルBovine fetal muscle nAChR bound to ACh
マップデータsharp
試料
  • 複合体: Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit gamma
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: ACETYLCHOLINE
  • リガンド: water
キーワードBovine muscle nicotinic acetylcholine receptor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / postsynaptic membrane organization / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / neuromuscular synaptic transmission / acetylcholine-gated channel complex / behavioral response to nicotine / muscle cell development ...Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / postsynaptic membrane organization / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / neuromuscular synaptic transmission / acetylcholine-gated channel complex / behavioral response to nicotine / muscle cell development / acetylcholine receptor activity / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine binding / postsynaptic specialization membrane / acetylcholine receptor signaling pathway / nervous system process / channel activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / neuromuscular junction development / muscle cell cellular homeostasis / monoatomic cation transport / membrane depolarization / skeletal muscle contraction / neuronal action potential / muscle contraction / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to nicotine / neuromuscular junction / neuron cellular homeostasis / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / cell surface / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine receptor subunit alpha / Acetylcholine receptor subunit beta / Acetylcholine receptor subunit delta / Acetylcholine receptor subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Li H / Hibbs RE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural switch in acetylcholine receptors in developing muscle
著者: Li H / Teng JF / Hibbs RE
履歴
登録2024年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43923.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43923.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharp
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 512 pix.
= 478.72 Å		0.94 Å/pix.
x 512 pix.
= 478.72 Å		0.94 Å/pix.
x 512 pix.
= 478.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.935 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.30559704 - 0.5806587
平均 (標準偏差)-0.000029759522 (±0.0066215405)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 478.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: emhancer

ファイルemd_43923_additional_1.map
注釈emhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharp

ファイルemd_43923_additional_2.map
注釈unsharp
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: fetal desen halfmapA

ファイルemd_43923_half_map_1.map
注釈fetal_desen_halfmapA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: fetal desen halfmapB

ファイルemd_43923_half_map_2.map
注釈fetal_desen_halfmapB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor

全体名称: Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor
要素
  • 複合体: Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit gamma
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: ACETYLCHOLINE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor

超分子名称: Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Acetylcholine receptor subunit alpha

分子名称: Acetylcholine receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 49.949828 KDa
配列文字列: SEHETRLVAK LFEDYNSVVR PVEDHRQAVE VTVGLQLIQL INVDEVNQIV TTNVRLKQQW VDYNLKWNPD DYGGVKKIHI PSEKIWRPD LVLYNNADGD FAIVKFTKVL LDYTGHITWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDE QNCSMKLGTW TYDGSVVVIN P ESDQPDLS ...文字列:
SEHETRLVAK LFEDYNSVVR PVEDHRQAVE VTVGLQLIQL INVDEVNQIV TTNVRLKQQW VDYNLKWNPD DYGGVKKIHI PSEKIWRPD LVLYNNADGD FAIVKFTKVL LDYTGHITWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDE QNCSMKLGTW TYDGSVVVIN P ESDQPDLS NFMESGEWVI KESRGWKHWV FYACCPSTPY LDITYHFVMQ RLPLYFIVNV IIPCLLFSFL TGLVFYLPTD SG EKMTLSI SVLLSLTVFL LVIVELIPST SSAVPLIGKY MLFTMVFVIA SIIITVIVIN THHRSPSTHV MPEWVRKVFI DTI PNIMFF STMKRPSREK QDKKIFTEDI DISDISGKPG PPPMGFHSPL IKHPEVKSAI EGIKYIAETM KSDQESNNAA EEWK YVAMV MDHILLAVFM LVCIIGTLAV FAGRLIELNQ QG

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit alpha

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分子 #2: Acetylcholine receptor subunit beta

分子名称: Acetylcholine receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 55.111832 KDa
配列文字列: SEAEGRLREK LFSGYDSTVR PAREVGDRVW VSIGLTLAQL ISLNEKDEEM STKVYLDLEW TDYRLSWDPE EHEGIDSLRI SAESVWLPD VVLLNNNDGN FDVALDINVV VSSDGSMRWQ PPGIYRSSCS IQVTYFPFDW QNCTMVFSSY SYDSSEVSLQ T GLSPEGQE ...文字列:
SEAEGRLREK LFSGYDSTVR PAREVGDRVW VSIGLTLAQL ISLNEKDEEM STKVYLDLEW TDYRLSWDPE EHEGIDSLRI SAESVWLPD VVLLNNNDGN FDVALDINVV VSSDGSMRWQ PPGIYRSSCS IQVTYFPFDW QNCTMVFSSY SYDSSEVSLQ T GLSPEGQE RQEVYIHEGT FIENGQWEII HKPSRLIQPS VDPRGGGEGR REEVTFYLII RRKPLFYLVN VIAPCILITL LA IFVFYLP PDAGEKMGLS IFALLTLTVF LLLLADKVPE TSLSVPIIIK YLMFTMVLVT FSVILSVVVL NLHHRSPHTH QMP LWVRQI FIHKLPLYLG LKRPKPERDQ MQEPPSIAPR DSPGSGWGRG TDEYFIRKPP NDFLFPKPNR FQPELSAPDL RRFI DGPNR AVGLPPELRE VVSSISYIAR QLQEQEDHDV LKEDWQFVAM VVDRLFLWTF IIFTSVGTLV IFLDATYHLP PADPF P

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit beta

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分子 #3: Acetylcholine receptor subunit delta

分子名称: Acetylcholine receptor subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 56.543926 KDa
配列文字列: LNEEERLIRH LFEEKAYNKE LRPAAHKESV EISLALTLSN LISLKEVEET LTTNVWIEQG WTDSRLQWDA EDFGNISVLR LPADMVWLP EIVLENNNDG SFQISYSCNV LIYPSGSVYW LPPAIFRSSC PISVTYFPFD WQNCSLKFSS LKYTTKEITL S LKQAEEDG ...文字列:
LNEEERLIRH LFEEKAYNKE LRPAAHKESV EISLALTLSN LISLKEVEET LTTNVWIEQG WTDSRLQWDA EDFGNISVLR LPADMVWLP EIVLENNNDG SFQISYSCNV LIYPSGSVYW LPPAIFRSSC PISVTYFPFD WQNCSLKFSS LKYTTKEITL S LKQAEEDG RSYPVEWIII DPEGFTENGE WEIVHRPARV NVDPSVPLDS PNRQDVTFYL IIRRKPLFYV INILVPCVLI SF MINLVFY LPADCGEKTS MAISVLLAQS VFLLLISKRL PATSMAIPLI GKFLLFGMVL VTMVVVICVI VLNIHFRTPS THV LSEPVK KLFLETLPEI LHMSRPAEDG PSPGTLIRRS SSLGYISKAE EYFSLKSRSD LMFEKQSERH GLARRLTTAR RPPA GSEQA QQELFSELKP AVDGANFIVN HMKDQNNYNE EKDCWNRVAR TVDRLCLFVV TPIMVVGTAW IFLQGAYNQP PPQPF PGDP FSYLEKDKRF I

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit delta

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分子 #4: Acetylcholine receptor subunit gamma

分子名称: Acetylcholine receptor subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 55.99468 KDa
配列文字列: RNQEERLLGD LMQGYNPHLR PAEHDSDVVN VSLKLTLTNL ISLNEREEAL TTNVWIEMQW CDYRLRWDPR DYGGLWVLRV PSTMVWRPD IVLENNVDGV FEVALYCNVL VSPDGCVYWL PPAIFRSSCP VSVTFFPFDW QNCSLIFQSQ TYSTNEINLQ L SQEDGQTI ...文字列:
RNQEERLLGD LMQGYNPHLR PAEHDSDVVN VSLKLTLTNL ISLNEREEAL TTNVWIEMQW CDYRLRWDPR DYGGLWVLRV PSTMVWRPD IVLENNVDGV FEVALYCNVL VSPDGCVYWL PPAIFRSSCP VSVTFFPFDW QNCSLIFQSQ TYSTNEINLQ L SQEDGQTI EWIFIDPEAF TENGEWAIRH RPAKMLLDEA APAEEAGHQK VVFYLLIQRK PLFYVINIIA PCVLISSVAI LI YFLPAKA GGQKCTVAIN VLLAQTVFLF LVAKKVPETS QAVPLISKYL TFLLVVTILI VVNAVVVLNV SLRSPHTHSM ARG VRKVFL RLLPQLLRMH VRPLAPVAVQ DAHPRLQNGS SSGWPITAGE EVALCLPRSE LLFRQRQRNG LVRAALEKLE KGPE SGQSP EWCGSLKQAA PAIQACVEAC NLIARARHQQ THFDSGNKEW FLVGRVLDRV CFLAMLSLFV CGTAGIFLMA HYNRV PALP FPGDPRSYLP SSD

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit gamma

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分子 #10: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #11: ACETYLCHOLINE

分子名称: ACETYLCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ACH
分子量理論値: 146.207 Da
Chemical component information

ChemComp-ACH:
ACETYLCHOLINE / アセチルコリン / 神経伝達物質*YM

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分子 #12: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 259740
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: cryosparc ab initial model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9avu:
Bovine fetal muscle nAChR bound to ACh

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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