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万見
- EMDB-43827: Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43827
タイトルFab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment
マップデータlocal filtered map
試料
  • 複合体: Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment
    • 複合体: Antibody 77 Fab Heavy Chain, Antibody 77 Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: mAb 77 light chain
      • タンパク質・ペプチド: mAB 77 heavy chain
    • 複合体: Measles virus Fusion glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / immune system / antibody / measles / high-resolution / antibody fragment / fab / neutralizing antibody / ectodomain
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zyla D / Saphire EO
資金援助 スイス, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationP2EZP3_195680 スイス
Swiss National Science FoundationP500PB_210992 スイス
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS105699 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS091263 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI176833 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: A neutralizing antibody prevents postfusion transition of measles virus fusion protein.
著者: Dawid S Zyla / Roberta Della Marca / Gele Niemeyer / Gillian Zipursky / Kyle Stearns / Cameron Leedale / Elizabeth B Sobolik / Heather M Callaway / Chitra Hariharan / Weiwei Peng / Diptiben ...著者: Dawid S Zyla / Roberta Della Marca / Gele Niemeyer / Gillian Zipursky / Kyle Stearns / Cameron Leedale / Elizabeth B Sobolik / Heather M Callaway / Chitra Hariharan / Weiwei Peng / Diptiben Parekh / Tara C Marcink / Ruben Diaz Avalos / Branka Horvat / Cyrille Mathieu / Joost Snijder / Alexander L Greninger / Kathryn M Hastie / Stefan Niewiesk / Anne Moscona / Matteo Porotto / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Measles virus (MeV) presents a public health threat that is escalating as vaccine coverage in the general population declines and as populations of immunocompromised individuals, who cannot be ...Measles virus (MeV) presents a public health threat that is escalating as vaccine coverage in the general population declines and as populations of immunocompromised individuals, who cannot be vaccinated, increase. There are no approved therapeutics for MeV. Neutralizing antibodies targeting viral fusion are one potential therapeutic approach but have not yet been structurally characterized or advanced to clinical use. We present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of prefusion F alone [2.1-angstrom (Å) resolution], F complexed with a fusion-inhibitory peptide (2.3-Å resolution), F complexed with the neutralizing and protective monoclonal antibody (mAb) 77 (2.6-Å resolution), and an additional structure of postfusion F (2.7-Å resolution). In vitro assays and examination of additional EM classes show that mAb 77 binds prefusion F, arrests F in an intermediate state, and prevents transition to the postfusion conformation. These structures shed light on antibody-mediated neutralization that involves arrest of fusion proteins in an intermediate state.
履歴
登録2024年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43827.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 160 pix.
= 224.48 Å		1.4 Å/pix.
x 160 pix.
= 224.48 Å		1.4 Å/pix.
x 160 pix.
= 224.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.403 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.07
最小 - 最大-7.3232226 - 11.443315500000001
平均 (標準偏差)0.0026982033 (±0.13986106)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 224.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43827_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: sharpened map

ファイルemd_43827_additional_1.map
注釈sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 1

ファイルemd_43827_half_map_1.map
注釈half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 2

ファイルemd_43827_half_map_2.map
注釈half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment

全体名称: Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment
要素
  • 複合体: Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment
    • 複合体: Antibody 77 Fab Heavy Chain, Antibody 77 Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: mAb 77 light chain
      • タンパク質・ペプチド: mAB 77 heavy chain
    • 複合体: Measles virus Fusion glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment

超分子名称: Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: last refolding step of F ectodomain refolding in the presence of mAb 77
分子量理論値: 43 KDa

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超分子 #2: Antibody 77 Fab Heavy Chain, Antibody 77 Fab Light Chain

超分子名称: Antibody 77 Fab Heavy Chain, Antibody 77 Fab Light Chain
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Measles virus Fusion glycoprotein

超分子名称: Measles virus Fusion glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
株: Ichinose-B95a

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
分子量理論値: 57.379539 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: MGLKVNVSAI FMAVLLTLQT PTGQIHWGNL SKIGVVGIGS ASYKVMTRSS HQSLVIKLMP NITLLNNCTR VEIAEYRRLL RTVLEPIRD ALNAMTQNIR PVQSVASSRR HKRFAGVVLA GAALGVATAA QITAGIALHQ SMLNSQAIDN LRASLETTNQ A IEAIRQAG ...文字列:
MGLKVNVSAI FMAVLLTLQT PTGQIHWGNL SKIGVVGIGS ASYKVMTRSS HQSLVIKLMP NITLLNNCTR VEIAEYRRLL RTVLEPIRD ALNAMTQNIR PVQSVASSRR HKRFAGVVLA GAALGVATAA QITAGIALHQ SMLNSQAIDN LRASLETTNQ A IEAIRQAG QGMILAVQGV QDYINNELIP SMNQLSCDLI GQKLGLKLLR YYTEILSLFG PSLRDPISAE ISIQALSYAL GG DINKVLE KLGYSGGDLL GILESRGIKA RITHVDTESY FIVLSIAYPT LSEIKGVIVH RLEGVSYNIG SQEWYTTVPK YVA TQGYLI SNFDESSCTF MPEGTVCSQN ALYPMSPLLQ ECLRGSTKSC ARTLVSGSFG NRFILSQGNL IANCASILCK CYTT GTIIN QDPDKILTYI AADHCPVVEV NGVTIQVGSR RYPDAVYLHR IDLGPPISLG RLDVGTNLGN AIAKLEDAKE LLESS DQIL RSMKGLSSTS IGVDDDDKAG WSHPQFEKGG GSGGGSGGGS WSHPQFEK

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: mAb 77 light chain

分子名称: mAb 77 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.532512 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD VQITQSPSYL AASPGETITI NCRASKSISK YLAWYQEKPG KTNELLIYSG STLQSGIPSR FRGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAMYYCQQ HNEYTLTFGG GTKLELKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSD VQITQSPSYL AASPGETITI NCRASKSISK YLAWYQEKPG KTNELLIYSG STLQSGIPSR FRGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAMYYCQQ HNEYTLTFGG GTKLELKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #3: mAB 77 heavy chain

分子名称: mAB 77 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.722336 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD VQLQESGPGL VKPSQSLSLT CTVSGYSITS DYAWNWIRQF PGNKLEWMGY ISYTLTTGYN PSLKSRISI TRDSSKNQFF LQLNSVTTED TATYYCARSG WLLPYWYFDV WGAGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSD VQLQESGPGL VKPSQSLSLT CTVSGYSITS DYAWNWIRQF PGNKLEWMGY ISYTLTTGYN PSLKSRISI TRDSSKNQFF LQLNSVTTED TATYYCARSG WLLPYWYFDV WGAGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EP KSCDKGL EVLFQGPTHT CPPCPAPELL GGPSVFLFPP KPKDTLMISR TPEVTCVVVD VSHEDPEVKF NWYVDGVEVH NAK TKPREE QYNSTYRVVS VLTVLHQDWL NGKEYKCKVS NKALPAPIEK TISKAKGQPR EPQVYTLPPS RDELTKNQVS LTCL VKGFY PSDIAVEWES NGQPENNYKT TPPVLDSDGS FFLYSKLTVD KSRWQQGNVF SCSVMHEALH NHYTQKSLSL SPGK

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: HEPES 50 mM, pH 8.0, NaCl 150 mM
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 10344 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1000000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2) / 使用した粒子像数: 94000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア: (名称: cryoSPARC, RELION)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5yxw


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9at8:
Fab 77-stabilized MeV F ectodomain fragment

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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