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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43345 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human HGSNAT in inactive state | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Membrane protein / Lysosome / Transmembrane acetyltransferase / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase activity / MPS IIIC - Sanfilippo syndrome C / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal transport / acyltransferase activity / tertiary granule membrane / specific granule membrane / lysosomal lumen ...heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase activity / MPS IIIC - Sanfilippo syndrome C / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal transport / acyltransferase activity / tertiary granule membrane / specific granule membrane / lysosomal lumen / protein complex oligomerization / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | |||||||||
データ登録者 | Li F | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural and mechanistic insights into a lysosomal membrane enzyme HGSNAT involved in Sanfilippo syndrome 著者: Li F | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43345.map.gz | 307.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43345-v30.xml emd-43345.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43345.png | 96.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43345.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_43345_additional_1.map.gz emd_43345_half_map_1.map.gz emd_43345_half_map_2.map.gz | 161.3 MB 301.2 MB 301.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43345 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43345 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43345_validation.pdf.gz | 921.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43345_full_validation.pdf.gz | 920.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43345_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43345_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43345 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43345 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43345.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map used to build TM1 (residue 191-226)....
ファイル | emd_43345_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map used to build TM1 (residue 191-226). All other area is built based on the sharpened map. The entire model, including TM1, is refined against the sharpened map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_43345_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_43345_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : purified human HGSNAT
全体 | 名称: purified human HGSNAT |
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要素 |
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-超分子 #1: purified human HGSNAT
超分子 | 名称: purified human HGSNAT / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 73 KDa |
-分子 #1: Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase
分子 | 名称: Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 73.365039 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTGARASAAE QRRAGRSGQA RAAERAAGMS GAGRALAALL LAASVLSAAL LAPGGSSGRD AQAAPPRDLD KKRHAELKMD QALLLIHNE LLWTNLTVYW KSECCYHCLF QVLVNVPQSP KAGKPSAAAA SVSTQHGSIL QLNDTLEEKE VCRLEYRFGE F GNYSLLVK ...文字列: MTGARASAAE QRRAGRSGQA RAAERAAGMS GAGRALAALL LAASVLSAAL LAPGGSSGRD AQAAPPRDLD KKRHAELKMD QALLLIHNE LLWTNLTVYW KSECCYHCLF QVLVNVPQSP KAGKPSAAAA SVSTQHGSIL QLNDTLEEKE VCRLEYRFGE F GNYSLLVK NIHNGVSEIA CDLAVNEDPV DSNLPVSIAF LIGLAVIIVI SFLRLLLSLD DFNNWISKAI SSRETDRLIN SE LGSPSRT DPLDGDVQPA TWRLSALPPR LRSVDTFRGI ALILMVFVNY GGGKYWYFKH ASWNGLTVAD LVFPWFVFIM GSS IFLSMT SILQRGCSKF RLLGKIAWRS FLLICIGIII VNPNYCLGPL SWDKVRIPGV LQRLGVTYFV VAVLELLFAK PVPE HCASE RSCLSLRDIT SSWPQWLLIL VLEGLWLGLT FLLPVPGCPT GYLGPGGIGD FGKYPNCTGG AAGYIDRLLL GDDHL YQHP SSAVLYHTEV AYDPEGILGT INSIVMAFLG VQAGKILLYY KARTKDILIR FTAWCCILGL ISVALTKVSE NEGFIP VNK NLWSLSYVTT LSSFAFFILL VLYPVVDVKG LWTGTPFFYP GMNSILVYVG HEVFENYFPF QWKLKDNQSH KEHLTQN IV ATALWVLIAY ILYRKKIFWK I UniProtKB: Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 22.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 10.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134353 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |