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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43321 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein in complex with mouse ACE2 (conformation 2) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / carboxypeptidase activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / brush border membrane / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / 繊毛 / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / virus receptor activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / endopeptidase activity / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / タンパク質分解 / extracellular space / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu X / Mannar D / Saville J / Poloni C / Bezeruk A / Tidey K / Ahmed S / Tuttle K / Vahdatihassani F / Cholak S ...Zhu X / Mannar D / Saville J / Poloni C / Bezeruk A / Tidey K / Ahmed S / Tuttle K / Vahdatihassani F / Cholak S / Cook L / Steiner TS / Subramaniam S | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: SARS-CoV-2 XBB.1.5 Spike Protein: Altered Receptor Binding, Antibody Evasion, and Retention of T Cell Recognition 著者: Mannar D / Saville J / Poloni C / Zhu X / Bezeruk A / Tidey K / Ahmed S / Tuttle K / Vahdatihassani F / Cholak S / Cook L / Steiner TS / Subramaniam S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43321.map.gz | 123.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43321-v30.xml emd-43321.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43321_fsc.xml | 11.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43321.png | 36 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43321.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_43321_half_map_1.map.gz emd_43321_half_map_2.map.gz | 226.7 MB 226.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43321 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43321 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43321.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43321_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43321_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein trimer bound to 2 mouse ACE2 mol...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein trimer bound to 2 mouse ACE2 molecules |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein trimer bound to 2 mouse ACE2 mol...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein trimer bound to 2 mouse ACE2 molecules タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 142.226516 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPA LPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD VYQKNNKSWM ESEFRVYSSA N NCTFEYVS ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPA LPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD VYQKNNKSWM ESEFRVYSSA N NCTFEYVS QPFLMDLEGK EGNFKNLREF VFKNIDGYFK IYSKHTPINL ERDLPQGFSA LEPLVDLPIG INITRFQTLL AL HRSYLTP VDSSSGWTAG AAAYYVGYLQ PRTFLLKYNE NGTITDAVDC ALDPLSETKC TLKSFTVEKG IYQTSNFRVQ PTE SIVRFP NITNLCPFHE VFNATTFASV YAWNRKRISN CVADYSVIYN FAPFFAFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRG NEVSQ IAPGQTGNIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN KLDSKPSGNY NYLYRLFRKS KLKPFERDIS TEIYQAGNKP CNGVA GPNC YSPLQSYGFR PTYGVGHQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK KSTNLVKNKC VNFNFNGLTG TGVLTESNKK FLPFQQ FGR DIADTTDAVR DPQTLEILDI TPCSFGGVSV ITPGTNTSNQ VAVLYQGVNC TEVPVAIHAD QLTPTWRVYS TGSNVFQ TR AGCLIGAEYV NNSYECDIPI GAGICASYQT QTKSHGSASS VASQSIIAYT MSLGAENSVA YSNNSIAIPT NFTISVTT E ILPVSMTKTS VDCTMYICGD STECSNLLLQ YGSFCTQLKR ALTGIAVEQD KNTQEVFAQV KQIYKTPPIK YFGGFNFSQ ILPDPSKPSK RSPIEDLLFN KVTLADAGFI KQYGDCLGDI AARDLICAQK FNGLTVLPPL LTDEMIAQYT SALLAGTITS GWTFGAGPA LQIPFPMQMA YRFNGIGVTQ NVLYENQKLI ANQFNSAIGK IQDSLSSTPS ALGKLQDVVN HNAQALNTLV K QLSSKFGA ISSVLNDILS RLDPPEAEVQ IDRLITGRLQ SLQTYVTQQL IRAAEIRASA NLAATKMSEC VLGQSKRVDF CG KGYHLMS FPQSAPHGVV FLHVTYVPAQ EKNFTTAPAI CHDGKAHFPR EGVFVSNGTH WFVTQRNFYE PQIITTDNTF VSG NCDVVI GIVNNTVYDP LQPELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVVNIQ KEIDRLNEVA KNLNESLIDL QELG KYEQG SGYIPEAPRD GQAYVRKDGE WVLLSTFLGR SLEVLFQGPG HHHHHHHHSA WSHPQFEKGG GSGGGGSGGS AWSHP QFEK UniProtKB: スパイクタンパク質 |
-分子 #2: Angiotensin-converting enzyme 2
分子 | 名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: アンジオテンシン変換酵素2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 71.795523 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSSSSWLLLS LVAVTTAQSL TEENAKTFLN NFNQEAEDLS YQSSLASWNY NTNITEENAQ KMSEAAAKWS AFYEEQSKTA QSFSLQEIQ TPIIKRQLQA LQQSGSSALS ADKNKQLNTI LNTMSTIYST GKVCNPKNPQ ECLLLEPGLD EIMATSTDYN S RLWAWEGW ...文字列: MSSSSWLLLS LVAVTTAQSL TEENAKTFLN NFNQEAEDLS YQSSLASWNY NTNITEENAQ KMSEAAAKWS AFYEEQSKTA QSFSLQEIQ TPIIKRQLQA LQQSGSSALS ADKNKQLNTI LNTMSTIYST GKVCNPKNPQ ECLLLEPGLD EIMATSTDYN S RLWAWEGW RAEVGKQLRP LYEEYVVLKN EMARANNYND YGDYWRGDYE AEGADGYNYN RNQLIEDVER TFAEIKPLYE HL HAYVRRK LMDTYPSYIS PTGCLPAHLL GDMWGRFWTN LYPLTVPFAQ KPNIDVTDAM MNQGWDAERI FQEAEKFFVS VGL PHMTQG FWANSMLTEP ADGRKVVCHP TAWDLGHGDF RIKMCTKVTM DNFLTAHHEM GHIQYDMAYA RQPFLLRNGA NEGF HEAVG EIMSLSAATP KHLKSIGLLP SDFQEDSETE INFLLKQALT IVGTLPFTYM LEKWRWMVFR GEIPKEQWMK KWWEM KREI VGVVEPLPHD ETYCDPASLF HVSNDYSFIR YYTRTIYQFQ FQEALCQAAK YNGSLHKCDI SNSTEAGQKL LKMLSL GNS EPWTKALENV VGARNMDVKP LLNYFQPLFD WLKEQNRNSF VGWNTEWSPY ADHHHHHH UniProtKB: アンジオテンシン変換酵素2 |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 21 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |