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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Unliganded human transthyretin in the canonical conformation | |||||||||
![]() | Apo TTR extended map | |||||||||
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![]() | Amyloidosis / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Basanta B / Nugroho K / Yan N / Kline GM / Tsai FJ / Wu M / Kelly JW / Lander GC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The conformational landscape of human transthyretin revealed by cryo-EM 著者: Basanta B / Nugroho K / Yan N / Kline GM / Powers ET / Tsai FJ / Wu M / Hansel-Harris A / Chen J / Forli S / Kelly JW / Lander GC | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 48.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49.7 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 793.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 792.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ve2MC ![]() 8ve0C ![]() 8ve1C ![]() 8ve3C ![]() 8ve4C ![]() 8ve5C ![]() 8ve6C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Apo TTR extended map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.562 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Apo TTR extended half map 1
ファイル | emd_43162_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Apo TTR extended half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Apo TTR extended half map 2
ファイル | emd_43162_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Apo TTR extended half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Transthyretin
全体 | 名称: Transthyretin |
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要素 |
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-超分子 #1: Transthyretin
超分子 | 名称: Transthyretin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 55.53 KDa |
-分子 #1: Transthyretin
分子 | 名称: Transthyretin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.908557 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGPTGTGESK CPLMVKVLDA VRGSPAINVA VHVFRKAADD TWEPFASGKT SESGELHGLT TEEEFVEGIY KVEIDTKSYW KALGISPFH EHAEVVFTAN DSGPRRYTIA ALLSPYSYST TAVVTNPKE UniProtKB: Transthyretin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.85 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - 時間: 240 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER 詳細: Graphene grids were treated with UV/ozone using the UVOCS T10xT10 system. A 10-minute warmup run was performed immediately prior to inserting and treating the grids for 4 minutes. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: 3 uL of sample were applied onto the graphene side of the grid after it was mounted on the plunger (always at the same height), and immediately blotted for 4 seconds by holding a 1 x 6 cm ...詳細: 3 uL of sample were applied onto the graphene side of the grid after it was mounted on the plunger (always at the same height), and immediately blotted for 4 seconds by holding a 1 x 6 cm piece of Whatman 1 filter paper parallel to the grid, in full contact. Timing was kept with the help of a metronome. The blotting countdown was started after the blotted liquid spot on the filter paper stopped spreading and the grid was plunged in liquid ethane at the same time the blotting paper was pulled back, in a single motion.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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温度 | 最低: 78.0 K / 最高: 85.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3739 / 平均露光時間: 6.8 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 88968 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 73000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 335266 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |