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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4300 | |||||||||
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タイトル | Structure of a prehandover mammalian ribosomal SRP and SRP receptor targeting complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / granulocyte differentiation / signal recognition particle binding / negative regulation of translational elongation / protein targeting to ER / signal-recognition-particle GTPase ...SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / granulocyte differentiation / signal recognition particle binding / negative regulation of translational elongation / protein targeting to ER / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / exocrine pancreas development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / cytoplasmic microtubule / vesicle-mediated transport / neutrophil chemotaxis / intracellular protein transport / GDP binding / nuclear speck / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / nucleolus / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Canis lupus familiaris (イヌ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Rabbit (ウサギ) / Dog (イヌ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Kobayashi K / Jomaa A / Ban N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure of a prehandover mammalian ribosomal SRP·SRP receptor targeting complex. 著者: Kan Kobayashi / Ahmad Jomaa / Jae Ho Lee / Sowmya Chandrasekar / Daniel Boehringer / Shu-Ou Shan / Nenad Ban / 要旨: Signal recognition particle (SRP) targets proteins to the endoplasmic reticulum (ER). SRP recognizes the ribosome synthesizing a signal sequence and delivers it to the SRP receptor (SR) on the ER ...Signal recognition particle (SRP) targets proteins to the endoplasmic reticulum (ER). SRP recognizes the ribosome synthesizing a signal sequence and delivers it to the SRP receptor (SR) on the ER membrane followed by the transfer of the signal sequence to the translocon. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the mammalian translating ribosome in complex with SRP and SR in a conformation preceding signal sequence handover. The structure visualizes all eukaryotic-specific SRP and SR proteins and reveals their roles in stabilizing this conformation by forming a large protein assembly at the distal site of SRP RNA. We provide biochemical evidence that the guanosine triphosphate hydrolysis of SRP·SR is delayed at this stage, possibly to provide a time window for signal sequence handover to the translocon. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4300.map.gz | 116.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4300-v30.xml emd-4300.xml | 81.2 KB 81.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4300.png | 265.7 KB | ||
その他 | emd_4300_half_map_1.map.gz emd_4300_half_map_2.map.gz | 98 MB 98.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4300 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4300 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4300_validation.pdf.gz | 486.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4300_full_validation.pdf.gz | 485.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4300_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4300 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4300 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4300.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4300_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4300_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Translating ribosome bound to SRP and SRP receptor
+超分子 #1: Translating ribosome bound to SRP and SRP receptor
+超分子 #2: Ribosome
+超分子 #3: SRP
+超分子 #4: SRP receptor
+超分子 #5: Signal sequence
+分子 #1: Canis lupus familiaris RNA, 7SL, cytoplasmic 1 (RN7SL1), SRP RNA
+分子 #2: tRNA
+分子 #5: 28S ribosomal RNA
+分子 #7: 5S ribosomal RNA
+分子 #8: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #3: Ribosomal protein eL28
+分子 #4: Ribosomal protein L12
+分子 #6: 60S acidic ribosomal protein P0
+分子 #9: Ribosomal protein L8
+分子 #10: Ribosomal protein uL3
+分子 #11: Ribosomal protein uL4
+分子 #12: Ribosomal protein uL18
+分子 #13: Ribosomal protein eL6
+分子 #14: Ribosomal protein uL30
+分子 #15: Ribosomal protein eL8
+分子 #16: Ribosomal protein uL6
+分子 #17: Ribosomal protein uL16
+分子 #18: Ribosomal protein uL5
+分子 #19: Ribosomal protein eL13
+分子 #20: Ribosomal protein eL14
+分子 #21: Ribosomal protein L15
+分子 #22: Ribosomal protein uL13
+分子 #23: Ribosomal protein uL22
+分子 #24: Ribosomal protein eL18
+分子 #25: Ribosomal protein eL19
+分子 #26: Ribosomal protein eL20
+分子 #27: Ribosomal protein eL21
+分子 #28: Ribosomal protein eL22
+分子 #29: Ribosomal protein L23
+分子 #30: Ribosomal protein eL24
+分子 #31: Ribosomal protein uL23
+分子 #32: Ribosomal protein uL24
+分子 #33: 60S ribosomal protein L27
+分子 #34: Ribosomal protein uL15
+分子 #35: 60S ribosomal protein L29
+分子 #36: Ribosomal protein eL30
+分子 #37: Ribosomal protein eL31
+分子 #38: Ribosomal protein eL32
+分子 #39: Ribosomal protein eL33
+分子 #40: Ribosomal protein eL34
+分子 #41: Ribosomal protein uL29
+分子 #42: Ribosomal protein eL36
+分子 #43: Ribosomal protein L37
+分子 #44: Ribosomal protein eL38
+分子 #45: Ribosomal protein eL39
+分子 #46: Ribosomal protein eL40
+分子 #47: Ribosomal protein eL41
+分子 #48: Ribosomal protein eL42
+分子 #49: Ribosomal protein eL43
+分子 #50: Signal recognition particle subunit SRP19
+分子 #51: Signal recognition particle subunit SRP72,Signal recognition part...
+分子 #52: Signal sequence
+分子 #53: Signal recognition particle subunit SRP68
+分子 #54: SRP receptor beta subunit
+分子 #55: Signal recognition particle 9 kDa protein
+分子 #56: Signal recognition particle 54 kDa protein
+分子 #57: SRP receptor alpha subunit
+分子 #58: Signal recognition particle 14 kDa protein
+分子 #59: MAGNESIUM ION
+分子 #60: ZINC ION
+分子 #61: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #62: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45800 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6frk: |