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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42946 | |||||||||
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タイトル | AgamOR28 structure bound to 2,4,5-trimethylthiazole | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Mosquito olfactory receptor / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 olfactory receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / odorant binding / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) / Apocrypta bakeri (昆虫) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao J / del Marmol J | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Structural basis of odor sensing by insect heteromeric odorant receptors. 著者: Jiawei Zhao / Andy Q Chen / Jaewook Ryu / Josefina Del Mármol / 要旨: Most insects, including human-targeting mosquitoes, detect odors through odorant-activated ion channel complexes consisting of a divergent odorant-binding subunit (OR) and a conserved co-receptor ...Most insects, including human-targeting mosquitoes, detect odors through odorant-activated ion channel complexes consisting of a divergent odorant-binding subunit (OR) and a conserved co-receptor subunit (Orco). As a basis for understanding how odorants activate these heteromeric receptors, we report here cryo-electron microscopy structures of two different heteromeric odorant receptor complexes containing ORs from disease-vector mosquitos or . These structures reveal an unexpected stoichiometry of one OR to three Orco subunits. Comparison of structures in odorant-bound and unbound states indicates that odorant binding to the sole OR subunit is sufficient to open the channel pore, suggesting a mechanism of OR activation and a conceptual framework for understanding evolution of insect odorant receptor sensitivity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42946.map.gz | 49.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42946-v30.xml emd-42946.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42946_fsc.xml | 7.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42946.png | 138.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42946.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_42946_half_map_1.map.gz emd_42946_half_map_2.map.gz | 49 MB 49 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42946 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42946 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42946_validation.pdf.gz | 896.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42946_full_validation.pdf.gz | 896.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42946_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42946_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42946 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42946 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42946.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.061 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42946_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42946_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : AgamOR28 heterotetramer bound to 2,4,5-trimethylthiazole
全体 | 名称: AgamOR28 heterotetramer bound to 2,4,5-trimethylthiazole |
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要素 |
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-超分子 #1: AgamOR28 heterotetramer bound to 2,4,5-trimethylthiazole
超分子 | 名称: AgamOR28 heterotetramer bound to 2,4,5-trimethylthiazole タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: Anopheles gambiae OR28
超分子 | 名称: Anopheles gambiae OR28 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) |
-超分子 #3: Apocrypta bakeri Orco
超分子 | 名称: Apocrypta bakeri Orco / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Apocrypta bakeri (昆虫) |
-分子 #1: Odorant receptor Orco
分子 | 名称: Odorant receptor Orco / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Apocrypta bakeri (昆虫) |
分子量 | 理論値: 53.204953 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKFKHQGLVA DLLPNIRVMQ GVGHFMFNYY SEGKKFPHRI YCIVTLLLLL LQYGMMAVNL MMESDDVDDL TANTITMLFF LHPIVKMIY FPVRSKIFYK TLAIWNNPNS HPLFAESNAR FHALAITKMR RLLFCVAGAT IFSVISWTGI TFIEDSVKRI T DPETNETT ...文字列: MKFKHQGLVA DLLPNIRVMQ GVGHFMFNYY SEGKKFPHRI YCIVTLLLLL LQYGMMAVNL MMESDDVDDL TANTITMLFF LHPIVKMIY FPVRSKIFYK TLAIWNNPNS HPLFAESNAR FHALAITKMR RLLFCVAGAT IFSVISWTGI TFIEDSVKRI T DPETNETT IIPIPRLMIR TFYPFNAMSG AGHVFALIYQ FYYLVISMAV SNSLDVLFCS WLLFACEQLQ HLKAIMKPLM EL SATLDTV VPNSGELFKA GSADHLRESQ GVQPSGNGDN VLDVDLRGIY SNRQDFTATF RPTAGTTFNG GVGPNGLTKK QEM LVRSAI KYWVERHKHV VRLVTAVGDA YGVALLLHML TTTITLTLLA YQATKVNGVN VYAATVIGYL LYTLGQVFLF CIFG NRLIE ESSSVMEAAY SCHWYDGSEE AKTFVQIVCQ QCQKAMSISG AKFFTVSLDL FASVLGAVVT YFMVLVQLK UniProtKB: Odorant receptor |
-分子 #2: OR28
分子 | 名称: OR28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) |
分子量 | 理論値: 45.826898 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MARLVLHEVR YVLMAMLYIS RGMAKQIQNS TIDLYVYWFL TFIPIASLCV PQFTYLVVDT KSLIDFISVL VPITEILLTN GKMIICNVK RGKIINLINQ VQVAWDECAK SEHLEIQTLI TATAKKTKIF VIIYTTSFLL ICVEYSSMPL FKLIYHSAVY G KQSNYTIA ...文字列: MARLVLHEVR YVLMAMLYIS RGMAKQIQNS TIDLYVYWFL TFIPIASLCV PQFTYLVVDT KSLIDFISVL VPITEILLTN GKMIICNVK RGKIINLINQ VQVAWDECAK SEHLEIQTLI TATAKKTKIF VIIYTTSFLL ICVEYSSMPL FKLIYHSAVY G KQSNYTIA LPYLSRFAYS TESTTSFAWT YFFILLGVYL LALTLSGFDS LFATLVMHVK MMFKVLKFEI EQLGLDLSAG KS HVELQAK LKQIILKHKT NLSLIEQLED GFSFFLMAQF LTSSILVCVV LYELTMVFGW NEDTFKTVTY LPGAILQLFL FCW YAQQIT EEARLVSDHI YNIPWYLADP KLQKDILTFM VKAQKPTGVT ASKFYMVTLQ TFQRISSTSY SYFTLLQTIN QQ UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: 2,4,5-trimethyl-1,3-thiazole
分子 | 名称: 2,4,5-trimethyl-1,3-thiazole / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: A1AFC |
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分子量 | 理論値: 127.207 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |