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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Computational Designed Nanocage O43_129_+4 | |||||||||
![]() | deepEMhancer sharpened map | |||||||||
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![]() | O43 / Nanocage / De Novo / Programmable Design / DE NOVO PROTEIN | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å | |||||||||
![]() | Carr KD / Weidle C / Borst AJ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Blueprinting extendable nanomaterials with standardized protein blocks. 著者: Timothy F Huddy / Yang Hsia / Ryan D Kibler / Jinwei Xu / Neville Bethel / Deepesh Nagarajan / Rachel Redler / Philip J Y Leung / Connor Weidle / Alexis Courbet / Erin C Yang / Asim K Bera / ...著者: Timothy F Huddy / Yang Hsia / Ryan D Kibler / Jinwei Xu / Neville Bethel / Deepesh Nagarajan / Rachel Redler / Philip J Y Leung / Connor Weidle / Alexis Courbet / Erin C Yang / Asim K Bera / Nicolas Coudray / S John Calise / Fatima A Davila-Hernandez / Hannah L Han / Kenneth D Carr / Zhe Li / Ryan McHugh / Gabriella Reggiano / Alex Kang / Banumathi Sankaran / Miles S Dickinson / Brian Coventry / T J Brunette / Yulai Liu / Justas Dauparas / Andrew J Borst / Damian Ekiert / Justin M Kollman / Gira Bhabha / David Baker / ![]() ![]() 要旨: A wooden house frame consists of many different lumber pieces, but because of the regularity of these building blocks, the structure can be designed using straightforward geometrical principles. The ...A wooden house frame consists of many different lumber pieces, but because of the regularity of these building blocks, the structure can be designed using straightforward geometrical principles. The design of multicomponent protein assemblies, in comparison, has been much more complex, largely owing to the irregular shapes of protein structures. Here we describe extendable linear, curved and angled protein building blocks, as well as inter-block interactions, that conform to specified geometric standards; assemblies designed using these blocks inherit their extendability and regular interaction surfaces, enabling them to be expanded or contracted by varying the number of modules, and reinforced with secondary struts. Using X-ray crystallography and electron microscopy, we validate nanomaterial designs ranging from simple polygonal and circular oligomers that can be concentrically nested, up to large polyhedral nanocages and unbounded straight 'train track' assemblies with reconfigurable sizes and geometries that can be readily blueprinted. Because of the complexity of protein structures and sequence-structure relationships, it has not previously been possible to build up large protein assemblies by deliberate placement of protein backbones onto a blank three-dimensional canvas; the simplicity and geometric regularity of our design platform now enables construction of protein nanomaterials according to 'back of an envelope' architectural blueprints. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 159.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.5 KB 21.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 168.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 88.4 MB 164.6 MB 164.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 812 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 811.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | deepEMhancer sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.86667 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_42944_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_42944_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_42944_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Computational Designed Nanocage O43_129_+4
全体 | 名称: Computational Designed Nanocage O43_129_+4 |
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要素 |
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-超分子 #1: Computational Designed Nanocage O43_129_+4
超分子 | 名称: Computational Designed Nanocage O43_129_+4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Chain A and chain B were expressed separately in E. coli. Complex was formed by mixing the lysis of chain A and chain B. Sample was purified through HIS-tag on chain A. |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-分子 #1: O43_129_+4 component A
分子 | 名称: O43_129_+4 component A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 33.976965 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGCDAIQAAA ALGEAGISSN EILELLAAAA ELGLDPDAIQ AAAQLGEAGI SSEEIKELLR AAHELGLDPD AIAAAADLGQ AGVSPVEIL ALLIAASVLG LDPDAIQAAA ALGEAGISAE EIIELLTAAR DLGLDPDAIQ AAAQLGEAGI SSEEIKELLR A AHELGLDP ...文字列: MGCDAIQAAA ALGEAGISSN EILELLAAAA ELGLDPDAIQ AAAQLGEAGI SSEEIKELLR AAHELGLDPD AIAAAADLGQ AGVSPVEIL ALLIAASVLG LDPDAIQAAA ALGEAGISAE EIIELLTAAR DLGLDPDAIQ AAAQLGEAGI SSEEIKELLR A AHELGLDP DCIAAAADLG QAGISSSEIT ALLLAAAAIE LAKRADDKDV REIVRDALEL ASRSTNDEVI RLALEAAVLA AR STDSDVL EIVKDALELA KQSTNEEVIK LALKAAVLAA KSTDEEVLEE VKEALRRAKE STDEEEIKEE LRKAVEEAEG GSW LEHHHH HH |
-分子 #2: O43_129_+4 component B
分子 | 名称: O43_129_+4 component B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 46.675922 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGDDLLLKLL ELLVEQARVS AEFARRQGDE KMLEEVARKA EEVARKAEEI ARKARKEGNL ELALKALEIL VRAAHVLAEI ARERGNEEL QKKAHKLAKE ALRQVIEIAI RAIQEGNLEL AIIALHISVR IAEVLLETRP DDREEIREQQ AIFELLIAAL E AAIRLEKL ...文字列: MGDDLLLKLL ELLVEQARVS AEFARRQGDE KMLEEVARKA EEVARKAEEI ARKARKEGNL ELALKALEIL VRAAHVLAEI ARERGNEEL QKKAHKLAKE ALRQVIEIAI RAIQEGNLEL AIIALHISVR IAEVLLETRP DDREEIREQQ AIFELLIAAL E AAIRLEKL KEEGAPPEQI ERVAEHGLER LKEIAKEISK EVDSPESKRI AYKIVAAAAE FLLKILAEGG ATPEQLERVT EH ALEVLKE VAKELADSPE SVREAVRLIS KLTQEGLKQL KEIGAPPEQI ERVAEHGLEV LKEIAKYGSK LTDSPELKRE LYR IISETA KELLKILAEG GATPEQLERV TKHALEVLKE VAKELADSPE SGLAALAAIA SLAKLGLEQL KEIGAPPEQQ RRVT KAGIE AVREIYRYGR KLY |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 300mM NaCl, 25mM Tris-HCL | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Computationally designed model was docked into experimentally derived volume map in ChimeraX. It was then relaxed using Namdinator. Then it was trimmed to polyA in PHENIX. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 804.6 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
得られたモデル | ![]() PDB-8v3b: |