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- EMDB-42595: Structure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42595
タイトルStructure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion conformation with bound [FIP-HRC]2-PEG11
マップデータmap sharp
試料
  • 複合体: Structure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion conformation with bound [FIP-HRC]2-PEG11
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: [FIP-HRC]2-PEG11
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / immune system / measles / high-resolution / ectodomain / post-fusion / small molecule / inhibitor / complex
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Zyla D / Saphire EO
資金援助 スイス, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationP2EZP3_195680 スイス
Swiss National Science FoundationP500PB_210992 スイス
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS105699 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS091263 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI176833 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: A neutralizing antibody prevents postfusion transition of measles virus fusion protein.
著者: Dawid S Zyla / Roberta Della Marca / Gele Niemeyer / Gillian Zipursky / Kyle Stearns / Cameron Leedale / Elizabeth B Sobolik / Heather M Callaway / Chitra Hariharan / Weiwei Peng / Diptiben ...著者: Dawid S Zyla / Roberta Della Marca / Gele Niemeyer / Gillian Zipursky / Kyle Stearns / Cameron Leedale / Elizabeth B Sobolik / Heather M Callaway / Chitra Hariharan / Weiwei Peng / Diptiben Parekh / Tara C Marcink / Ruben Diaz Avalos / Branka Horvat / Cyrille Mathieu / Joost Snijder / Alexander L Greninger / Kathryn M Hastie / Stefan Niewiesk / Anne Moscona / Matteo Porotto / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Measles virus (MeV) presents a public health threat that is escalating as vaccine coverage in the general population declines and as populations of immunocompromised individuals, who cannot be ...Measles virus (MeV) presents a public health threat that is escalating as vaccine coverage in the general population declines and as populations of immunocompromised individuals, who cannot be vaccinated, increase. There are no approved therapeutics for MeV. Neutralizing antibodies targeting viral fusion are one potential therapeutic approach but have not yet been structurally characterized or advanced to clinical use. We present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of prefusion F alone [2.1-angstrom (Å) resolution], F complexed with a fusion-inhibitory peptide (2.3-Å resolution), F complexed with the neutralizing and protective monoclonal antibody (mAb) 77 (2.6-Å resolution), and an additional structure of postfusion F (2.7-Å resolution). In vitro assays and examination of additional EM classes show that mAb 77 binds prefusion F, arrests F in an intermediate state, and prevents transition to the postfusion conformation. These structures shed light on antibody-mediated neutralization that involves arrest of fusion proteins in an intermediate state.
履歴
登録2023年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42595.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42595.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map sharp
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 264. Å		0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 264. Å		0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.401
最小 - 最大-2.731061 - 4.5829377
平均 (標準偏差)-0.00010952017 (±0.14013836)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42595_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half 1

ファイルemd_42595_half_map_1.map
注釈half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half 2

ファイルemd_42595_half_map_2.map
注釈half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion c...

全体名称: Structure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion conformation with bound [FIP-HRC]2-PEG11
要素
  • 複合体: Structure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion conformation with bound [FIP-HRC]2-PEG11
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: [FIP-HRC]2-PEG11
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: Structure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion c...

超分子名称: Structure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion conformation with bound [FIP-HRC]2-PEG11
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
株: Ichinose-B95a

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
分子量理論値: 12.498768 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列:
MGLKVNVSAI FMAVLLTLQT PTGQIHWGNL SKIGVVGIGS ASYKVMTRSS HQSLVIKLMP NITLLNNCTR VEIAEYRRLL RTVLEPIRD ALNAMTQNIR PVQSVASSRR HKR

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
分子量理論値: 44.89882 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: FAGVVLAGAA LGVATAAQIT AGIALHQSML NSQAIDNLRA SLETTNQAIE AIRQAGQGMI LAVQGVQDYI NNELIPSMNQ LSCDLIGQK LGLKLLRYYT EILSLFGPSL RDPISAEISI QALSYALGGD INKVLEKLGY SGGDLLGILE SRGIKARITH V DTESYFIV ...文字列:
FAGVVLAGAA LGVATAAQIT AGIALHQSML NSQAIDNLRA SLETTNQAIE AIRQAGQGMI LAVQGVQDYI NNELIPSMNQ LSCDLIGQK LGLKLLRYYT EILSLFGPSL RDPISAEISI QALSYALGGD INKVLEKLGY SGGDLLGILE SRGIKARITH V DTESYFIV LSIAYPTLSE IKGVIVHRLE GVSYNIGSQE WYTTVPKYVA TQGYLISNFD ESSCTFMPEG TVCSQNALYP MS PLLQECL RGSTKSCART LVSGSFGNRF ILSQGNLIAN CASILCKCYT TGTIINQDPD KILTYIAADH CPVVEVNGVT IQV GSRRYP DAVYLHRIDL GPPISLGRLD VGTNLGNAIA KLEDAKELLE SSDQILRSMK GLSSTSIGVD DDDKAGWSHP QFEK GGGSG GGSGGGSWSH PQFEK

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #3: [FIP-HRC]2-PEG11

分子名称: [FIP-HRC]2-PEG11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 503.546 Da
配列文字列:
(P6S)FFG

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 33 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.38 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: HEPES 50 mM, pH 8.0, NaCl 150 mM
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 10716 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3000000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2) / 使用した粒子像数: 235000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア: (名称: cryoSPARC, RELION)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5yxw


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8uuq:
Structure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion conformation with bound [FIP-HRC]2-PEG11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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