[日本語] English
万見
- EMDB-42509: Intracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42509
タイトルIntracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8.9 Angstrom
マップデータmap sharp
試料
  • ウイルス: Complex
    • 複合体: NP core with RNA
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
      • RNA: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
    • 複合体: Outer NP with VP35 NP-binding peptide
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase cofactor VP35
    • 複合体: VP24 second layer of nucleocapsid
      • タンパク質・ペプチド: Membrane-associated protein VP24
    • 複合体: VP35 CTD
キーワードVIRAL PROTEIN / nucleoprotein / nucleocapsid / Ebola virus / EBOV / filovirus / subtomogram averaging / cryo-ET / FIB / intracellular / in situ
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host intracellular interferon activity / suppression by virus of host cytokine production / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / suppression by virus of host type I interferon production / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II ...suppression by virus of host intracellular interferon activity / suppression by virus of host cytokine production / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / suppression by virus of host type I interferon production / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / viral RNA genome packaging / molecular sequestering activity / helical viral capsid / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral genome replication / viral budding from plasma membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / negative regulation of gene expression / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Filovirus membrane-associated VP24 / Filovirus membrane-associated protein VP24 / Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Polymerase cofactor VP35 / Membrane-associated protein VP24
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) / Zaire (エボラウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Watanabe R / Zyla D / Saphire EO
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Intracellular Ebola virus nucleocapsid assembly revealed by in situ cryo-electron tomography.
著者: Reika Watanabe / Dawid Zyla / Diptiben Parekh / Connor Hong / Ying Jones / Sharon L Schendel / William Wan / Guillaume Castillon / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Filoviruses, including the Ebola and Marburg viruses, cause hemorrhagic fevers with up to 90% lethality. The viral nucleocapsid is assembled by polymerization of the nucleoprotein (NP) along the ...Filoviruses, including the Ebola and Marburg viruses, cause hemorrhagic fevers with up to 90% lethality. The viral nucleocapsid is assembled by polymerization of the nucleoprotein (NP) along the viral genome, together with the viral proteins VP24 and VP35. We employed cryo-electron tomography of cells transfected with viral proteins and infected with model Ebola virus to illuminate assembly intermediates, as well as a 9 Å map of the complete intracellular assembly. This structure reveals a previously unresolved third and outer layer of NP complexed with VP35. The intrinsically disordered region, together with the C-terminal domain of this outer layer of NP, provides the constant width between intracellular nucleocapsid bundles and likely functions as a flexible tether to the viral matrix protein in the virion. A comparison of intracellular nucleocapsids with prior in-virion nucleocapsid structures reveals that the nucleocapsid further condenses vertically in the virion. The interfaces responsible for nucleocapsid assembly are highly conserved and offer targets for broadly effective antivirals.
履歴
登録2023年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42509.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42509.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map sharp
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.15 Å/pix.
x 224 pix.
= 481.376 Å		2.15 Å/pix.
x 224 pix.
= 481.376 Å		2.15 Å/pix.
x 224 pix.
= 481.376 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.149 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0037
最小 - 最大-0.013077345 - 0.025204882
平均 (標準偏差)0.000066310444 (±0.001457545)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 481.37598 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: half 2

ファイルemd_42509_half_map_1.map
注釈half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 1

ファイルemd_42509_half_map_2.map
注釈half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex

全体名称: Complex
要素
  • ウイルス: Complex
    • 複合体: NP core with RNA
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
      • RNA: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
    • 複合体: Outer NP with VP35 NP-binding peptide
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase cofactor VP35
    • 複合体: VP24 second layer of nucleocapsid
      • タンパク質・ペプチド: Membrane-associated protein VP24
    • 複合体: VP35 CTD

-
超分子 #1: Complex

超分子名称: Complex / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: 3 virus proteins were expressed from a plasmid in HEK 293T cells
ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: NP core with RNA

超分子名称: NP core with RNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: Outer NP with VP35 NP-binding peptide

超分子名称: Outer NP with VP35 NP-binding peptide / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)

-
超分子 #4: VP24 second layer of nucleocapsid

超分子名称: VP24 second layer of nucleocapsid / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)

-
超分子 #5: VP35 CTD

超分子名称: VP35 CTD / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)

-
分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: The N-terminal part of nucleoprotein / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
分子量理論値: 83.3875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDSRPQKIWM APSLTESDMD YHKILTAGLS VQQGIVRQRV IPVYQVNNLE EICQLIIQAF EAGVDFQESA DSFLLMLCLH HAYQGDYKL FLESGAVKYL EGHGFRFEVK KRDGVKRLEE LLPAVSSGKN IKRTLAAMPE EETTEANAGQ FLSFASLFLP K LVVGEKAC ...文字列:
MDSRPQKIWM APSLTESDMD YHKILTAGLS VQQGIVRQRV IPVYQVNNLE EICQLIIQAF EAGVDFQESA DSFLLMLCLH HAYQGDYKL FLESGAVKYL EGHGFRFEVK KRDGVKRLEE LLPAVSSGKN IKRTLAAMPE EETTEANAGQ FLSFASLFLP K LVVGEKAC LEKVQRQIQV HAEQGLIQYP TAWQSVGHMM VIFRLMRTNF LIKFLLIHQG MHMVAGHDAN DAVISNSVAQ AR FSGLLIV KTVLDHILQK TERGVRLHPL ARTAKVKNEV NSFKAALSSL AKHGEYAPFA RLLNLSGVNN LEHGLFPQLS AIA LGVATA HGSTLAGVNV GEQYQQLREA ATEAEKQLQQ YAESRELDHL GLDDQEKKIL MNFHQKKNEI SFQQTNAMVT LRKE RLAKL TEAITAASLP KTSGHYDDDD DIPFPGPIND DDNPGHQDDD PTDSQDTTIP DVVVDPDDGS YGEYQSYSEN GMNAP DDLV LFDLDEDDED TKPVPNRSTK GGQQKNSQKG QHIEGRQTQS RPIQNVPGPH RTIHHASAPL TDNDRRNEPS GSTSPR MLT PINEEADPLD DADDETSSLP PLESDDEEQD RDGTSNRTPT VAPPAPVYRD HSEKKELPQD EQQDQDHTQE ARNQDSD NT QSEHSFEEMY RHILRSQGPF DAVLYYHMMK DEPVVFSTSD GKEYTYPDSL EEEYPPWLTE KEAMNEENRF VTLDGQQF Y WPVMNHKNKF MAILQHHQ

UniProtKB: Nucleoprotein

-
分子 #3: Membrane-associated protein VP24

分子名称: Membrane-associated protein VP24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: VP24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
分子量理論値: 28.250811 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAKATGRYNL ISPKKDLEKG VVLSDLCNFL VSQTIQGWKV YWAGIEFDVT HKGMALLHRL KTNDFAPAWS MTRNLFPHLF QNPNSTIES PLWALRVILA AGIQDQLIDQ SLIEPLAGAL GLISDWLLTT NTNHFNMRTQ RVKEQLSLKM LSLIRSNILK F INKLDALH ...文字列:
MAKATGRYNL ISPKKDLEKG VVLSDLCNFL VSQTIQGWKV YWAGIEFDVT HKGMALLHRL KTNDFAPAWS MTRNLFPHLF QNPNSTIES PLWALRVILA AGIQDQLIDQ SLIEPLAGAL GLISDWLLTT NTNHFNMRTQ RVKEQLSLKM LSLIRSNILK F INKLDALH VVNYNGLLSS IEIGTQNHTI IITRTNMGFL VELQEPDKSA MNRMKPGPAK FSLLHESTLK AFTQGSSTRM QS LILEFNS SLAI

UniProtKB: Membrane-associated protein VP24

-
分子 #4: Polymerase cofactor VP35

分子名称: Polymerase cofactor VP35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: C-terminal domain of VP35 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
分子量理論値: 37.403277 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTTRTKGRGH TAATTQNDRM PGPELSGWIS EQLMTGRIPV SDIFCDIENN PGLCYASQMQ QTKPNPKTRN SQTQTDPICN HSFEEVVQT LASLATVVQQ QTIASESLEQ RITSLENGLK PVYDMAKTIS SLNRVCAEMV AKYDLLVMTT GRATATAAAT E AYWAEHGQ ...文字列:
MTTRTKGRGH TAATTQNDRM PGPELSGWIS EQLMTGRIPV SDIFCDIENN PGLCYASQMQ QTKPNPKTRN SQTQTDPICN HSFEEVVQT LASLATVVQQ QTIASESLEQ RITSLENGLK PVYDMAKTIS SLNRVCAEMV AKYDLLVMTT GRATATAAAT E AYWAEHGQ PPPGPSLYEE SAIRGKIESR DETVPQSVRE AFNNLNSTTS LTEENFGKPD ISAKDLRNIM YDHLPGFGTA FH QLVQVIC KLGKDSNSLD IIHAEFQASL AEGDSPQCAL IQITKRVPIF QDAAPPVIHI RSRGDIPRAC QKSLRPVPPS PKI DRGWVC VFQLQDGKTL GLKI

UniProtKB: Polymerase cofactor VP35

-
分子 #2: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / 詳細: Sample RNA sequence / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Zaire (エボラウイルス)
分子量理論値: 1.930277 KDa
配列文字列:
AAAAAA

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細FIB-milled-plunge-frozen cell expressing EBOV NP(601-739 truncated), VP24 and VP35

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 28000
抽出トモグラム数: 25 / 使用した粒子像数: 102000
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 33000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8usn:
Intracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8.9 Angstrom

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る