+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42504 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNA in E-site and P-site of the ribosome | |||||||||
マップデータ | Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNA in E-site and P-site of the ribosome | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | transcription / translation / coupling / expressome / NusA / RfaH / RNA / RNA polymerase / ribosome | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription antitermination factor activity, DNA binding / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / stringent response / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / transcription antitermination factor activity, RNA binding ...transcription antitermination factor activity, DNA binding / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / stringent response / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / ribonucleoside binding / mRNA 5'-UTR binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / response to heat / large ribosomal subunit rRNA binding / protein-containing complex assembly / cytosolic small ribosomal subunit / intracellular iron ion homeostasis / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / protein dimerization activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / nucleotide binding / mRNA binding / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Molodtsov V / Wang C / Ebright RH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: Structural basis of RfaH-mediated transcription-translation coupling 著者: Molodtsov V / Wang C / Zhang J / Kaelber JT / Blaha G / Ebright RH | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42504.map.gz | 410.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-42504-v30.xml emd-42504.xml | 94.4 KB 94.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_42504.png | 40.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42504.cif.gz | 31.6 KB | ||
その他 | emd_42504_half_map_1.map.gz emd_42504_half_map_2.map.gz | 410.4 MB 411 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42504 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42504 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42504_validation.pdf.gz | 1023.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_42504_full_validation.pdf.gz | 1023.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42504_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42504_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42504 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42504 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8uryMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42504.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNA in E-site and P-site of the ribosome | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_42504_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_42504_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Escherichia coli transcription-translation coupled complex class ...
+超分子 #1: Escherichia coli transcription-translation coupled complex class ...
+分子 #1: 50S ribosomal protein L21
+分子 #2: 50S ribosomal protein L22
+分子 #3: 50S ribosomal protein L23
+分子 #4: 50S ribosomal protein L24
+分子 #5: Large ribosomal subunit protein bL25
+分子 #9: 50S ribosomal protein L10
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #12: Transcription antitermination protein RfaH
+分子 #13: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #14: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #15: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #16: Transcription termination/antitermination protein NusA
+分子 #17: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S20
+分子 #20: 30S ribosomal protein S21
+分子 #21: 30S ribosomal protein S2
+分子 #22: Small ribosomal subunit protein bS1
+分子 #23: 30S ribosomal protein S3
+分子 #24: 30S ribosomal protein S4
+分子 #25: 30S ribosomal protein S5
+分子 #26: 30S ribosomal protein S6
+分子 #27: 30S ribosomal protein S7
+分子 #28: 30S ribosomal protein S8
+分子 #29: 30S ribosomal protein S9
+分子 #30: Small ribosomal subunit protein uS10
+分子 #31: 30S ribosomal protein S11
+分子 #32: 30S ribosomal protein S12
+分子 #33: 30S ribosomal protein S14
+分子 #34: 30S ribosomal protein S15
+分子 #35: 30S ribosomal protein S16
+分子 #36: 30S ribosomal protein S17
+分子 #37: 30S ribosomal protein S19
+分子 #38: 30S ribosomal protein S13
+分子 #39: 50S ribosomal protein L11
+分子 #40: 50S ribosomal protein L7/L12
+分子 #42: Large ribosomal subunit protein bL27
+分子 #43: 50S ribosomal protein L28
+分子 #45: Large ribosomal subunit protein uL29
+分子 #46: 50S ribosomal protein L30
+分子 #47: Large ribosomal subunit protein bL31
+分子 #48: 50S ribosomal protein L2
+分子 #49: 50S ribosomal protein L32
+分子 #50: 50S ribosomal protein L3
+分子 #51: 50S ribosomal protein L33
+分子 #52: 50S ribosomal protein L4
+分子 #53: 50S ribosomal protein L34
+分子 #54: 50S ribosomal protein L5
+分子 #55: Large ribosomal subunit protein bL35
+分子 #56: 50S ribosomal protein L6
+分子 #57: 50S ribosomal protein L36
+分子 #58: 50S ribosomal protein L9
+分子 #59: Large ribosomal subunit protein uL13
+分子 #60: 50S ribosomal protein L14
+分子 #61: 50S ribosomal protein L15
+分子 #62: 50S ribosomal protein L16
+分子 #63: 50S ribosomal protein L17
+分子 #64: 50S ribosomal protein L18
+分子 #65: Large ribosomal subunit protein bL19
+分子 #66: 50S ribosomal protein L20
+分子 #6: NT DNA ops
+分子 #7: T DNA
+分子 #8: mRNA with 30 nt long spacer
+分子 #10: E-site and P-site fMet-tRNA
+分子 #18: 16S rRNA
+分子 #41: 23S rRNA
+分子 #44: 5S rRNA
+分子 #67: MAGNESIUM ION
+分子 #68: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12096 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |