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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42430 | |||||||||
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タイトル | Structure of synaptic vesicle protein 2B with padsevonil | |||||||||
マップデータ | Main map sharpened | |||||||||
試料 |
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キーワード | Synaptic vesicle / SLC22 / Inhibitor / Antiepileptic / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / neurotransmitter transport / regulation of synaptic vesicle exocytosis / transmembrane transporter activity / acrosomal vesicle / synaptic vesicle membrane ...Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / neurotransmitter transport / regulation of synaptic vesicle exocytosis / transmembrane transporter activity / acrosomal vesicle / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / chemical synaptic transmission / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Martin MF / Mittal A / Levin E / Adams C / Yang M / Ledecq M / Horanyi PS / Coleman JA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structures of synaptic vesicle protein 2A and 2B bound to anticonvulsants. 著者: Anshumali Mittal / Matthew F Martin / Elena J Levin / Christopher Adams / Meng Yang / Laurent Provins / Adrian Hall / Martin Procter / Marie Ledecq / Alexander Hillisch / Christian Wolff / ...著者: Anshumali Mittal / Matthew F Martin / Elena J Levin / Christopher Adams / Meng Yang / Laurent Provins / Adrian Hall / Martin Procter / Marie Ledecq / Alexander Hillisch / Christian Wolff / Michel Gillard / Peter S Horanyi / Jonathan A Coleman / 要旨: Epilepsy is a common neurological disorder characterized by abnormal activity of neuronal networks, leading to seizures. The racetam class of anti-seizure medications bind specifically to a membrane ...Epilepsy is a common neurological disorder characterized by abnormal activity of neuronal networks, leading to seizures. The racetam class of anti-seizure medications bind specifically to a membrane protein found in the synaptic vesicles of neurons called synaptic vesicle protein 2 (SV2) A (SV2A). SV2A belongs to an orphan subfamily of the solute carrier 22 organic ion transporter family that also includes SV2B and SV2C. The molecular basis for how anti-seizure medications act on SV2s remains unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of SV2A and SV2B captured in a luminal-occluded conformation complexed with anticonvulsant ligands. The conformation bound by anticonvulsants resembles an inhibited transporter with closed luminal and intracellular gates. Anticonvulsants bind to a highly conserved central site in SV2s. These structures provide blueprints for future drug design and will facilitate future investigations into the biological function of SV2s. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42430.map.gz | 136.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42430-v30.xml emd-42430.xml | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42430_fsc.xml | 11.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42430.png | 36 KB | ||
マスクデータ | emd_42430_msk_1.map emd_42430_msk_2.map | 144.7 MB 144.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-42430.cif.gz | 7.1 KB | ||
その他 | emd_42430_additional_1.map.gz emd_42430_half_map_1.map.gz emd_42430_half_map_2.map.gz | 72.2 MB 134.1 MB 134.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42430 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42430_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42430_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42430_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42430_validation.cif.gz | 25.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42430 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map sharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.72 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_42430_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_42430_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_42430_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_42430_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_42430_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SV2B complexed with padsevonil
全体 | 名称: SV2B complexed with padsevonil |
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要素 |
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-超分子 #1: SV2B complexed with padsevonil
超分子 | 名称: SV2B complexed with padsevonil / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 77.4 kDa/nm |
-分子 #1: Synaptic vesicle glycoprotein 2B
分子 | 名称: Synaptic vesicle glycoprotein 2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 77.515016 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDDYKYQDNY GGYAPSDGYY RGNESNPEED AQSDVTEGHD EEDEIYEGEY QGIPHPDDVK AKQAKMAPSR MDSLRGQTDL MAERLEDEE QLAHQYETIM DECGHGRFQW ILFFVLGLAL MADGVEVFVV SFALPSAEKD MCLSSSKKGM LGMIVYLGMM A GAFILGGL ...文字列: MDDYKYQDNY GGYAPSDGYY RGNESNPEED AQSDVTEGHD EEDEIYEGEY QGIPHPDDVK AKQAKMAPSR MDSLRGQTDL MAERLEDEE QLAHQYETIM DECGHGRFQW ILFFVLGLAL MADGVEVFVV SFALPSAEKD MCLSSSKKGM LGMIVYLGMM A GAFILGGL ADKLGRKRVL SMSLAVNASF ASLSSFVQGY GAFLFCRLIS GIGIGGALPI VFAYFSEFLS REKRGEHLSW LG IFWMTGG LYASAMAWSI IPHYGWGFSM GTNYHFHSWR VFVIVCALPC TVSMVALKFM PESPRFLLEM GKHDEAWMIL KQV HDTNMR AKGTPEKVFT VSNIKTPKQM DEFIEIQSST GTWYQRWLVR FKTIFKQVWD NALYCVMGPY RMNTLILAVV WFAM AFSYY GLTVWFPDMI RYFQDEEYKS KMKVFFGEHV YGATINFTME NQIHQHGKLV NDKFTRMYFK HVLFEDTFFD ECYFE DVTS TDTYFKNCTI ESTIFYNTDL YEHKFINCRF INSTFLEQKE GCHMDLEQDN DFLIYLVSFL GSLSVLPGNI ISALLM DRI GRLKMIGGSM LISAVCCFFL FFGNSESAMI GWQCLFCGTS IAAWNALDVI TVELYPTNQR ATAFGILNGL CKFGAIL GN TIFASFVGIT KVVPILLAAA SLVGGGLIAL RLPETREQVL M UniProtKB: Synaptic vesicle glycoprotein 2B |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #3: (4R)-4-(2-chloro-2,2-difluoroethyl)-1-{[(4R)-2-(methoxymethyl)-6-...
分子 | 名称: (4R)-4-(2-chloro-2,2-difluoroethyl)-1-{[(4R)-2-(methoxymethyl)-6-(trifluoromethyl)imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazol-5-yl]methyl}pyrrolidin-2-one タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: X3U |
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分子量 | 理論値: 432.797 Da |
-分子 #4: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE]
分子 | 名称: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE] / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: PS1 |
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分子量 | 理論値: 566.642 Da |
Chemical component information | ChemComp-PS1: |
-分子 #5: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...
分子 | 名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: 9Z9 |
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分子量 | 理論値: 544.805 Da |
Chemical component information | ChemComp-9Z9: |
-分子 #6: [(2R)-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]o...
分子 | 名称: [(2R)-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-2-propanoyloxy-propyl] propanoate タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 43Y |
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分子量 | 理論値: 370.356 Da |
Chemical component information | ChemComp-43Y: |
-分子 #7: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 5 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 8.0, .4 mM glyco-diosgenin, 1 uM padsevonil |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 194000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |