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- EMDB-42295: Cryo-EM map of human clamp-clamp loader ATAD5-RFC-closed PCNA com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42295
タイトルCryo-EM map of human clamp-clamp loader ATAD5-RFC-closed PCNA complex in intermediate state 1
マップデータPrimary sharpen Cryo-EM map
試料
  • 複合体: ATAD5-RFC-closed PCNA
    • タンパク質・ペプチド: ATPase family AAA domain-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードAAA ATPase / Clamp unloader / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA clamp unloader activity / positive regulation of cell cycle G2/M phase transition / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / nuclear DNA replication / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication ...DNA clamp unloader activity / positive regulation of cell cycle G2/M phase transition / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / nuclear DNA replication / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / DNA clamp loader activity / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / MutLalpha complex binding / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / Removal of the Flap Intermediate / isotype switching / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / replisome / regulation of mitotic cell cycle phase transition / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / response to L-glutamate / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / DNA strand elongation involved in DNA replication / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / histone acetyltransferase binding / DNA synthesis involved in DNA repair / response to dexamethasone / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / replication fork processing / nuclear replication fork / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / SUMOylation of DNA replication proteins / signal transduction in response to DNA damage / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ATP-dependent activity, acting on DNA / translesion synthesis / mismatch repair / Activation of ATR in response to replication stress / response to cadmium ion / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / estrous cycle / base-excision repair, gap-filling / DNA polymerase binding / positive regulation of B cell proliferation / epithelial cell differentiation / liver regeneration / positive regulation of DNA repair / male germ cell nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / positive regulation of DNA replication / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / nuclear estrogen receptor binding / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / G2/M DNA damage checkpoint / receptor tyrosine kinase binding / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / cellular response to xenobiotic stimulus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / chromatin organization / heart development / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA replication / cell population proliferation / nuclear body / DNA repair / centrosome / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site ...Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / ATPase family AAA domain-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Wang F / He Q / Li H
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115809 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: The human ATAD5 has evolved unique structural elements to function exclusively as a PCNA unloader.
著者: Feng Wang / Qing He / Nina Y Yao / Michael E O'Donnell / Huilin Li /
要旨: Humans have three different proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp-loading complexes: RFC and CTF18-RFC load PCNA onto DNA, but ATAD5-RFC can only unload PCNA from DNA. The underlying ...Humans have three different proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp-loading complexes: RFC and CTF18-RFC load PCNA onto DNA, but ATAD5-RFC can only unload PCNA from DNA. The underlying structural basis of ATAD5-RFC unloading is unknown. We show here that ATAD5 has two unique locking loops that appear to tie the complex into a rigid structure, and together with a domain that plugs the DNA-binding chamber, prevent conformation changes required for DNA binding, likely explaining why ATAD5-RFC is exclusively a PCNA unloader. These features are conserved in the yeast PCNA unloader Elg1-RFC. We observe intermediates in which PCNA bound to ATAD5-RFC exists as a closed planar ring, a cracked spiral or a gapped spiral. Surprisingly, ATAD5-RFC can open a PCNA gap between PCNA protomers 2 and 3, different from the PCNA protomers 1 and 3 gap observed in all previously characterized clamp loaders.
履歴
登録2023年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月29日-
マップ公開2024年5月29日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42295.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42295.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary sharpen Cryo-EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.96 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.96 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-1.5408309 - 2.4726567
平均 (標準偏差)0.00016050145 (±0.059475522)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 264.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Primary unhsarpen cryo-EM map

ファイルemd_42295_additional_1.map
注釈Primary unhsarpen cryo-EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpen EM map by DeepEMhancer

ファイルemd_42295_additional_2.map
注釈Sharpen EM map by DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_42295_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_42295_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ATAD5-RFC-closed PCNA

全体名称: ATAD5-RFC-closed PCNA
要素
  • 複合体: ATAD5-RFC-closed PCNA
    • タンパク質・ペプチド: ATPase family AAA domain-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: ATAD5-RFC-closed PCNA

超分子名称: ATAD5-RFC-closed PCNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 320 KDa

+
分子 #1: ATPase family AAA domain-containing protein 5

分子名称: ATPase family AAA domain-containing protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 207.902344 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MVGVLAMAAA AAPPPVKDCE IEPCKKRKKD DDTSTCKTIT KYLSPLGKTR DRVFAPPKPS NILDYFRKTS PTNEKTQLGK ECKIKSPES VPVDSNKDCT TPLEMFSNVE FKKKRKRVNL SHQLNNIKTE NEAPIEISSD DSKEDYSLNN DFVESSTSVL R YKKQVEVL ...文字列:
MVGVLAMAAA AAPPPVKDCE IEPCKKRKKD DDTSTCKTIT KYLSPLGKTR DRVFAPPKPS NILDYFRKTS PTNEKTQLGK ECKIKSPES VPVDSNKDCT TPLEMFSNVE FKKKRKRVNL SHQLNNIKTE NEAPIEISSD DSKEDYSLNN DFVESSTSVL R YKKQVEVL AENIQDTKSQ PNTMTSLQNS KKVNPKQGTT KNDFKKLRKR KCRDVVDLSE SLPLAEELNL LKKDGKDTKQ ME NTTSHAN SRDNVTEAAQ LNDSIITVSY EEFLKSHKEN KVEEIPDSTM SICVPSETVD EIVKSGYISE SENSEISQQV RFK TVTVLA QVHPIPPKKT GKIPRIFLKQ KQFEMENSLS DPENEQTVQK RKSNVVIQEE ELELAVLEAG SSEAVKPKCT LEER QQFMK AFRQPASDAL KNGVKKSSDK QKDLNEKCLY EVGRDDNSKK IMENSGIQMV SKNGNLQLHT DKGSFLKEKN KKLKK KNKK TLDTGAIPGK NREGNTQKKE TTFFLKEKQY QNRMSLRQRK TEFFKSSTLF NNESLVYEDI ANDDLLKVSS LCNNNK LSR KTSIPVKDIK LTQSKAESEA SLLNVSTPKS TRRSGRISST PTTETIRGID SDDVQDNSQL KASTQKAANL SEKHSLY TA ELITVPFDSE SPIRMKFTRI STPKKSKKKS NKRSEKSEAT DGGFTSQIRK ASNTSKNISK AKQLIEKAKA LHISRSKV T EEIAIPLRRS SRHQTLPERK KLSETEDSVI IIDSSPTALK HPEKNQKKLQ CLNDVLGKKL NTSTKNVPGK MKVAPLFLV RKAQKAADPV PSFDESSQDT SEKSQDCDVQ CKAKRDFLMS GLPDLLKRQI AKKAAALDVY NAVSTSFQRV VHVQQKDDGC CLWHLKPPS CPLLTKFKEL NTKVIDLSKC GIALGEFSTL NSKLKSGNSA AVFMRTRKEF TEEVRNLLLE EIRWSNPEFS L KKYFPLLL KKQIEHQVLS SECHSKQELE ADVSHKETKR KLVEAENSKS KRKKPNEYSK NLEKTNRKSE ELSKRNNSSG IK LDSSKDS GTEDMLWTEK YQPQTASELI GNELAIKKLH SWLKDWKRRA ELEERQNLKG KRDEKHEDFS GGIDFKGSSD DEE ESRLCN TVLITGPTGV GKTAAVYACA QELGFKIFEV NASSQRSGRQ ILSQLKEATQ SHQVDKQGVN SQKPCFFNSY YIGK SPKKI SSPKKVVTSP RKVPPPSPKS SGPKRALPPK TLANYFKVSP KPKNNEEIGM LLENNKGIKN SFEQKQITQT KSTNA TNSN VKDVGAEEPS RKNATSLILF EEVDVIFDED AGFLNAIKTF MATTKRPVIL TTSDPTFSLM FDGCFEEIKF STPSLL NVA SYLQMICLTE NFRTDVKDFV TLLTANTCDI RKSILYLQFW IRSGGGVLEE RPLTLYRGNS RNVQLVCSEH GLDNKIY PK NTKKKRVDLP KCDSGCAETL FGLKNIFSPS EDLFSFLKHK ITMKEEWHKF IQLLTEFQMR NVDFLYSNLE FILPLPVD T IPETKNFCGP SVTVDASAAT KSMNCLARKH SEREQPLKKS QKKKQKKTLV ILDDSDLFDT DLDFPDQSIS LSSVSSSSN AEESKTGDEE SKARDKGNNP ETKKSIPCPP KTTAGKKCSA LVSHCLNSLS EFMDNMSFLD ALLTDVREQN KYGRNDFSWT NGKVTSGLC DEFSLESNDG WTSQSSGELK AAAEALSFTK CSSAISKALE TLNSCKKLGR DPTNDLTFYV SQKRNNVYFS Q SAANLDNA WKRISVIKSV FSSRSLLYVG NRQASIIEYL PTLRNICKTE KLKEQGKSKR RFLHYFEGIH LDIPKETVNT LA ADFP

UniProtKB: ATPase family AAA domain-containing protein 5

+
分子 #2: Replication factor C subunit 2

分子名称: Replication factor C subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.203207 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MEVEAVCGGA GEVEAQDSDP APAFSKAPGS AGHYELPWVE KYRPVKLNEI VGNEDTVSRL EVFAREGNVP NIIIAGPPGT GKTTSILCL ARALLGPALK DAMLELNASN DRGIDVVRNK IKMFAQQKVT LPKGRHKIII LDEADSMTDG AQQALRRTME I YSKTTRFA ...文字列:
MEVEAVCGGA GEVEAQDSDP APAFSKAPGS AGHYELPWVE KYRPVKLNEI VGNEDTVSRL EVFAREGNVP NIIIAGPPGT GKTTSILCL ARALLGPALK DAMLELNASN DRGIDVVRNK IKMFAQQKVT LPKGRHKIII LDEADSMTDG AQQALRRTME I YSKTTRFA LACNASDKII EPIQSRCAVL RYTKLTDAQI LTRLMNVIEK ERVPYTDDGL EAIIFTAQGD MRQALNNLQS TF SGFGFIN SENVFKVCDE PHPLLVKEMI QHCVNANIDE AYKILAHLWH LGYSPEDIIG NIFRVCKTFQ MAEYLKLEFI KEI GYTHMK IAEGVNSLLQ MAGLLARLCQ KTMAPVAS

UniProtKB: Replication factor C subunit 2

+
分子 #3: Replication factor C subunit 5

分子名称: Replication factor C subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.545512 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: METSALKQQE QPAATKIRNL PWVEKYRPQT LNDLISHQDI LSTIQKFINE DRLPHLLLYG PPGTGKTSTI LACAKQLYKD KEFGSMVLE LNASDDRGID IIRGPILSFA STRTIFKKGF KLVILDEADA MTQDAQNALR RVIEKFTENT RFCLICNYLS K IIPALQSR ...文字列:
METSALKQQE QPAATKIRNL PWVEKYRPQT LNDLISHQDI LSTIQKFINE DRLPHLLLYG PPGTGKTSTI LACAKQLYKD KEFGSMVLE LNASDDRGID IIRGPILSFA STRTIFKKGF KLVILDEADA MTQDAQNALR RVIEKFTENT RFCLICNYLS K IIPALQSR CTRFRFGPLT PELMVPRLEH VVEEEKVDIS EDGMKALVTL SSGDMRRALN ILQSTNMAFG KVTEETVYTC TG HPLKSDI ANILDWMLNQ DFTTAYRNIT ELKTLKGLAL HDILTEIHLF VHRVDFPSSV RIHLLTKMAD IEYRLSVGTN EKI QLSSLI AAFQVTRDLI VAEA

UniProtKB: Replication factor C subunit 5

+
分子 #4: Replication factor C subunit 4

分子名称: Replication factor C subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.735711 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MQAFLKGTSI STKPPLTKDR GVAASAGSSG ENKKAKPVPW VEKYRPKCVD EVAFQEEVVA VLKKSLEGAD LPNLLFYGPP GTGKTSTIL AAARELFGPE LFRLRVLELN ASDERGIQVV REKVKNFAQL TVSGSRSDGK PCPPFKIVIL DEADSMTSAA Q AALRRTME ...文字列:
MQAFLKGTSI STKPPLTKDR GVAASAGSSG ENKKAKPVPW VEKYRPKCVD EVAFQEEVVA VLKKSLEGAD LPNLLFYGPP GTGKTSTIL AAARELFGPE LFRLRVLELN ASDERGIQVV REKVKNFAQL TVSGSRSDGK PCPPFKIVIL DEADSMTSAA Q AALRRTME KESKTTRFCL ICNYVSRIIE PLTSRCSKFR FKPLSDKIQQ QRLLDIAKKE NVKISDEGIA YLVKVSEGDL RK AITFLQS ATRLTGGKEI TEKVITDIAG VIPAEKIDGV FAACQSGSFD KLEAVVKDLI DEGHAATQLV NQLHDVVVEN NLS DKQKSI ITEKLAEVDK CLADGADEHL QLISLCATVM QQLSQNC

UniProtKB: Replication factor C subunit 4

+
分子 #5: Replication factor C subunit 3

分子名称: Replication factor C subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.614332 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MSLWVDKYRP CSLGRLDYHK EQAAQLRNLV QCGDFPHLLV YGPSGAGKKT RIMCILRELY GVGVEKLRIE HQTITTPSKK KIEISTIAS NYHLEVNPSD AGNSDRVVIQ EMLKTVAQSQ QLETNSQRDF KVVLLTEVDK LTKDAQHALR RTMEKYMSTC R LILCCNST ...文字列:
MSLWVDKYRP CSLGRLDYHK EQAAQLRNLV QCGDFPHLLV YGPSGAGKKT RIMCILRELY GVGVEKLRIE HQTITTPSKK KIEISTIAS NYHLEVNPSD AGNSDRVVIQ EMLKTVAQSQ QLETNSQRDF KVVLLTEVDK LTKDAQHALR RTMEKYMSTC R LILCCNST SKVIPPIRSR CLAVRVPAPS IEDICHVLST VCKKEGLNLP SQLAHRLAEK SCRNLRKALL MCEACRVQQY PF TADQEIP ETDWEVYLRE TANAIVSQQT PQRLLEVRGR LYELLTHCIP PEIIMKGLLS ELLHNCDGQL KGEVAQMAAY YEH RLQLGS KAIYHLEAFV AKFMALYKKF MEDGLEGMMF

UniProtKB: Replication factor C subunit 3

+
分子 #6: Proliferating cell nuclear antigen

分子名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.795752 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MFEARLVQGS ILKKVLEALK DLINEACWDI SSSGVNLQSM DSSHVSLVQL TLRSEGFDTY RCDRNLAMGV NLTSMSKILK CAGNEDIIT LRAEDNADTL ALVFEAPNQE KVSDYEMKLM DLDVEQLGIP EQEYSCVVKM PSGEFARICR DLSHIGDAVV I SCAKDGVK ...文字列:
MFEARLVQGS ILKKVLEALK DLINEACWDI SSSGVNLQSM DSSHVSLVQL TLRSEGFDTY RCDRNLAMGV NLTSMSKILK CAGNEDIIT LRAEDNADTL ALVFEAPNQE KVSDYEMKLM DLDVEQLGIP EQEYSCVVKM PSGEFARICR DLSHIGDAVV I SCAKDGVK FSASGELGNG NIKLSQTSNV DKEEEAVTIE MNEPVQLTFA LRYLNFFTKA TPLSSTVTLS MSADVPLVVE YK IADMGHL KYYLAPKIED EEGS

UniProtKB: Proliferating cell nuclear antigen

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #8: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 232350
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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