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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42111 | |||||||||
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タイトル | Endogenous ligand bound FLVCR1 | |||||||||
マップデータ | Endogenous ligand bound FLVCR1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Choline / ethanolamine / membrane transport / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethanolamine transmembrane transporter activity / heme export / choline transmembrane transporter activity / heme transport / heme transmembrane transporter activity / embryonic skeletal system morphogenesis / choline transport / phospholipid biosynthetic process / regulation of organ growth / head morphogenesis ...ethanolamine transmembrane transporter activity / heme export / choline transmembrane transporter activity / heme transport / heme transmembrane transporter activity / embryonic skeletal system morphogenesis / choline transport / phospholipid biosynthetic process / regulation of organ growth / head morphogenesis / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / embryonic digit morphogenesis / mitochondrial transport / blood vessel development / erythrocyte maturation / spleen development / erythrocyte differentiation / Iron uptake and transport / multicellular organism growth / in utero embryonic development / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.42 Å | |||||||||
データ登録者 | Hite RK / Son Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Structural basis of lipid head group entry to the Kennedy pathway by FLVCR1. 著者: Yeeun Son / Timothy C Kenny / Artem Khan / Kıvanç Birsoy / Richard K Hite / 要旨: Phosphatidylcholine and phosphatidylethanolamine, the two most abundant phospholipids in mammalian cells, are synthesized de novo by the Kennedy pathway from choline and ethanolamine, respectively. ...Phosphatidylcholine and phosphatidylethanolamine, the two most abundant phospholipids in mammalian cells, are synthesized de novo by the Kennedy pathway from choline and ethanolamine, respectively. Despite the essential roles of these lipids, the mechanisms that enable the cellular uptake of choline and ethanolamine remain unknown. Here we show that the protein encoded by FLVCR1, whose mutation leads to the neurodegenerative syndrome posterior column ataxia and retinitis pigmentosa, transports extracellular choline and ethanolamine into cells for phosphorylation by downstream kinases to initiate the Kennedy pathway. Structures of FLVCR1 in the presence of choline and ethanolamine reveal that both metabolites bind to a common binding site comprising aromatic and polar residues. Despite binding to a common site, FLVCR1 interacts in different ways with the larger quaternary amine of choline in and with the primary amine of ethanolamine. Structure-guided mutagenesis identified residues that are crucial for the transport of ethanolamine, but dispensable for choline transport, enabling functional separation of the entry points into the two branches of the Kennedy pathway. Altogether, these studies reveal how FLVCR1 is a high-affinity metabolite transporter that serves as the common origin for phospholipid biosynthesis by two branches of the Kennedy pathway. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42111.map.gz | 108.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42111-v30.xml emd-42111.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42111_fsc.xml | 12.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42111.png | 138.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42111.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_42111_additional_1.map.gz emd_42111_half_map_1.map.gz emd_42111_half_map_2.map.gz | 5.6 MB 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42111 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42111 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42111_validation.pdf.gz | 853.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42111_full_validation.pdf.gz | 852.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42111_validation.xml.gz | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42111_validation.cif.gz | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42111 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42111 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42111.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Endogenous ligand bound FLVCR1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.725 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Density modified map
ファイル | emd_42111_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Density modified map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_42111_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_42111_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human FLVCR1
全体 | 名称: Human FLVCR1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human FLVCR1
超分子 | 名称: Human FLVCR1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Heme transporter FLVCR1
分子 | 名称: Heme transporter FLVCR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 59.899352 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MARPDDEEGA AVAPGHPLAK GYLPLPRGAP VGKESVELQN GPKAGTFPVN GAPRDSLAAA SGVLGGPQTP LAPEEETQAR LLPAGAGAE TPGAESSPLP LTALSPRRFV VLLIFSLYSL VNAFQWIQYS IISNVFEGFY GVTLLHIDWL SMVYMLAYVP L IFPATWLL ...文字列: MARPDDEEGA AVAPGHPLAK GYLPLPRGAP VGKESVELQN GPKAGTFPVN GAPRDSLAAA SGVLGGPQTP LAPEEETQAR LLPAGAGAE TPGAESSPLP LTALSPRRFV VLLIFSLYSL VNAFQWIQYS IISNVFEGFY GVTLLHIDWL SMVYMLAYVP L IFPATWLL DTRGLRLTAL LGSGLNCLGA WIKCGSVQQH LFWVTMLGQC LCSVAQVFIL GLPSRIASVW FGPKEVSTAC AT AVLGNQL GTAVGFLLPP VLVPNTQNDT NLLACNISTM FYGTSAVATL LFILTAIAFK EKPRYPPSQA QAALQDSPPE EYS YKKSIR NLFKNIPFVL LLITYGIMTG AFYSVSTLLN QMILTYYEGE EVNAGRIGLT LVVAGMVGSI LCGLWLDYTK TYKQ TTLIV YILSFIGMVI FTFTLDLRYI IIVFVTGGVL GFFMTGYLPL GFEFAVEITY PESEGTSSGL LNASAQIFGI LFTLA QGKL TSDYGPKAGN IFLCVWMFIG IILTALIKSD LRRHNINIGI TNVDVKAIPA DSPTDQEPKT VMLSKQSESA I UniProtKB: Choline/ethanolamine transporter FLVCR1 |
-分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 102 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6.0 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 0.01 % LMNG, 0.001 % CHS, 20 mM HEPES (pHed with KOH, pH 7.5), 150 mM KCl | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 53.98 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 当てはまり具合の基準: FSC 0.5 |
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得られたモデル | PDB-8uc0: |