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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42050 | |||||||||
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タイトル | Structure of eastern equine encephalitis virus VLP in complex with VLDLR LA1 | |||||||||
マップデータ | icosahedral asymmetrical unit subparticle map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Alphaviruses / Receptor / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 reelin receptor activity / VLDL clearance / glycoprotein transport / ventral spinal cord development / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / Reelin signalling pathway / very-low-density lipoprotein particle binding / reelin-mediated signaling pathway / low-density lipoprotein particle receptor activity / very-low-density lipoprotein particle clearance ...reelin receptor activity / VLDL clearance / glycoprotein transport / ventral spinal cord development / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / Reelin signalling pathway / very-low-density lipoprotein particle binding / reelin-mediated signaling pathway / low-density lipoprotein particle receptor activity / very-low-density lipoprotein particle clearance / togavirin / very-low-density lipoprotein particle / positive regulation of dendrite development / T=4 icosahedral viral capsid / dendrite morphogenesis / cargo receptor activity / lipid transport / apolipoprotein binding / clathrin-coated pit / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol metabolic process / receptor-mediated endocytosis / memory / symbiont-mediated suppression of host gene expression / calcium-dependent protein binding / nervous system development / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / receptor complex / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / signal transduction / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | |||||||||
データ登録者 | Abraham J / Yang P / Li W / Fan X / Pan J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis for VLDLR recognition by eastern equine encephalitis virus. 著者: Pan Yang / Wanyu Li / Xiaoyi Fan / Junhua Pan / Colin J Mann / Haley Varnum / Lars E Clark / Sarah A Clark / Adrian Coscia / Himanish Basu / Katherine Nabel Smith / Vesna Brusic / Jonathan Abraham / 要旨: Eastern equine encephalitis virus (EEEV) is the most virulent alphavirus that infects humans, and many survivors develop neurological sequelae, including paralysis and intellectual disability. ...Eastern equine encephalitis virus (EEEV) is the most virulent alphavirus that infects humans, and many survivors develop neurological sequelae, including paralysis and intellectual disability. Alphavirus spike proteins comprise trimers of heterodimers of glycoproteins E2 and E1 that mediate binding to cellular receptors and fusion of virus and host cell membranes during entry. We recently identified very-low density lipoprotein receptor (VLDLR) and apolipoprotein E receptor 2 (ApoER2) as cellular receptors for EEEV and a distantly related alphavirus, Semliki Forest virus (SFV). Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine structures of the EEEV and SFV spike glycoproteins bound to the VLDLR ligand-binding domain and found that EEEV and SFV interact with the same cellular receptor through divergent binding modes. Our studies suggest that the ability of LDLR-related proteins to interact with viral spike proteins through very small footprints with flexible binding modes results in a low evolutionary barrier to the acquisition of LDLR-related proteins as cellular receptors for diverse sets of viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42050.map.gz | 47.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42050-v30.xml emd-42050.xml | 27.6 KB 27.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_42050.png | 59.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42050.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_42050_additional_1.map.gz emd_42050_additional_2.map.gz emd_42050_half_map_1.map.gz emd_42050_half_map_2.map.gz | 48.5 MB 47.4 MB 47.4 MB 47.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42050 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42050_validation.pdf.gz | 796 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42050_full_validation.pdf.gz | 795.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42050_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42050_validation.cif.gz | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42050 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | icosahedral asymmetrical unit subparticle map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: sharpened icosahedral asymmetrical unit subparticle map focused on...
ファイル | emd_42050_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened icosahedral asymmetrical unit subparticle map focused on VLDLR for alignments | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: sharpened icosahedral asymmetrical unit subparticle map
ファイル | emd_42050_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened icosahedral asymmetrical unit subparticle map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_42050_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_42050_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Eastern equine encephalitis virus
+超分子 #1: Eastern equine encephalitis virus
+超分子 #2: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E1
+超分子 #3: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E2
+超分子 #4: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E3
+超分子 #5: EEEV strain PE6 mature capsid protein
+超分子 #6: VLDLR
+分子 #1: Envelope glycoprotein E1
+分子 #2: Envelope glycoprotein E2
+分子 #3: Capsid protein
+分子 #4: Envelope glycoprotein E3
+分子 #5: Very low-density lipoprotein receptor
+分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #7: CALCIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 185420 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |