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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41894 | |||||||||
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タイトル | Structure of tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR / chemokine receptor / tetramer / oligomer / antibody / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus / telencephalon cell migration / C-X-C chemokine receptor activity ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus / telencephalon cell migration / C-X-C chemokine receptor activity / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / positive regulation of vasculature development / regulation of programmed cell death / endothelial tube morphogenesis / endothelial cell differentiation / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / : / positive regulation of dendrite extension / Formation of definitive endoderm / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / cell leading edge / epithelial cell development / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of calcium ion transport / small molecule binding / Binding and entry of HIV virion / regulation of cell adhesion / coreceptor activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cardiac muscle contraction / neurogenesis / cell chemotaxis / ubiquitin binding / response to activity / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / neuron migration / response to virus / brain development / cellular response to xenobiotic stimulus / late endosome / virus receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / actin binding / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / lysosome / early endosome / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Saotome K / McGoldrick LL / Franklin MC | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: Structural insights into CXCR4 modulation and oligomerization 著者: Saotome K / McGoldrick LL / Ho J / Ramlall T / Shah S / Moore MJ / Kim JH / Leidich R / Olson WC / Franklin MC | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41894.map.gz | 167.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41894-v30.xml emd-41894.xml | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41894.png | 151.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41894.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_41894_half_map_1.map.gz emd_41894_half_map_2.map.gz | 164.7 MB 164.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41894 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41894 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41894_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41894_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41894_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41894_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41894 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41894 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8u4tMC 8u4nC 8u4oC 8u4pC 8u4qC 8u4rC 8u4sC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41894.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41894_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41894_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab
全体 | 名称: Tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab
超分子 | 名称: Tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: REGN7663 Fab light chain
分子 | 名称: REGN7663 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.185904 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: DVVMTQSPLS LPVTLGQPAS ISCRSSQSLV YTDGNTYLNW FQQRPGQSPR RLIYKVSNRD SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG FYYCMQNTHW PLTFGGGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列: DVVMTQSPLS LPVTLGQPAS ISCRSSQSLV YTDGNTYLNW FQQRPGQSPR RLIYKVSNRD SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG FYYCMQNTHW PLTFGGGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C |
-分子 #2: REGN7663 Fab heavy chain
分子 | 名称: REGN7663 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.799934 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYGISWVRQA PGQGIEWMGW ISTYNGNRNY AQKVQGRVTM TTDRSTSTAY MDLRSLRSD DTAVYYCARH GITGARNYYY HYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP CSRSTSESTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYGISWVRQA PGQGIEWMGW ISTYNGNRNY AQKVQGRVTM TTDRSTSTAY MDLRSLRSD DTAVYYCARH GITGARNYYY HYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP CSRSTSESTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTKTYT CNVDHKPSNT KVDKRVESKY GPPCPPCPAP PV |
-分子 #3: C-X-C chemokine receptor type 4
分子 | 名称: C-X-C chemokine receptor type 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 71.063609 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFAGAPE GISIYTSDNY TEEMGSGDYD SMKEPCFREE NANFNKIFLP TIYSIIFLTG IVGNGLVILV MGYQKKLRS MTDKYRLHLS VADLLFVITL PFWAVDAVAN WYFGNFLCKA VHVIYTVSLY SSVLILAFIS LDRYLAIVHA T NSQRPRKL ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFAGAPE GISIYTSDNY TEEMGSGDYD SMKEPCFREE NANFNKIFLP TIYSIIFLTG IVGNGLVILV MGYQKKLRS MTDKYRLHLS VADLLFVITL PFWAVDAVAN WYFGNFLCKA VHVIYTVSLY SSVLILAFIS LDRYLAIVHA T NSQRPRKL LAEKVVYVGV WIPALLLTIP DFIFANVSEA DDRYICDRFY PNDLWVVVFQ FQHIMVGLIL PGIVILSCYC II ISKLSHS KGHQKRKALK TTVILILAFF ACWLPYYIGI SIDSFILLEI IKQGCEFENT VHKWISITEA LAFFHCCLNP ILY AFLGAK FKTSAQHALT SVSRGSSLKI LSKGKRGGHS SVSTESESSS FHSSGRPLEV LFQGPGGGGS VSKGEELFTG VVPI LVELD GDVNGHKFSV SGEGEGDATY GKLTLKFICT TGKLPVPWPT LVTTLTYGVQ CFSRYPDHMK QHDFFKSAMP EGYVQ ERTI FFKDDGNYKT RAEVKFEGDT LVNRIELKGI DFKEDGNILG HKLEYNYNSH NVYIMADKQK NGIKVNFKIR HNIEDG SVQ LADHYQQNTP IGDGPVLLPD NHYLSTQSKL SKDPNEKRDH MVLLEFVTAA GITLGMDELY KDYKDDDDK UniProtKB: C-X-C chemokine receptor type 4 |
-分子 #4: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 16 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #5: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec...
分子 | 名称: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: D21 |
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分子量 | 理論値: 674.929 Da |
Chemical component information | ChemComp-D21: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31775 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |