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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4189 | |||||||||
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タイトル | Structure of deformed wing virus carrying the GFP gene | |||||||||
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![]() | Deformed wing virus / Picornavirales / Iflaviridae / Iflavirus / viral protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell membrane / viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis ...host cell membrane / viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Skubnik K / Plevka P | |||||||||
資金援助 | 2件
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![]() | ![]() タイトル: Virion structures and genome delivery of honeybee viruses. 著者: Michaela Procházková / Karel Škubník / Tibor Füzik / Liya Mukhamedova / Antonín Přidal / Pavel Plevka / ![]() 要旨: The western honeybee is the primary pollinator of numerous food crops. Furthermore, honeybees are essential for ecosystem stability by sustaining the diversity and abundance of wild flowering plants. ...The western honeybee is the primary pollinator of numerous food crops. Furthermore, honeybees are essential for ecosystem stability by sustaining the diversity and abundance of wild flowering plants. However, the worldwide population of honeybees is under pressure from environmental stress and pathogens. Viruses from the families Iflaviridae and Dicistroviridae, together with their vector, the parasitic mite Varroa destructor, are the major threat to the world's honeybees. Dicistroviruses and iflaviruses have capsids with icosahedral symmetries. Acidic pH triggers the genome release of both dicistroviruses and iflaviruses. The capsids of iflaviruses expand, whereas those of dicistroviruses remain compact until the genome release. Furthermore, dicistroviruses use inner capsid proteins, whereas iflaviruses employ protruding domains or minor capsid proteins from the virion surface to penetrate membranes and deliver their genomes into the cell cytoplasm. The structural characterization of the infection process opens up possibilities for the development of antiviral compounds. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 62.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 253.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 305.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 305.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.063 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Deformed wing virus
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Deformed wing virus
超分子 | 名称: Deformed wing virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Virus was purified from honeybee pupae. / NCBI-ID: 198112 / 生物種: Deformed wing virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 390.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 28.679273 KDa |
配列 | 文字列: GEESRNTTVL DTTTTLQSSG FGRAFFGEAF NDLKTLMRRY QLYGQLLLSV TTDKDIDHCM FTFPCLPQGL ALDIGSAGSP HEIFNRCRD GIIPLIASGY RFYRGDLRYK IVFPSNVNSN IWVQHRPDRR LEGWSAAKIV NCDAVSTGQG VYNHGYASHI Q ITRVNNVI ...文字列: GEESRNTTVL DTTTTLQSSG FGRAFFGEAF NDLKTLMRRY QLYGQLLLSV TTDKDIDHCM FTFPCLPQGL ALDIGSAGSP HEIFNRCRD GIIPLIASGY RFYRGDLRYK IVFPSNVNSN IWVQHRPDRR LEGWSAAKIV NCDAVSTGQG VYNHGYASHI Q ITRVNNVI ELEVPFYNAT CYNYLQAFNA SSAASSYAVS LGEISVGFQA TSDDIASIVN KPVTIYYSIG DGMQFSQWVG YQ PMMILDQ LPAPVVRAVP E UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 28.3609 KDa |
配列 | 文字列: MDNPNPGPDG EGEVELEKDS NVVLTTQRDP STSIPAPVSV KWSRWTSNDV VDDYATITSR WYQIAEFVWS KDDPFDKELA RLILPRALL SSIEANSDAI CDVPNTIPFK VHAYWRGDME VRVQINSNKF QVGQLQATWY YSDHENLNIS SKRSVYGFSQ M DHALISAS ...文字列: MDNPNPGPDG EGEVELEKDS NVVLTTQRDP STSIPAPVSV KWSRWTSNDV VDDYATITSR WYQIAEFVWS KDDPFDKELA RLILPRALL SSIEANSDAI CDVPNTIPFK VHAYWRGDME VRVQINSNKF QVGQLQATWY YSDHENLNIS SKRSVYGFSQ M DHALISAS ASNEAKLVIP FKHVYPFLPT RIVPDWTTGI LDMGALNIRV IAPLRMSATG PTTCNVVVFI KLNNSEFTGT SS GKFYASQ IRAKPE UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 46.697582 KDa |
配列 | 文字列: DNPSYQQSPR HFVPTGMHSL ALGTNLVEPL HALRLDAAGT TQHPVGCAPD EDMTVSSIAS RYGLIRRVQW KKDHAKGSLL LQLDADPFV EQRIEGTNPI SLYWFAPVGV VSSMFMQWRG SLEYRFDIIA SQFHTGRLIV GYVPGLTASL QLQMDYMKLK S SSYVVFDL ...文字列: DNPSYQQSPR HFVPTGMHSL ALGTNLVEPL HALRLDAAGT TQHPVGCAPD EDMTVSSIAS RYGLIRRVQW KKDHAKGSLL LQLDADPFV EQRIEGTNPI SLYWFAPVGV VSSMFMQWRG SLEYRFDIIA SQFHTGRLIV GYVPGLTASL QLQMDYMKLK S SSYVVFDL QESNSFTFEV PYVSYRPWWV RKYGGNYLPS STDAPSTLFM YVQVPLIPME AVSDTIDINV YVRGGSSFEV CV PVQPSLG LNWNTDFILR NDEEYRAKTG YAPYYAGVWH SFNNSNSLVF RWGSASDQIA QWPTISVPRG ELAFLRIKDG KQA AVGTQP WRTMVVWPSG HGYNIGIPTY NAERARQLAQ HLYGGGSLTD EKAKQLFVPA NQQGPGKVSN GNPVWEVMRA PLAT QRAHI QDFEFIEAIP E UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Dulbeccos Phosphate Buffered Saline D8537 sigma aldrich |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: NITROGEN / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Virus was dissolved in PBS buffer. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-16 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 21.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 74235 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | ![]() PDB-6f5j: |