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- EMDB-41704: E. coli ExoVII(H238A) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41704
タイトルE. coli ExoVII(H238A)
マップデータ
試料
  • 複合体: XseA4-XseB24 complex of ExoVII
    • タンパク質・ペプチド: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit
    • タンパク質・ペプチド: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
キーワードExonuclease / Endonuclease / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease VII / exodeoxyribonuclease VII activity / exodeoxyribonuclease VII complex / DNA catabolic process / mismatch repair / DNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Exonuclease VII, large subunit / Exonuclease VII, large subunit, C-terminal / OB-fold nucleic acid binding domain / Exonuclease VII, large subunit / OB-fold nucleic acid binding domain / Exonuclease VII, small subunit / Exonuclease VII, small subunit superfamily / Exonuclease VII small subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Exodeoxyribonuclease 7 large subunit / Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Liu C / Berger JM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA263778 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure of exonuclease VII.
著者: Chuan Liu / Glenn Hauk / Qianyun Yan / James M Berger /
要旨: Exonuclease VII (ExoVII) is a ubiquitous bacterial nuclease. Encoded by the and genes, ExoVII participates in multiple nucleic acid-dependent pathways including the processing of multicopy single- ...Exonuclease VII (ExoVII) is a ubiquitous bacterial nuclease. Encoded by the and genes, ExoVII participates in multiple nucleic acid-dependent pathways including the processing of multicopy single-stranded DNA and the repair of covalent DNA-protein crosslinks (DPCs). Although many biochemical properties of ExoVII have been defined, little is known about its structure/function relationships. Here, we use cryoelectron microscopy (cryoEM) to determine that ExoVII comprises a highly elongated XseA·XseB holo-complex. Each XseA subunit dimerizes through a central extended α-helical segment decorated by six XseB subunits and a C-terminal, domain-swapped β-barrel element; two XseA·XseB subcomplexes further associate using N-terminal OB (oligonucleotide/oligosaccharide-binding) folds and catalytic domains to form a spindle-shaped, catenated octaicosamer. The catalytic domains of XseA, which adopt a nuclease fold related to 3-dehydroquinate dehydratases, are sequestered in the center of the complex and accessible only through large pores formed between XseA tetramers. The architectural organization of ExoVII, combined with biochemical studies, indicate that substrate selectivity is controlled by steric access to its nuclease elements and that tetramer dissociation results from substrate DNA binding. Despite a lack of sequence and fold homology, the physical organization of ExoVII is reminiscent of Mre11·Rad50/SbcCD ATP (adenosine triphosphate)-dependent nucleases used in the repair of double-stranded DNA breaks, including those formed by DPCs through aberrant topoisomerase activity, suggesting that there may have been convergent evolutionary pressure to contend with such damage events.
履歴
登録2023年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年2月7日-
現状2024年2月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41704.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41704.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 590.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-0.39137733 - 23.96565
平均 (標準偏差)-0.05543507 (±0.21382311)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ537537537
Spacing537537537
セルA=B=C: 537.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : XseA4-XseB24 complex of ExoVII

全体名称: XseA4-XseB24 complex of ExoVII
要素
  • 複合体: XseA4-XseB24 complex of ExoVII
    • タンパク質・ペプチド: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit
    • タンパク質・ペプチド: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit

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超分子 #1: XseA4-XseB24 complex of ExoVII

超分子名称: XseA4-XseB24 complex of ExoVII / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 420 KDa

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分子 #1: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit

分子名称: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 51.840141 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MLPSQSPAIF TVSRLNQTVR LLLEHEMGQV WISGEISNFT QPASGHWYFT LKDDTAQVRC AMFRNSNRRV TFRPQHGQQV LVRANITLY EPRGDYQIIV ESMQPAGEGL LQQKYEQLKA KLQAEGLFDQ QYKKPLPSPA HCVGVITSKT GAALHDILHV L KRRDPSLP ...文字列:
MLPSQSPAIF TVSRLNQTVR LLLEHEMGQV WISGEISNFT QPASGHWYFT LKDDTAQVRC AMFRNSNRRV TFRPQHGQQV LVRANITLY EPRGDYQIIV ESMQPAGEGL LQQKYEQLKA KLQAEGLFDQ QYKKPLPSPA HCVGVITSKT GAALHDILHV L KRRDPSLP VIIYPAAVQG DDAPGQIVRA IELANQRNEC DVLIVGRGGG SLEDLWSFND ERVARAIFTS RIPVVSAVGA ET DVTIADF VADLRAPTPS AAAEVVSRNQ QELLRQVQST RQRLEMAMDY YLANRTRRFT QIHHRLQQQH PQLRLARQQT MLE RLQKRM SFALENQLKR TGQQQQRLTQ RLNQQNPQPK IHRAQTRIQQ LEYRLAETLR AQLSATRERF GNAVTHLEAV SPLS TLARG YSVTTATDGN VLKKVKQVKA GEMLTTRLED GWIESEVKNI QPVKKSRKKV H

UniProtKB: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit

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分子 #2: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit

分子名称: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.959877 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MPKKNEAPAS FEKALSELEQ IVTRLESGDL PLEEALNEFE RGVQLARQGQ AKLQQAEQRV QILLSDNEDA SLTPFTPDNE

UniProtKB: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 497337
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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