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- EMDB-41503: XptA2 wild type -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41503
タイトルXptA2 wild type
マップデータ
試料
  • 複合体: Pentameric assembly of the XptA2 TcA
    • タンパク質・ペプチド: XptA2
キーワードTcA / Insecticide / Translocase / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / TcA receptor binding domain / TcA receptor binding domain / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
A component of insecticidal toxin complex (Tc)
類似検索 - 構成要素
生物種Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Martin CL / Binshtein EM / Aller SG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01HL128203 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structures of the Insecticidal Toxin Complex Subunit XptA2 Highlight Roles for Flexible Domains.
著者: Cole L Martin / David W Chester / Christopher D Radka / Lurong Pan / Zhengrong Yang / Rachel C Hart / Elad M Binshtein / Zhao Wang / Lisa Nagy / Lawrence J DeLucas / Stephen G Aller /
要旨: The Toxin Complex (Tc) superfamily consists of toxin translocases that contribute to the targeting, delivery, and cytotoxicity of certain pathogenic Gram-negative bacteria. Membrane receptor ...The Toxin Complex (Tc) superfamily consists of toxin translocases that contribute to the targeting, delivery, and cytotoxicity of certain pathogenic Gram-negative bacteria. Membrane receptor targeting is driven by the A-subunit (TcA), which comprises IgG-like receptor binding domains (RBDs) at the surface. To better understand XptA2, an insect specific TcA secreted by the symbiont from the intestine of entomopathogenic nematodes, we determined structures by X-ray crystallography and cryo-EM. Contrary to a previous report, XptA2 is pentameric. RBD-B exhibits an indentation from crystal packing that indicates loose association with the shell and a hotspot for possible receptor binding or a trigger for conformational dynamics. A two-fragment XptA2 lacking an intact linker achieved the folded pre-pore state like wild type (wt), revealing no requirement of the linker for protein folding. The linker is disordered in all structures, and we propose it plays a role in dynamics downstream of the initial pre-pore state.
履歴
登録2023年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41503.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 169.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.268 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.09884512 - 0.21709806
平均 (標準偏差)-0.00008070155 (±0.006591217)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ354354354
Spacing354354354
セルA=B=C: 448.872 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41503_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41503_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pentameric assembly of the XptA2 TcA

全体名称: Pentameric assembly of the XptA2 TcA
要素
  • 複合体: Pentameric assembly of the XptA2 TcA
    • タンパク質・ペプチド: XptA2

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超分子 #1: Pentameric assembly of the XptA2 TcA

超分子名称: Pentameric assembly of the XptA2 TcA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: This is a Protein toxin that is secreted in bacteria. I assume the best category to pick from is Organelle or Cellular Component
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
分子量理論値: 1.4 MDa

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分子 #1: XptA2

分子名称: XptA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
分子量理論値: 284.392188 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MYSTAVLLNK ISPTRDGQTM TLADLQYLSF SELRKIFDDQ LSWGEARHLY HETIEQKKNN RLLEARIFTR ANPQLSGAIR LGIERDSVS RSYDEMFGAR SSSFVKPGSV ASMFSPAGYL TELYREAKDL HFSSSAYHLD NRRPDLADLT LSQSNMDTEI S TLTLSNEL ...文字列:
MYSTAVLLNK ISPTRDGQTM TLADLQYLSF SELRKIFDDQ LSWGEARHLY HETIEQKKNN RLLEARIFTR ANPQLSGAIR LGIERDSVS RSYDEMFGAR SSSFVKPGSV ASMFSPAGYL TELYREAKDL HFSSSAYHLD NRRPDLADLT LSQSNMDTEI S TLTLSNEL LLEHITRKTG GDSDALMESL STYRQAIDTP YHQPYETIRQ VIMTHDSTLS ALSRNPEVMG QAEGASLLAI LA NISPELY NILTEEITEK NADALFAQNF SENITPENFA SQSWIAKYYG LELSEVQKYL GMLQNGYSDS TSAYVDNIST GLV VNNESK LEAYKITRVK TDDYDKNINY FDLMYEGNNQ FFIRANFKVS REFGATLRKN AGPSGIVGSL SGPLIANTNF KSNY LSNIS DSEYKNGVKI YAYRYTSSTS ATNQGGGIFT FESYPLTIFA LKLNKAIRLC LTSGLSPNEL QTIVRSDNAQ GIIND SVLT KVFYTLFYSH RYALSFDDAQ VLNGSVINQY ADDDSVSHFN RLFNTPPLKG KIFEADGNTV SIDPDEEQST FARSAL MRG LGVNSGELYQ LGKLAGVLDA QNTITLSVFV ISSLYRLTLL ARVHQLTVNE LCMLYGLSPF NGKTTASLSS GELPRLV IW LYQVTQWLTE AEITTEAIWL LCTPEFSGNI SPEISNLLNN LRPSISEDMA QSHNRELQAE ILAPFIAATL HLASPDMA R YILLWTDNLR PGGLDIAGFM TLVLKESLNA NETTQLVQFC HVMAQLSLSV QTLRLSEAEL SVLVISGFAV LGAKNQPAG QHNIDTLFSL YRFHQWINGL GNPGSDTLDM LRQQTLTADR LASVMGLDIS MVTQAMVSAG VNQLQCWQDI NTVLQWIDVA SALHTMPSV IRTLVNIRYV TALNKAESNL PSWDEWQTLA ENMEAGLSTQ QAQTLADYTA ERLSSVLCNW FLANIQPEGV S LHSRDDLY SYFLIDNQVS SAIKTTRLAE AIAGIQLYIN RALNRIEPNA RADVSTRQFF TDWTVNNRYS TWGGVSRLVY YP ENYIDPT QRIGQTRMMD ELLENISQSK LSRDTVEDAF KTYLTRFETV ADLKVVSAYH DNVNSNTGLT WFVGQTRENL PEY YWRNVD ISRMQAGELA ANAWKEWTKI DTAVNPYKDA IRPVIFRERL HLIWVEKEEV AKNGTDPVET YDRFTLKLAF LRHD GSWSA PWSYDITTQV EAVTDKKPDT ERLALAASGF QGEDTLLVFV YKTGKSYSDF GGSNKNVAGM TIYGDGSFKK MENTA LSRY SQLKNTFDII HTQGNDLVRK ASYRFAQDFE VPASLNMGSA IGDDSLTVME NGNIPQITSK YSSDNLAITL HNAAFT VRY DGSGNVIRNK QISAMKLTGV DGKSQYGNAF IIANTVKHYG GYSDLGGPIT VYNKTKNYIA SVQGHLMNAD YTRRLIL TP VENNYYARLF EFPFSPNTIL NTVFTVGSNK TSDFKKCSYA VDGNNSQGFQ IFSSYQSSGW LDIDTGINNT DIKITVMA G SKTHTFTASD HIASLPANSF DAMPYTFKPL EIDASSLAFT NNIAPLDIVF ETKAKDGRVL GKIKQTLSVK RVNYNPEDI LFLRETHSGA QYMQLGVYRI RLNTLLASQL VSRANTGIDT ILTMETQRLP EPPLGEGFFA NFVLPKYDPA EHGDERWFKI HIGNVGGNT GRQPYYSGML SDTSETSMTL FVPYAEGYYM HEGVRLGVGY QKITYDNTWE SAFFYFDETK QQFVLINDAD H DSGMTQQG IVKNIKKYKG FLNVSIATGY SAPMDFNSAS ALYYWELFYY TPMMCFQRLL QEKQFDEATQ WINYVYNPAG YI VNGEIAP WIWNCRPLEE TTSWNANPLD AIDPDAVAQN DPMHYKIATF MRLLDQLILR GDMAYRELTR DALNEAKMWY VRT LELLGD EPEDYGSQQW AAPSLSGAAS QTVQAAYQQD LTMLGRGGVS KNLRTANSLV GLFLPEYNPA LTDYWQTLRL RLFN LRHNL SIDGQPLSLA IYAEPTDPKA LLTSMVQASQ GGSAVLPGTL SLYRFPVMLE RTRNLVAQLT QFGTSLLSMA EHDDA DELT TLLLQQGMEL ATQSIRIQQR TVDEVDADIA VLAESRRSAQ NRLEKYQQLY DEDINHGEQR AMSLLDAAAG QSLAGQ VLS IAEGVADLVP NVFGLACGGS RWGAALRASA SVMSLSATAS QYSADKISRS EAYRRRRQEW EIQRDNADGE VKQMDAQ LE SLKIRREAAQ MQVEYQETQQ AHTQAQLELL QRKFTNKALY SWMRGKLSAI YYQFFDLTQS FCLMAQEALR RELTDNGV T FIRGGAWNGT TAGLMAGETL LLNLAEMEKV WLERDERALE VTRTVSLAQF YQALSSDNFN LTEKLTQFLR EGKGNVGAS GNELKLSNRQ IEASVRLSDL KIFSDYPESL GNTRQLKQVS VTLPALVGPY EDIRAVLNYG GSIVMPRGCS AIALSHGVND SGQFMLDFN DSRYLPFEGI SVNDSGSLTL SFPDATDRQK ALLESLSDII LHIRYTIRS

UniProtKB: A component of insecticidal toxin complex (Tc)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 75.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 198591
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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