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万見
- EMDB-41443: Acinetobacter phage AP205 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41443
タイトルAcinetobacter phage AP205
マップデータmain map
試料
  • ウイルス: Acinetobacter phage AP205 (ファージ)
    • RNA: RNA (4269-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • タンパク質・ペプチド: Maturation protein
キーワードAcinetobacter / SsRNA phage virus / VIRUS / VIRUS-RNA complex
機能・相同性: / AP205 coat protein / Assembly protein / Phage maturation protein / virion attachment to host cell pilus / virion component / viral capsid / Coat protein / Maturation protein
機能・相同性情報
生物種Bacteria abnormis (昆虫) / Acinetobacter phage AP205 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Meng R / Xing Z / Chang J / Zhang J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01GM141659 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Acinetobacter type IV pili targeting by an RNA virus.
著者: Ran Meng / Zhongliang Xing / Jeng-Yih Chang / Zihao Yu / Jirapat Thongchol / Wen Xiao / Yuhang Wang / Karthik Chamakura / Zhiqi Zeng / Fengbin Wang / Ry Young / Lanying Zeng / Junjie Zhang /
要旨: Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. ...Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. Single-stranded RNA bacteriophages target the bacterial retractile pili, including type IV. Our study delves into the interaction between Acinetobacter phage AP205 and type IV pili. Using cryo-electron microscopy, we solve structures of the AP205 virion with an asymmetric dimer of maturation proteins, the native Acinetobacter type IV pili bearing a distinct post-translational pilin cleavage, and the pili-bound AP205 showing its maturation proteins adapted to pilin modifications, allowing each phage to bind to one or two pili. Leveraging these results, we develop a 20-kilodalton AP205-derived protein scaffold targeting type IV pili in situ, with potential for research and diagnostics.
履歴
登録2023年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41443.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41443.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 460 pix.
= 487.6 Å		1.06 Å/pix.
x 460 pix.
= 487.6 Å		1.06 Å/pix.
x 460 pix.
= 487.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.128
最小 - 最大-0.30823332 - 1.7096045
平均 (標準偏差)0.02108636 (±0.121311165)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 487.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map a

ファイルemd_41443_half_map_1.map
注釈half map a
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map b

ファイルemd_41443_half_map_2.map
注釈half map b
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Acinetobacter phage AP205

全体名称: Acinetobacter phage AP205 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Acinetobacter phage AP205 (ファージ)
    • RNA: RNA (4269-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • タンパク質・ペプチド: Maturation protein

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超分子 #1: Acinetobacter phage AP205

超分子名称: Acinetobacter phage AP205 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3, #2
詳細: amplified and purified from infected Acinetobacter GP16 cells.
NCBI-ID: 154784 / 生物種: Acinetobacter phage AP205 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Acinetobacter genomosp. 16BJ (バクテリア)
分子量理論値: 3.94 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Coat / 直径: 290.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: RNA (4269-MER)

分子名称: RNA (4269-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: genomic RNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacteria abnormis (昆虫)
分子量理論値: 1.368509375 MDa
配列文字列: GGAGUGAACC CCGGAGGGGG UUCGCUGAAA GCCGAAUCGA AUUCGACUUU GCGUGAUUCA CAUCACGUCU UACUCACGAU ACUAGUACC GCGAGUUAUC UUGUGGUAAU UAAAAACUAC CAGGAGAUAA CUUUAUGAAG AAAAGGACAA AAGCCUUGCU U CCCUAUGC ...文字列:
GGAGUGAACC CCGGAGGGGG UUCGCUGAAA GCCGAAUCGA AUUCGACUUU GCGUGAUUCA CAUCACGUCU UACUCACGAU ACUAGUACC GCGAGUUAUC UUGUGGUAAU UAAAAACUAC CAGGAGAUAA CUUUAUGAAG AAAAGGACAA AAGCCUUGCU U CCCUAUGC GGUUUUCAUC AUACUCAGCU UUCAACUAAC AUUGUUGACU GCCUUGUUUA UGUAUUACCA UUAUACCUUU UA GGAGAUG GUGUCAUGAA CAUGUACAAA UGGGUACCUG AAAGUAUCCG CGAUUCUGGC GAGGGGCAAC CCUCUUAUUC AAA UAAUGG UGAUUAUGCA CCGAGCGGCC CUUGGGUUGC UGCGGGUAUU CAUACCAUGC CACAAUCGCU GCGGGAUUCC AUGA GAAAU UCUAUCAUGG UCACCGCGCA AGCUCGUCGU GAUGUCAUUG GCCCCGAAUG GGGCCCUGAC GGACGCUUUA CUGGA UAUG CUUCAGUGAU CGGGACACCU GAUCCUAAGC CUGCUGAUAU UGUGAACAAG UUUACAGUUG AACGCAGACC GGUCAG CAA CGGAAAUUUU CAACAGCGUG UGAAAGCUGG UGACAUUGUU GUUGCACCGU AUACCAGUGA UGGAAAGAUU ACUGUUA AA CUAGUCGCCG GUCAGAAGGA CAUUUCAAGU ACUCCUGAUU ACGAUUAUCG AAUUGACAGU AGUUUGGCGU CAUCCGCC G GAUUUGUUGU UGCUGGUGAA CGUUGGUAUU AUACCAAACG UCACUUCAUU AUCCCUCGUU ACUUCCAAAA CUGGCGCAU GCGCCGGCGU AAGUACGUAA CUGGUUGGGU AAUGCCAACG UUUUAUAGUC CGAAAGAGAU UUUUAAUCGC CUUAAGGAUU CGUUGGUAC CAGAUACUGG GUUAGUCACC CAAGUUUGGG CAGACAACAA CACAAAACGG AUGGAUUUCC UCACCGCUAU G GCUGAAAU CCCACAGACU CUCUCUUCUU UUCUCGAUGC GUUGGGUUAC CUCGGAUCGC UUAUUAAAGA UUUUAAACGU CG UCGCUUC UUUUUAAAUA AAGCGCAUCA ACGUAUCCGU AAUAAGCUCG GGGUGUCUUU CGCAGAAAGA AGAUCACAAA UUG UAUCUA AGUACGAUCG UAAGAUCGCA UCUGCCCGUA AGCCUGCAAU UAUUGUAAAA UUGCGGCAAC GGAAAGAAAA GGCC UUAAA AGCCCUAGAU AAAAUGCGUG UUCGAGAGGA AAAGAAAAUG AUACGUGAAU UUGCCACUCA GGCAGCCUCA CUAUG GCUU UCUUUUCGGU ACGAGAUCAU GCCGCUUUAU UAUCAAUCUC AGGACGUAUU GGACGUAAUU GCCAACUCGA CUUCUG AAU UUAUGACAUC GCGGGACUUU GUUGCUAAAG CAAUCAACAU UGGAAUUCCU UUGGAAUGGA AUCUUGAUCA AGAAAAC UU GGUUUCUCAA CCGAGACACA AUGUGAUGGU UAAAUCAAAA UUGUCACCCG AAAACAACAU CGGGAAGACU CUUUCAGU U AAUCCAUUUA CAACAGCUUG GGAGCUGUUG ACAUUGUCCU UCGUCGUCGA CUGGUUUGUC AACUUUGGUG ACGUCAUCG CAGGGUUUAC UGGCGGUUAC UCAGAUGAUU CUGGGGCAAC UGCUAGUUGG CGCUUUGAUG AUAAAAAGGU AUUCCACUUA AAGAAUAUC CCCUCAGCUA UGGUGAUCGU CGACAUUAAC UUCUACACCC GUCAGGUCAU UGACCCGCGG CUGUGCGGGG G GCUUGCUU UCUCCCCCAA ACUUAACCUU UUCCGGUAUC UUGACGCCAU GAGUUUAUCA UGGAAUCGAU CUCGUUUAAA GA UCAGUCG AGCUACUUGA CAAUUUUCUG CGCACCCAUC CCGGGUGGCG CCCAAAGUGA GGAAAAUCAC AUGGCAAAUA AGC CAAUGC AACCGAUCAC AUCUACAGCA AAUAAAAUUG UGUGGAGUGA UCCAACUCGU UUAUCAACUA CAUUUUCAGC AAGU CUGUU ACGCCAACGU GUUAAAGUUG GUAUAGCCGA ACUGAAUAAU GUUUCAGGUC AAUAUGUAUC UGUUUAUAAG CGUCC UGCA CCUAAACCGG AAGGUUGUGC AGAUGCCUGU GUCAUUAUGC CGAAUGAAAA CCAAUCCAUU CGCACAGUGA UUUCAG GGU CAGCCGAAAA CUUGGCUACC UUAAAAGCAG AAUGGGAAAC UCACAAACGU AACGUUGACA CACUCUUCGC GAGCGGC AA CGCCGGUUUG GGUUUCCUUG ACCCUACUGC GGCUAUCGUA UCGUCUGAUA CUACUGCUUA AGUGGUGAUU ACUGUGCC U AAAAGUCAAA AUAAACGACA AAUAAGACGC AGUUCUUCCG UUAAUUACAA GAAUAUCGUU AAAGCUUGCA AUGAUGCAA UGCUAAACGC UUGUGAUCAA CUGAAGUCCA CGAGUAUUCC UGCUUUCCAA UCAAACGUCC UUUCGGAUGU UCUUUCCCUC UCUGAUGCG GCCGACAUAA CAGUCAAGCA CCGAAUUGUU UCUAAAUUCG GCGAGCCUGC UGGGUCGAGC CUCCGCGACG U UGCUUUUA ACAAUUAUAA AUUGUUCGAA CAACAUCUUG GGAGCAUUCC UCAGAUUACU AAUCUGUGGC AGGAAGGAAA AG AGUUUUU CUUUUUGCGG AAAGCAAAGG CUAACUUGGG UAAAUGGUUA AAAACAUUUA AACUUGACUA UAAUUCUAUU ACA GUCGAG UUCACCCCAG GUGAGUCUUA UACCUCGGCC ACUGGGCACG UAUCGGUGUU UGCUAAGCUU UCCAACUUAG CUCA CUGGA CAUGCACUGC UGACGUCGUU GAUGAUGUUU GCCAUCUAGU GUAUUAUAAU CGCGGCCUAA AGGCUGCCGC UAGAA AACA CAUCGGUCUG AUGGUCCCAA UUGAGGGAGA GUCUGGGUUU GACACCUUUU CUCGCCACCU CAUGGGUGUU AUAUCC AUC GUUCCUGGGG CCCGCGGCGC AUCCGUGCCG AAGAACCAGG AAACGGACCG UUUUAUCGAC GUUGAACCCA CUUUCAA UA UGAUUCUCCA GCGUUGGGUA GCGGGCGAAA UUACUCGCUG CUUAACUUUA GCUAAGAAUC AUCUUGGCGC AUCACGGA A UAUUAACGGU AAAGUUGUAU UUCACGAUGC UCAAGAAUUG CACAAAGAAA UGAUCCGAGA UCUUUCUUAU GCUACUAUU GAUUUUUCAA ACGCUUCUGA UAGCGUCUUG CUGUGGGUGG UACAGCUUCU UUUUCCGAAG CAUGUAUCGU AUGUUUUGAC ACAGUAUCG UUCGUCGACU GUCCAACUCG GUUCAGAUCU UAUCGAACCG AAUAAACUUU CAAGUAUGGG AAAUGGUUUU A CUUUUGAA GUAAUGACCC UCCUCUUACU GUCGAUAGGU AGAAUCUUUG AUCCUACCUG CCGGGUUUAC GGAGAUGAUG UU AUCAUCA AAGCAGAAGU AGCCGACGAU UUCAUCAACA CUGUGUCAUC CAUUGCCUUC AUGACGAACA AUAAGAAGAC CUU UUUGAA GGGUCUCUUU CGUGAAUCAU GCGGUGCUUU CCAAUUUGAC ACAUUUGACA UCCAGUCAUU UGAGUUCGAA UGGG CUGAU AAUUUUACUG ACGUUAUUGC GAUCUGCAAC AAACUGAAGU UAAUUAUCGA CGCUGCUCAA UGCAACGAAG CAGUA AUAG CAAUAUUACG CAAUGCGCAU ACCGUCAUCU GUGAAUGCAU CCCUGUUCUU UGCAAGGGAC CGCAGCCGCC UGAUUU CAA CCUCUUUUUA UCUCAAUAUG UUUAUGAUGA UAAUUGGAAG AAGAAACAGA UGAAAUCUGA UUUAGCCAUA ACUAAGC UA AAUAGACUCG UUGAUAAACA AUGGGGUUUC UUUUCAGCUA CACAUCAUCA CCCUGAGGAA UUAUGUUACG UAAACAUU C CUGUUUACGU CCCUCGUCGU GAUUCUGUUC AUGCUGGCCA GAAUCUUUUC GUUGACCUUU CAAAUCUUUA CGCUUUACG UUUUACCAAA UCAACGGUAA GAGGUAAAGG UAAAUGGGUC AAUGUUCCCC ACUGGGUUAC ACCGGUUGGU UCAAUUUAUC GUGCUUCCC GUAUCAGACA GCAAUACCCU AACAUAGGGG AAUUGCCUAC CUGCUACUGG UCACCACAUC AGUUGGACUU G AUCACCUC CUAAUAAAUC UUUACGAUUU AUAAUAAUGG UAUGUACUAU GAGUAUGUAU GUAGGUUGAA AACCCUACCC GC UUAGGAU UGCUUAGCAG UCCUUCCCGG CA

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分子 #2: Maturation protein

分子名称: Maturation protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter phage AP205 (ファージ)
分子量理論値: 61.063852 KDa
配列文字列: MNMYKWVPES IRDSGEGQPS YSNNGDYAPS GPWVAAGIHT MPQSLRDSMR NSIMVTAQAR RDVIGPEWGP DGRFTGYASV IGTPDPKPA DIVNKFTVER RPVSNGNFQQ RVKAGDIVVA PYTSDGKITV KLVAGQKDIS STPDYDYRID SSLASSAGFV V AGERWYYT ...文字列:
MNMYKWVPES IRDSGEGQPS YSNNGDYAPS GPWVAAGIHT MPQSLRDSMR NSIMVTAQAR RDVIGPEWGP DGRFTGYASV IGTPDPKPA DIVNKFTVER RPVSNGNFQQ RVKAGDIVVA PYTSDGKITV KLVAGQKDIS STPDYDYRID SSLASSAGFV V AGERWYYT KRHFIIPRYF QNWRMRRRKY VTGWVMPTFY SPKEIFNRLK DSLVPDTGLV TQVWADNNTK RMDFLTAMAE IP QTLSSFL DALGYLGSLI KDFKRRRFFL NKAHQRIRNK LGVSFAERRS QIVSKYDRKI ASARKPAIIV KLRQRKEKAL KAL DKMRVR EEKKMIREFA TQAASLWLSF RYEIMPLYYQ SQDVLDVIAN STSEFMTSRD FVAKAINIGI PLEWNLDQEN LVSQ PRHNV MVKSKLSPEN NIGKTLSVNP FTTAWELLTL SFVVDWFVNF GDVIAGFTGG YSDDSGATAS WRFDDKKVFH LKNIP SAMV IVDINFYTRQ VIDPRLCGGL AFSPKLNLFR YLDAMSLSWN RSRLKISRAT

UniProtKB: Maturation protein

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分子 #3: Coat protein

分子名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 178 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter phage AP205 (ファージ)
分子量理論値: 13.820569 KDa
配列文字列:
ANKPMQPITS TANKIVWSDP TRLSTTFSAS LLRQRVKVGI AELNNVSGQY VSVYKRPAPK PEGCADACVI MPNENQSIRT VISGSAENL ATLKAEWETH KRNVDTLFAS GNAGLGFLDP TAAIVSSDTT

UniProtKB: Coat protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HClTris (hydroxymethyl) aminomethane (THAM) hydrochloride
150.0 mMNaClsodium chloride

詳細: 20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, pH 8.0
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 100 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: 3uL sample applied to a 300-mesh 2/1 copper grid.
詳細AP205 virion particle

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 150000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8toc:
Acinetobacter phage AP205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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