[日本語] English
万見
- EMDB-41299: Structural basis of peptidoglycan synthesis by E. coli RodA-PBP2 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41299
タイトルStructural basis of peptidoglycan synthesis by E. coli RodA-PBP2 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: RodA-PBP2
    • タンパク質・ペプチド: Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB
    • タンパク質・ペプチド: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
キーワードPeptidoglycan / glycosyltransferase / enzyme / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-linked peptidoglycan transporter activity / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / cell division site / glycosyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process ...lipid-linked peptidoglycan transporter activity / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / cell division site / glycosyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Probable peptidoglycan glycosyltransferase RodA/MrdB / Cell cycle, FtsW / RodA / SpoVE, conserved site / Cell cycle proteins ftsW / rodA / spoVE signature. / Penicillin-binding protein 2 / Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : ...Probable peptidoglycan glycosyltransferase RodA/MrdB / Cell cycle, FtsW / RodA / SpoVE, conserved site / Cell cycle proteins ftsW / rodA / spoVE signature. / Penicillin-binding protein 2 / Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB / Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Nygaard R / Mancia F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM132120 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of peptidoglycan synthesis by E. coli RodA-PBP2 complex.
著者: Rie Nygaard / Chris L B Graham / Meagan Belcher Dufrisne / Jonathan D Colburn / Joseph Pepe / Molly A Hydorn / Silvia Corradi / Chelsea M Brown / Khuram U Ashraf / Owen N Vickery / Nicholas S ...著者: Rie Nygaard / Chris L B Graham / Meagan Belcher Dufrisne / Jonathan D Colburn / Joseph Pepe / Molly A Hydorn / Silvia Corradi / Chelsea M Brown / Khuram U Ashraf / Owen N Vickery / Nicholas S Briggs / John J Deering / Brian Kloss / Bruno Botta / Oliver B Clarke / Linda Columbus / Jonathan Dworkin / Phillip J Stansfeld / David I Roper / Filippo Mancia /
要旨: Peptidoglycan (PG) is an essential structural component of the bacterial cell wall that is synthetized during cell division and elongation. PG forms an extracellular polymer crucial for cellular ...Peptidoglycan (PG) is an essential structural component of the bacterial cell wall that is synthetized during cell division and elongation. PG forms an extracellular polymer crucial for cellular viability, the synthesis of which is the target of many antibiotics. PG assembly requires a glycosyltransferase (GT) to generate a glycan polymer using a Lipid II substrate, which is then crosslinked to the existing PG via a transpeptidase (TP) reaction. A Shape, Elongation, Division and Sporulation (SEDS) GT enzyme and a Class B Penicillin Binding Protein (PBP) form the core of the multi-protein complex required for PG assembly. Here we used single particle cryo-electron microscopy to determine the structure of a cell elongation-specific E. coli RodA-PBP2 complex. We combine this information with biochemical, genetic, spectroscopic, and computational analyses to identify the Lipid II binding sites and propose a mechanism for Lipid II polymerization. Our data suggest a hypothesis for the movement of the glycan strand from the Lipid II polymerization site of RodA towards the TP site of PBP2, functionally linking these two central enzymatic activities required for cell wall peptidoglycan biosynthesis.
履歴
登録2023年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_41299.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41299.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.043
最小 - 最大-0.16517833 - 0.8442311
平均 (標準偏差)0.00046289113 (±0.00810673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : RodA-PBP2

全体名称: RodA-PBP2
要素
  • 複合体: RodA-PBP2
    • タンパク質・ペプチド: Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB
    • タンパク質・ペプチド: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

-
超分子 #1: RodA-PBP2

超分子名称: RodA-PBP2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Nanodisc were formed using MSP1E3D1 and POPG lipid
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 111.803 KDa

-
分子 #1: Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB

分子名称: Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 40.508766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTDNPNKKTF WDKVHLDPTM LLILLALLVY SALVIWSASG QDIGMMERKI GQIAMGLVIM VVMAQIPPRV YEGWAPYLYI ICIILLVAV DAFGAISKGA QRWLDLGIVR FQPSEIAKIA VPLMVARFIN RDVCPPSLKN TGIALVLIFM PTLLVAAQPD L GTSILVAL ...文字列:
MTDNPNKKTF WDKVHLDPTM LLILLALLVY SALVIWSASG QDIGMMERKI GQIAMGLVIM VVMAQIPPRV YEGWAPYLYI ICIILLVAV DAFGAISKGA QRWLDLGIVR FQPSEIAKIA VPLMVARFIN RDVCPPSLKN TGIALVLIFM PTLLVAAQPD L GTSILVAL SGLFVLFLSG LSWRLIGVAV VLVAAFIPIL WFFLMHDYQR QRVMMLLDPE SDPLGAGYHI IQSKIAIGSG GL RGKGWLH GTQSQLEFLP ERHTDFIFAV LAEELGLVGI LILLALYILL IMRGLWIAAR AQTTFGRVMA GGLMLILFVY VFV NIGMVS GILPVVGVPL PLVSYGGSAL IVLMAGFGIV MSIHTHRKML SKSV

UniProtKB: Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB

-
分子 #2: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

分子名称: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 70.943414 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKLQNSFRDY TAESALFVRR ALVAFLGILL LTGVLIANLY NLQIVRFTDY QTRSNENRIK LVPIAPSRGI IYDRNGIPLA LNRTIYQIE MMPEKVDNVQ QTLDALRSVV DLTDDDIAAF RKERARSHRF TSIPVKTNLT EVQVARFAVN QYRFPGVEVK G YKRRYYPY ...文字列:
MKLQNSFRDY TAESALFVRR ALVAFLGILL LTGVLIANLY NLQIVRFTDY QTRSNENRIK LVPIAPSRGI IYDRNGIPLA LNRTIYQIE MMPEKVDNVQ QTLDALRSVV DLTDDDIAAF RKERARSHRF TSIPVKTNLT EVQVARFAVN QYRFPGVEVK G YKRRYYPY GSALTHVIGY VSKINDKDVE RLNNDGKLAN YAATHDIGKL GIERYYEDVL HGQTGYEEVE VNNRGRVIRQ LK EVPPQAG HDIYLTLDLK LQQYIETLLA GSRAAVVVTD PRTGGVLALV STPSYDPNLF VDGISSKDYS ALLNDPNTPL VNR ATQGVY PPASTVKPYV AVSALSAGVI TRNTTLFDPG WWQLPGSEKR YRDWKKWGHG RLNVTRSLEE SADTFFYQVA YDMG IDRLS EWMGKFGYGH YTGIDLAEER SGNMPTREWK QKRFKKPWYQ GDTIPVGIGQ GYWTATPIQM SKALMILIND GIVKV PHLL MSTAEDGKQV PWVQPHEPPV GDIHSGYWEL AKDGMYGVAN RPNGTAHKYF ASAPYKIAAK SGTAQVFGLK ANETYN AHK IAERLRDHKL MTAFAPYNNP QVAVAMILEN GGAGPAVGTL MRQILDHIML GDNNTDLPAE NPAVAAAEDH

UniProtKB: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.66 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMSodium ChlorideNaCl
1.0 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11120 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 58.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 4415933
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12 and 3.2) / ソフトウェア - 詳細: Local refinement / 使用した粒子像数: 399000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4f0a


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8tj3:
Structural basis of peptidoglycan synthesis by E. coli RodA-PBP2 complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る