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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structural basis of peptidoglycan synthesis by E. coli RodA-PBP2 complex | |||||||||
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![]() | Peptidoglycan / glycosyltransferase / enzyme / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() lipid-linked peptidoglycan transporter activity / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / cell division site / glycosyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process ...lipid-linked peptidoglycan transporter activity / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / cell division site / glycosyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / proteolysis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Nygaard R / Mancia F | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of peptidoglycan synthesis by E. coli RodA-PBP2 complex. 著者: Rie Nygaard / Chris L B Graham / Meagan Belcher Dufrisne / Jonathan D Colburn / Joseph Pepe / Molly A Hydorn / Silvia Corradi / Chelsea M Brown / Khuram U Ashraf / Owen N Vickery / Nicholas S ...著者: Rie Nygaard / Chris L B Graham / Meagan Belcher Dufrisne / Jonathan D Colburn / Joseph Pepe / Molly A Hydorn / Silvia Corradi / Chelsea M Brown / Khuram U Ashraf / Owen N Vickery / Nicholas S Briggs / John J Deering / Brian Kloss / Bruno Botta / Oliver B Clarke / Linda Columbus / Jonathan Dworkin / Phillip J Stansfeld / David I Roper / Filippo Mancia / ![]() ![]() ![]() 要旨: Peptidoglycan (PG) is an essential structural component of the bacterial cell wall that is synthetized during cell division and elongation. PG forms an extracellular polymer crucial for cellular ...Peptidoglycan (PG) is an essential structural component of the bacterial cell wall that is synthetized during cell division and elongation. PG forms an extracellular polymer crucial for cellular viability, the synthesis of which is the target of many antibiotics. PG assembly requires a glycosyltransferase (GT) to generate a glycan polymer using a Lipid II substrate, which is then crosslinked to the existing PG via a transpeptidase (TP) reaction. A Shape, Elongation, Division and Sporulation (SEDS) GT enzyme and a Class B Penicillin Binding Protein (PBP) form the core of the multi-protein complex required for PG assembly. Here we used single particle cryo-electron microscopy to determine the structure of a cell elongation-specific E. coli RodA-PBP2 complex. We combine this information with biochemical, genetic, spectroscopic, and computational analyses to identify the Lipid II binding sites and propose a mechanism for Lipid II polymerization. Our data suggest a hypothesis for the movement of the glycan strand from the Lipid II polymerization site of RodA towards the TP site of PBP2, functionally linking these two central enzymatic activities required for cell wall peptidoglycan biosynthesis. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 494.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 321.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 320.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tj3MC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : RodA-PBP2
全体 | 名称: RodA-PBP2 |
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要素 |
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-超分子 #1: RodA-PBP2
超分子 | 名称: RodA-PBP2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Nanodisc were formed using MSP1E3D1 and POPG lipid |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 111.803 KDa |
-分子 #1: Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB
分子 | 名称: Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 40.508766 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTDNPNKKTF WDKVHLDPTM LLILLALLVY SALVIWSASG QDIGMMERKI GQIAMGLVIM VVMAQIPPRV YEGWAPYLYI ICIILLVAV DAFGAISKGA QRWLDLGIVR FQPSEIAKIA VPLMVARFIN RDVCPPSLKN TGIALVLIFM PTLLVAAQPD L GTSILVAL ...文字列: MTDNPNKKTF WDKVHLDPTM LLILLALLVY SALVIWSASG QDIGMMERKI GQIAMGLVIM VVMAQIPPRV YEGWAPYLYI ICIILLVAV DAFGAISKGA QRWLDLGIVR FQPSEIAKIA VPLMVARFIN RDVCPPSLKN TGIALVLIFM PTLLVAAQPD L GTSILVAL SGLFVLFLSG LSWRLIGVAV VLVAAFIPIL WFFLMHDYQR QRVMMLLDPE SDPLGAGYHI IQSKIAIGSG GL RGKGWLH GTQSQLEFLP ERHTDFIFAV LAEELGLVGI LILLALYILL IMRGLWIAAR AQTTFGRVMA GGLMLILFVY VFV NIGMVS GILPVVGVPL PLVSYGGSAL IVLMAGFGIV MSIHTHRKML SKSV UniProtKB: Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB |
-分子 #2: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
分子 | 名称: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 70.943414 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKLQNSFRDY TAESALFVRR ALVAFLGILL LTGVLIANLY NLQIVRFTDY QTRSNENRIK LVPIAPSRGI IYDRNGIPLA LNRTIYQIE MMPEKVDNVQ QTLDALRSVV DLTDDDIAAF RKERARSHRF TSIPVKTNLT EVQVARFAVN QYRFPGVEVK G YKRRYYPY ...文字列: MKLQNSFRDY TAESALFVRR ALVAFLGILL LTGVLIANLY NLQIVRFTDY QTRSNENRIK LVPIAPSRGI IYDRNGIPLA LNRTIYQIE MMPEKVDNVQ QTLDALRSVV DLTDDDIAAF RKERARSHRF TSIPVKTNLT EVQVARFAVN QYRFPGVEVK G YKRRYYPY GSALTHVIGY VSKINDKDVE RLNNDGKLAN YAATHDIGKL GIERYYEDVL HGQTGYEEVE VNNRGRVIRQ LK EVPPQAG HDIYLTLDLK LQQYIETLLA GSRAAVVVTD PRTGGVLALV STPSYDPNLF VDGISSKDYS ALLNDPNTPL VNR ATQGVY PPASTVKPYV AVSALSAGVI TRNTTLFDPG WWQLPGSEKR YRDWKKWGHG RLNVTRSLEE SADTFFYQVA YDMG IDRLS EWMGKFGYGH YTGIDLAEER SGNMPTREWK QKRFKKPWYQ GDTIPVGIGQ GYWTATPIQM SKALMILIND GIVKV PHLL MSTAEDGKQV PWVQPHEPPV GDIHSGYWEL AKDGMYGVAN RPNGTAHKYF ASAPYKIAAK SGTAQVFGLK ANETYN AHK IAERLRDHKL MTAFAPYNNP QVAVAMILEN GGAGPAVGTL MRQILDHIML GDNNTDLPAE NPAVAAAEDH UniProtKB: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.66 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11120 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 58.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |