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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41254 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of the Saccharomyces cerevisiae clamp unloader Elg1-RFC bound to PCNA | ||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of closed PCNA clamp | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | DNA replication / DNA sliding clamp / PCNA clamp / clamp loader/unloader / Elg1-RFC unloader / REPLICATION | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 ...DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / DNA replication checkpoint signaling / PCNA complex / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / mismatch repair / translesion synthesis / DNA damage checkpoint signaling / DNA-templated DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zheng F / Yao YN / Georgescu R / O'Donnell ME / Li H | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Structure of the PCNA unloader Elg1-RFC. 著者: Fengwei Zheng / Nina Y Yao / Roxana E Georgescu / Huilin Li / Michael E O'Donnell / 要旨: During DNA replication, the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamps are loaded onto primed sites for each Okazaki fragment synthesis by the AAA heteropentamer replication factor C (RFC). ...During DNA replication, the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamps are loaded onto primed sites for each Okazaki fragment synthesis by the AAA heteropentamer replication factor C (RFC). PCNA encircling duplex DNA is quite stable and is removed from DNA by the dedicated clamp unloader Elg1-RFC. Here, we show the cryo-EM structure of Elg1-RFC in various states with PCNA. The structures reveal essential features of Elg1-RFC that explain how it is dedicated to PCNA unloading. Specifically, Elg1 contains two external loops that block opening of the Elg1-RFC complex for DNA binding, and an "Elg1 plug" domain that fills the central DNA binding chamber, thereby reinforcing the exclusive PCNA unloading activity of Elg1-RFC. Elg1-RFC was capable of unloading PCNA using non-hydrolyzable AMP-PNP. Both RFC and Elg1-RFC could remove PCNA from covalently closed circular DNA, indicating that PCNA unloading occurs by a mechanism that is distinct from PCNA loading. Implications for the PCNA unloading mechanism are discussed. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41254.map.gz | 267.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41254-v30.xml emd-41254.xml | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41254.png | 62.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41254.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_41254_half_map_1.map.gz emd_41254_half_map_2.map.gz | 262.4 MB 262.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41254 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41254 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41254_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41254_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41254_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41254_validation.cif.gz | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41254 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41254 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of closed PCNA clamp | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Cryo-EM map of closed PCNA clamp half-A
ファイル | emd_41254_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of closed PCNA clamp_half-A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM map of closed PCNA clamp half-B
ファイル | emd_41254_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of closed PCNA clamp_half-B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : PCNA clamp unloader Elg1-RFC
+超分子 #1: PCNA clamp unloader Elg1-RFC
+超分子 #2: PCNA clamp unloader Elg1-RFC
+超分子 #3: PCNA clamp
+分子 #1: ELG1 isoform 1
+分子 #2: Replication factor C subunit 4
+分子 #3: Replication factor C subunit 3
+分子 #4: Replication factor C subunit 2
+分子 #5: Replication factor C subunit 5
+分子 #6: Proliferating cell nuclear antigen
+分子 #7: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 173929 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |