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- EMDB-40738: Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40738
タイトルStructure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex
マップデータz-flipped from the original map
試料
  • 複合体: Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex
    • 複合体: Human autophagy initiation ULK1 complex core
      • タンパク質・ペプチド: RB1-inducible coiled-coil protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase ULK1
      • タンパク質・ペプチド: Autophagy-related protein 13
    • 複合体: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex
      • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
      • タンパク質・ペプチド: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
      • タンパク質・ペプチド: Beclin-1-C 35 kDa
キーワードAutophagy / Protein kinase / Lipid kinase / Supercomplex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / omegasome membrane / protein lipidation / regulation of protein lipidation ...extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / omegasome membrane / protein lipidation / regulation of protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / neuron projection regeneration / ribophagy / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / positive regulation of stress granule assembly / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / glycophagy / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of lysosome organization / positive regulation by host of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / positive regulation of autophagosome assembly / negative regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / engulfment of apoptotic cell / regulation of protein complex stability / phosphatidylinositol kinase activity / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / suppression by virus of host autophagy / protein targeting to lysosome / protein targeting to vacuole / early endosome to late endosome transport / piecemeal microautophagy of the nucleus / cellular response to nitrogen starvation / late endosome to vacuole transport / SMAD protein signal transduction / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein kinase regulator activity / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / axon extension / negative regulation of programmed cell death / response to iron(II) ion / TBC/RABGAPs / reticulophagy / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / autolysosome / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / post-transcriptional regulation of gene expression / mitotic metaphase chromosome alignment / Macroautophagy / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / autophagosome membrane docking / Receptor Mediated Mitophagy / lysosome organization / RSV-host interactions / endosome to lysosome transport / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / p38MAPK cascade / response to starvation / axoneme / cellular response to nutrient levels / autophagosome membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / mitophagy / autophagosome maturation / positive regulation of cell size / autophagosome assembly / PI3K Cascade / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / response to vitamin E / autophagosome / neuron development / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of macroautophagy / amyloid-beta metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / cellular defense response / cellular response to glucose starvation / positive regulation of autophagy / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / JNK cascade / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to copper ion
類似検索 - 分子機能
UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / Autophagy-related protein 11, C-terminal / Autophagy-related protein 11 / Autophagy-related protein 11 / Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / : / ATG1-like, MIT domain 2 / Beclin-1, BH3 domain ...UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / Autophagy-related protein 11, C-terminal / Autophagy-related protein 11 / Autophagy-related protein 11 / Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / : / ATG1-like, MIT domain 2 / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Autophagy-related protein 13, N-terminal / Autophagy-related protein 13 / Autophagy-related protein 13 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / Atg1-like, MIT domain 1 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / HORMA domain superfamily / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 13 / Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Beclin-1 / Beclin 1-associated autophagy-related key regulator / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / RB1-inducible coiled-coil protein 1 / Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Chen M / Hurley JH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111730 米国
Michael J. Fox FoundationASAP-000350 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Structure and activation of the human autophagy-initiating ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex
著者: Chen M / Ren X / Cook A / Hurley JH
履歴
登録2023年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40738.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈z-flipped from the original map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.115 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.75742245 - 1.3113143
平均 (標準偏差)-0.00013459552 (±0.027993353)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 669.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_40738_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_40738_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex

全体名称: Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex
要素
  • 複合体: Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex
    • 複合体: Human autophagy initiation ULK1 complex core
      • タンパク質・ペプチド: RB1-inducible coiled-coil protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase ULK1
      • タンパク質・ペプチド: Autophagy-related protein 13
    • 複合体: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex
      • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
      • タンパク質・ペプチド: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
      • タンパク質・ペプチド: Beclin-1-C 35 kDa

+
超分子 #1: Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex

超分子名称: Supercomplex composed of ULK1 complex and PI3KC3-C1 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 362 KDa

+
超分子 #2: Human autophagy initiation ULK1 complex core

超分子名称: Human autophagy initiation ULK1 complex core / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex

超分子名称: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: RB1-inducible coiled-coil protein 1

分子名称: RB1-inducible coiled-coil protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.808477 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKLYVFLVNT GTTLTFDTEL TVQTVADLKH AIQSKYKIAI QHQVLVVNGG ECMAADRRVC TYSAGTDTNP IFLFNKEMIL CDRPPAIPK TTFSTENDME IKVEESLMMP AVFHTVASRT QLALEMYEVA KKLCSFCEGL VHDEHLQHQG WAAIMANLED C SNSYQKLL ...文字列:
MKLYVFLVNT GTTLTFDTEL TVQTVADLKH AIQSKYKIAI QHQVLVVNGG ECMAADRRVC TYSAGTDTNP IFLFNKEMIL CDRPPAIPK TTFSTENDME IKVEESLMMP AVFHTVASRT QLALEMYEVA KKLCSFCEGL VHDEHLQHQG WAAIMANLED C SNSYQKLL FKFESIYSNY LQSIEDIKLK LTHLGTAVSV MAKIPLLECL TRHSYRECLG RLDSLPEHED SEKAEMKRST EL VLSPDMP RTTNESLLTS FPKSVEHVSP DTADAESGKE IRESCQSTVH QQDETTIDTK DGDLPFFNVS LLDWINVQDR PND VESLVR KCFDSMSRLD PRIIRPFIAE CRQTIAKLDN QNMKAIKGLE DRLYALDQMI ASCGRLVNEQ KELAQGFLAN QKRA ENLKD ASVLPDLCLS HANQLMIMLQ NHRKLLDIKQ KCTTAKQELA NNLHVRLKWC CFVMLHADQD GEKLQALLRL VIELL ERVK IVEALSTVPQ MYCLAVVEVV RRKMFIKHYR EWAGALVKDG KRLYEAEKSK RESFGKLFRK SFLRNRLFRG LDSWPP SFC TQKPRKFDCE LPDISLKDLQ FLQSFCPSEV QPFLRVP

UniProtKB: RB1-inducible coiled-coil protein 1

+
分子 #2: Serine/threonine-protein kinase ULK1

分子名称: Serine/threonine-protein kinase ULK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.113896 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HTEILRGLRF TLLFVQHVLE IAALKGSASE AAGGPEYQLQ ESVVADQISL LSREWGFAEQ LVLYLKVAEL LSSGLQSAID QIRAGKLCL SSTVKQVVRR LNELYKASVV SCQGLSLRLQ RFFLDKQRLL DRIHSITAER LIFSHAVQMV QSAALDEMFQ H REGCVPRY ...文字列:
HTEILRGLRF TLLFVQHVLE IAALKGSASE AAGGPEYQLQ ESVVADQISL LSREWGFAEQ LVLYLKVAEL LSSGLQSAID QIRAGKLCL SSTVKQVVRR LNELYKASVV SCQGLSLRLQ RFFLDKQRLL DRIHSITAER LIFSHAVQMV QSAALDEMFQ H REGCVPRY HKALLLLEGL QHMLSDQADI ENVTKCKLCI ERRLSAL

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase ULK1

+
分子 #3: Autophagy-related protein 13

分子名称: Autophagy-related protein 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.805392 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DLGTFYREFQ NPPQLSSLSI DIGAQSMAED LDSLPEKLAV HEKNVREFDA FVETLQGSDE A

UniProtKB: Autophagy-related protein 13

+
分子 #4: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4

分子名称: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 151.899203 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SVESYFSDIH DFEYDKSLGS TRFFKVARAK HREGLVVVKV FAIQDPTLPL TSYKQELEEL KIRLNSAQNC LPFQKASEKA SEKAAMLFR QYVRDNLYDR ISTRPFLNNI EKRWIAFQIL TAVDQAHKSG VRHGDIKTEN VMVTSWNWVL LTDFASFKPT Y LPEDNPAD ...文字列:
SVESYFSDIH DFEYDKSLGS TRFFKVARAK HREGLVVVKV FAIQDPTLPL TSYKQELEEL KIRLNSAQNC LPFQKASEKA SEKAAMLFR QYVRDNLYDR ISTRPFLNNI EKRWIAFQIL TAVDQAHKSG VRHGDIKTEN VMVTSWNWVL LTDFASFKPT Y LPEDNPAD FNYFFDTSRR RTCYIAPERF VDGGMFATEL EYMRDPSTPL VDLNSNQRTR GELKRAMDIF SAGCVIAELF TE GVPLFDL SQLLAYRNGH FFPEQVLNKI EDHSIRELVT QMIHREPDKR LEAEDYLKQQ RGNAFPEIFY TFLQPYMAQF AKE TFLSAD ERILVIRKDL GNIIHNLCGH DLPEKAEGEP KENGLVILVS VITSCLQTLK YCDSKLAALE LILHLAPRLS VEIL LDRIT PYLLHFSNDS VPRVRAEALR TLTKVLALVK EVPRNDINIY PEYILPGIAH LAQDDATIVR LAYAENIALL AETAL RFLE LVQLKNLNME NDPNNEEIDE VTHPNGNYDT ELQALHEMVQ QKVVTLLSDP ENIVKQTLME NGITRLCVFF GRQKAN DVL LSHMITFLND KNDWHLRGAF FDSIVGVAAY VGWQSSSILK PLLQQGLSDA EEFVIVKALY ALTCMCQLGL LQKPHVY EF ASDIAPFLCH PNLWIRYGAV GFITVVARQI STADVYCKLM PYLDPYITQP IIQIERKLVL LSVLKEPVSR SIFDYALR S KDITSLFRHL HMRQKKRNGS LPDCPPPEDP AIAQLLKKLL SQGMTEEEED KLLALKDFMM KSNKAKANIV DQSHLHDSS QKGVIDLAAL GITGRQVDLV KTKQEPDDKR ARKHVKQDSN VNEEWKSMFG SLDPPNMPQA LPKGSDQEVI QTGKPPRSES SAGICVPLS TSSQVPEVTT VQNKKPVIPV LSSTILPSTY QIRITTCKTE LQQLIQQKRE QCNAERIAKQ MMENAEWESK P PPPGWRPK GLLVAHLHEH KSAVNRIRVS DEHSLFATCS NDGTVKIWNS QKMEGKTTTT RSILTYSRIG GRVKTLTFCQ GS HYLAIAS DNGAVQLLGI EASKLPKSPK IHPLQSRILD QKEDGCVVDM HHFNSGAQSV LAYATVNGSL VGWDLRSSSN AWT LKHDLK SGLITSFAVD IHQCWLCIGT SSGTMACWDM RFQLPISSHC HPSRARIRRL SMHPLYQSWV IAAVQGNNEV SMWD METGD RRFTLWASSA PPLSELQPSP HSVHGIYCSP ADGNPILLTA GSDMKIRFWD LAYPERSYVV AGSTSSPSVS YYRKI IEGT EVVQEIQNKQ KVGPSDDTPR RGPESLPVGH HDIITDVATF QTTQGFIVTA SRDGIVKVWK

UniProtKB: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4

+
分子 #5: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

分子名称: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphatidylinositol 3-kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.533104 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AEKFHYIYSC DLDINVQLKI GSLEGKREQK SYKAVLEDPM LKFSGLYQET CSDLYVTCQV FAEGKPLALP VRTSYKAFST RWNWNEWLK LPVKYPDLPR NAQVALTIWD VYGPGKAVPV GGTTVSLFGK YGMFRQGMHD LKVWPNVEAD GSEPTKTPGR T SSTLSEDQ ...文字列:
AEKFHYIYSC DLDINVQLKI GSLEGKREQK SYKAVLEDPM LKFSGLYQET CSDLYVTCQV FAEGKPLALP VRTSYKAFST RWNWNEWLK LPVKYPDLPR NAQVALTIWD VYGPGKAVPV GGTTVSLFGK YGMFRQGMHD LKVWPNVEAD GSEPTKTPGR T SSTLSEDQ MSRLAKLTKA HRQGHMVKVD WLDRLTFREI EMINESEKRS SNFMYLMVEF RCVKCDDKEY GIVYYEKDGD ES SPILTSF ELVKVPDPQM SMENLVESKH HKLARSL

UniProtKB: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

+
分子 #6: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator

分子名称: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.824039 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ERLSRLKSKQ EEFQKEVLKA MEGKWITDQL RWKIMSCKMR IEQLKQTICK GNEEMEKNSE GLLKTKEKNQ KLYSRAQRHQ EKKEKIQRH NRKLGDLVEK KTIDLRSHYE RLANLRRSHI LELTSVIFPI EEVKTGVRDP ADVSSESDSA MTSSTVSKLA E ARRTTYLS ...文字列:
ERLSRLKSKQ EEFQKEVLKA MEGKWITDQL RWKIMSCKMR IEQLKQTICK GNEEMEKNSE GLLKTKEKNQ KLYSRAQRHQ EKKEKIQRH NRKLGDLVEK KTIDLRSHYE RLANLRRSHI LELTSVIFPI EEVKTGVRDP ADVSSESDSA MTSSTVSKLA E ARRTTYLS GRWVCDDHNG DTSISITGPW ISLPNNGDYS AYYSWVEEKK TTQGPDMEQS NPAYTISAAL CYATQLVNIL SH ILDVNLP KKLCNSEFCG ENLSKQKFTR AVKKLNANIL YLCFSQHVNL DQLQPLHTLR NLMYLVSPSS EHLGRSGPFE VR

UniProtKB: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator

+
分子 #7: Beclin-1-C 35 kDa

分子名称: Beclin-1-C 35 kDa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.504809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DTQLNVTENE CQNYKRCLEI LEQMNEDDSE QLQMELKELA LEEERLIQEL EDVEKNRKIV AENLEKVQAE AERLDQEEAQ YQREYSEFK RQQLELDDEL KSVENQMRYA QTQLDKLKKT NVFNATFHIW HSGQFGTINN FRLGRLPSVP VEWNEINAAW G QTVLLLHA ...文字列:
DTQLNVTENE CQNYKRCLEI LEQMNEDDSE QLQMELKELA LEEERLIQEL EDVEKNRKIV AENLEKVQAE AERLDQEEAQ YQREYSEFK RQQLELDDEL KSVENQMRYA QTQLDKLKKT NVFNATFHIW HSGQFGTINN FRLGRLPSVP VEWNEINAAW G QTVLLLHA LANKMGLKFQ RYRLVPYGNH SYLESLTDKS KELPLYCSGG LRFFWDNKFD HAMVAFLDCV QQFKEEVEKG ET RFCLPYR MDVEKGKIED TGGSGGSYSI KTQFNSEEQW TKALKFMLTN LKWGLAWVSS QFYN

UniProtKB: Beclin-1

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
25.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3421 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 968884
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1) / 使用した粒子像数: 42315
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 42315 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8soi

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8sor

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8srq:
Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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