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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4068 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Tc toxin TcdA1 in its pore state | |||||||||
マップデータ | Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nano disc (processed volume) | |||||||||
試料 |
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キーワード | nanodisc / toxin / injection / pore-forming | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Photorhabdus luminescens (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Gatsogiannis C / Merino F | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Membrane insertion of a Tc toxin in near-atomic detail. 著者: Christos Gatsogiannis / Felipe Merino / Daniel Prumbaum / Daniel Roderer / Franziska Leidreiter / Dominic Meusch / Stefan Raunser / 要旨: Tc toxins from pathogenic bacteria use a special syringe-like mechanism to perforate the host cell membrane and inject a deadly enzyme into the host cytosol. The molecular mechanism of this unusual ...Tc toxins from pathogenic bacteria use a special syringe-like mechanism to perforate the host cell membrane and inject a deadly enzyme into the host cytosol. The molecular mechanism of this unusual injection system is poorly understood. Using electron cryomicroscopy, we determined the structure of TcdA1 from Photorhabdus luminescens embedded in lipid nanodiscs. In our structure, compared with the previous structure of TcdA1 in the prepore state, the transmembrane helices rearrange in the membrane and open the initially closed pore. However, the helices do not span the complete membrane; instead, the loops connecting the helices form the rim of the funnel. Lipid head groups reach into the space between the loops and consequently stabilize the pore conformation. The linker domain is folded and packed into a pocket formed by the other domains of the toxin, thereby considerably contributing to stabilization of the pore state. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4068.map.gz | 70.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4068-v30.xml emd-4068.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4068.png | 104.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4068.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_4068_additional.map.gz | 72.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4068 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4068 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4068_validation.pdf.gz | 228.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4068_full_validation.pdf.gz | 227.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4068_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4068 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4068 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 85.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nano disc (processed volume) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.57 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Structure of TcdA1 in pore state, determined in...
ファイル | emd_4068_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nano disc (unsharpened, unfiltered raw volume) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodisc
全体 | 名称: Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodisc |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodisc
超分子 | 名称: Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodisc タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1.4 MDa |
-分子 #1: TcdA1
分子 | 名称: TcdA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 283.229406 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNESVKEIPD VLKSQCGFNC LTDISHSSFN EFRQQVSEHL SWSETHDLYH DAQQAQKDNR LYEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAEL IGYNNQFSGR ASQYVAPGTV SSMFSPAAYL TELYREARNL HASDSVYYLD TRRPDLKSMA LSQQNMDIEL S TLSLSNEL ...文字列: MNESVKEIPD VLKSQCGFNC LTDISHSSFN EFRQQVSEHL SWSETHDLYH DAQQAQKDNR LYEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAEL IGYNNQFSGR ASQYVAPGTV SSMFSPAAYL TELYREARNL HASDSVYYLD TRRPDLKSMA LSQQNMDIEL S TLSLSNEL LLESIKTESK LENYTKVMEM LSTFRPSGAT PYHDAYENVR EVIQLQDPGL EQLNASPAIA GLMHQASLLG IN ASISPEL FNILTEEITE GNAEELYKKN FGNIEPASLA MPEYLKRYYN LSDEELSQFI GKASNFGQQE YSNNQLITPV VNS SDGTVK VYRITREYTT NAYQMDVELF PFGGENYRLD YKFKNFYNAS YLSIKLNDKR ELVRTEGAPQ VNIEYSANIT LNTA DISQP FEIGLTRVLP SGSWAYAAAK FTVEEYNQYS FLLKLNKAIR LSRATELSPT ILEGIVRSVN LQLDINTDVL GKVFL TKYY MQRYAIHAET ALILCNAPIS QRSYDNQPSQ FDRLFNTPLL NGQYFSTGDE EIDLNSGSTG DWRKTILKRA FNIDDV SLF RLLKITDHDN KDGKIKNNLK NLSNLYIGKL LADIHQLTID ELDLLLIAVG EGKTNLSAIS DKQLATLIRK LNTITSW LH TQKWSVFQLF IMTSTSYNKT LTPEIKNLLD TVYHGLQGFD KDKADLLHVM APYIAATLQL SSENVAHSVL LWADKLQP G DGAMTAEKFW DWLNTKYTPG SSEAVETQEH IVQYCQALAQ LEMVYHSTGI NENAFRLFVT KPEMFGAATG AAPAHDALS LIMLTRFADW VNALGEKASS VLAAFEANSL TAEQLADAMN LDANLLLQAS IQAQNHQHLP PVTPENAFSC WTSINTILQW VNVAQQLNV APQGVSALVG LDYIQSMKET PTYAQWENAA GVLTAGLNSQ QANTLHAFLD ESRSAALSTY YIRQVAKAAA A IKSRDDLY QYLLIDNQVS AAIKTTRIAE AIASIQLYVN RALENVEENA NSGVISRQFF IDWDKYNKRY STWAGVSQLV YY PENYIDP TMRIGQTKMM DALLQSVSQS QLNADTVEDA FMSYLTSFEQ VANLKVISAY HDNINNDQGL TYFIGLSETD AGE YYWRSV DHSKFNDGKF AANAWSEWHK IDCPINPYKS TIRPVIYKSR LYLLWLEQKE ITKQTGNSKD GYQTETDYRY ELKL AHIRY DGTWNTPITF DVNKKISELK LEKNRAPGLY CAGYQGEDTL LVMFYNQQDT LDSYKNASMQ GLYIFADMAS KDMTP EQSN VYRDNSYQQF DTNNVRRVNN RYAEDYEIPS SVSSRKDYGW GDYYLSMVYN GDIPTINYKA ASSDLKIYIS PKLRII HNG YEGQKRNQCN LMNKYGKLGD KFIVYTSLGV NPNNSSNKLM FYPVYQYSGN TSGLNQGRLL FHRDTTYPSK VEAWIPG AK RSLTNQNAAI GDDYATDSLN KPDDLKQYIF MTDSKGTATD VSGPVEINTA ISPAKVQIIV KAGGKEQTFT ADKDVSIQ P SPSFDEMNYQ FNALEIDGSG LNFINNSASI DVTFTAFAED GRKLGYESFS IPVTLKVSTD NALTLHHNEN GAQYMQWQS YRTRLNTLFA RQLVARATTG IDTILSMETQ NIQEPQLGKG FYATFVIPPY NLSTHGDERW FKLYIKHVVD NNSHIIYSGQ LTDTNINIT LFIPLDDVPL NQDYHAKVYM TFKKSPSDGT WWGPHFVRDD KGIVTINPKS ILTHFESVNV LNNISSEPMD F SGANSLYF WELFYYTPML VAQRLLHEQN FDEANRWLKY VWSPSGYIVH GQIQNYQWNV RPLLEDTSWN SDPLDSVDPD AV AQHDPMH YKVSTFMRTL DLLIARGDHA YRQLERDTLN EAKMWYMQAL HLLGDKPYLP LSTTWSDPRL DRAADITTQN AHD SAIVAL RQNIPTPAPL SLRSANTLTD LFLPQINEVM MNYWQTLAQR VYNLRHNLSI DGQPLYLPIY ATPADPKALL SAAV ATSQG GGKLPESFMS LWRFPHMLEN ARGMVSQLTQ FGSTLQNIIE RQDAEALNAL LQNQAAELIL TNLSIQDKTI EELDA EKTV LEKSKAGAQS RFDSYGKLYD ENINAGENQA MTLRASAAGL TTAVQASRLA GAAADLVPNI FGFAGGGSRW GAIAEA TGY VMEFSANVMN TEADKISQSE TYRRRRQEWE IQRNNAEAEL KQIDAQLKSL AVRREAAVLQ KTSLKTQQEQ TQSQLAF LQ RKFSNQALYN WLRGRLAAIY FQFYDLAVAR CLMAEQAYRW ELNDDSARFI KPGAWQGTYA GLLAGETLML SLAQMEDA H LKRDKRALEV ERTVSLAEVY AGLPKDNGPF SLAQEIDKLV SQGSGSAGSG NNNLAFGAGT DTKTSLQASV SFADLKIRE DYPASLGKIR RIKQISVTLP ALLGPYQDVQ AILSYGDKAG LANGCEALAV SHGMNDSGQF QLDFNDGKFL PFEGIAIDQG TLTLSFPNA SMPEKGKQAT MLKTLNDIIL HIRYTIK UniProtKB: TcdA1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 11 / 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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詳細 | Cs corrected microscope |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1957 / 平均電子線量: 15.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |