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万見
- PDB-5lki: Cryo-EM structure of the Tc toxin TcdA1 in its pore state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lki
タイトルCryo-EM structure of the Tc toxin TcdA1 in its pore state
要素TcdA1
キーワードTOXIN / nanodisc / injection / pore-forming
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / TcdA1, receptor binding domain / : / TcdA1, receptor binding domain / ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / TcA receptor binding domain / TcA receptor binding domain / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain ...: / TcdA1, receptor binding domain / : / TcdA1, receptor binding domain / ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / TcA receptor binding domain / TcA receptor binding domain / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Gatsogiannis, C. / Merino, F. / Prumbaum, D. / Roderer, D. / Leidreiter, F. / Meusch, D. / Raunser, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council615984 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Membrane insertion of a Tc toxin in near-atomic detail.
著者: Christos Gatsogiannis / Felipe Merino / Daniel Prumbaum / Daniel Roderer / Franziska Leidreiter / Dominic Meusch / Stefan Raunser /
要旨: Tc toxins from pathogenic bacteria use a special syringe-like mechanism to perforate the host cell membrane and inject a deadly enzyme into the host cytosol. The molecular mechanism of this unusual ...Tc toxins from pathogenic bacteria use a special syringe-like mechanism to perforate the host cell membrane and inject a deadly enzyme into the host cytosol. The molecular mechanism of this unusual injection system is poorly understood. Using electron cryomicroscopy, we determined the structure of TcdA1 from Photorhabdus luminescens embedded in lipid nanodiscs. In our structure, compared with the previous structure of TcdA1 in the prepore state, the transmembrane helices rearrange in the membrane and open the initially closed pore. However, the helices do not span the complete membrane; instead, the loops connecting the helices form the rim of the funnel. Lipid head groups reach into the space between the loops and consequently stabilize the pore conformation. The linker domain is folded and packed into a pocket formed by the other domains of the toxin, thereby considerably contributing to stabilization of the pore state.
履歴
登録2016年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / em_software
Item: _em_sample_support.grid_type / _em_software.name / _em_software.version
改定 1.42018年10月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / refine / refine_ls_restr
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _refine.pdbx_refine_id / _refine_ls_restr.pdbx_refine_id
改定 1.52018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.62019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.72024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
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  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4068
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  • + PDB-5lkh
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TcdA1
B: TcdA1
C: TcdA1
D: TcdA1
E: TcdA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,416,1475
ポリマ－1,416,1475
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area65710 Å2
ΔGint-345 kcal/mol
Surface area291770 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
TcdA1 / Toxin A


分子量: 283229.406 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: tcdA, tcdA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RN43

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodisc
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET-19b
緩衝液pH: 11
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMCAPS1
2250 mMNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Cs corrected microscope
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 15.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1957
画像スキャン動画フレーム数/画像: 7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2152: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 30061 / 詳細: particles were picked manually
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13000
詳細: The density was filtered to its local resolution, using localfilt (SPARX) and RESMAP
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
精密化最高解像度: 3.46 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01311395
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.12715475
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.2139277
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0591708
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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