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万見
- EMDB-40669: Structure of human PI3KC3-C1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40669
タイトルStructure of human PI3KC3-C1 complex
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
    • タンパク質・ペプチド: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
    • タンパク質・ペプチド: Beclin-1
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードAutophagy / Lipid kinase / Complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III ...extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / positive regulation of stress granule assembly / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of lysosome organization / positive regulation by host of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / positive regulation of autophagosome assembly / negative regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / engulfment of apoptotic cell / regulation of protein complex stability / phosphatidylinositol kinase activity / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / suppression by virus of host autophagy / protein targeting to lysosome / protein targeting to vacuole / early endosome to late endosome transport / cellular response to nitrogen starvation / late endosome to vacuole transport / SMAD protein signal transduction / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / negative regulation of programmed cell death / response to iron(II) ion / autolysosome / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / post-transcriptional regulation of gene expression / mitotic metaphase chromosome alignment / Macroautophagy / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / autophagosome membrane docking / lysosome organization / RSV-host interactions / endosome to lysosome transport / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / p38MAPK cascade / axoneme / autophagosome membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / mitophagy / autophagosome maturation / autophagosome assembly / PI3K Cascade / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / response to vitamin E / autophagosome / neuron development / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of macroautophagy / amyloid-beta metabolic process / cellular defense response / cellular response to glucose starvation / positive regulation of autophagy / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / JNK cascade / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to copper ion / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / phagocytic vesicle / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of protein phosphorylation / regulation of cytokinesis / regulation of autophagy / macroautophagy / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to lead ion / regulation of protein phosphorylation / trans-Golgi network / ISG15 antiviral mechanism / autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / peroxisome / microtubule cytoskeleton / late endosome / GTPase binding
類似検索 - 分子機能
UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain ...UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beclin-1 / Beclin 1-associated autophagy-related key regulator / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å
データ登録者Chen M / Hurley JH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111730 米国
Michael J. Fox FoundationASAP-000350 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Structure and activation of the human autophagy-initiating ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex
著者: Chen M / Ren X / Cook A / Hurley JH
履歴
登録2023年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2023年6月28日-
現状2023年6月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40669.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40669.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.115 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.4316293 - 2.5087416
平均 (標準偏差)-0.0007560041 (±0.041544262)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 401.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Consensus map

ファイルemd_40669_additional_1.map
注釈Consensus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local refinement map 1/2

ファイルemd_40669_additional_2.map
注釈Local refinement map 1/2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Local refinement map 2/2

ファイルemd_40669_additional_3.map
注釈Local refinement map 2/2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex

全体名称: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex
要素
  • 複合体: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
    • タンパク質・ペプチド: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
    • タンパク質・ペプチド: Beclin-1
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex

超分子名称: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 362 KDa

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分子 #1: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

分子名称: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphatidylinositol 3-kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.680328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGEAEKFHYI YSCDLDINVQ LKIGSLEGKR EQKSYKAVLE DPMLKFSGLY QETCSDLYVT CQVFAEGKPL ALPVRTSYKA FSTRWNWNE WLKLPVKYPD LPRNAQVALT IWDVYGPGKA VPVGGTTVSL FGKYGMFRQG MHDLKVWPNV EADGSEPTKT P GRTSSTLS ...文字列:
MGEAEKFHYI YSCDLDINVQ LKIGSLEGKR EQKSYKAVLE DPMLKFSGLY QETCSDLYVT CQVFAEGKPL ALPVRTSYKA FSTRWNWNE WLKLPVKYPD LPRNAQVALT IWDVYGPGKA VPVGGTTVSL FGKYGMFRQG MHDLKVWPNV EADGSEPTKT P GRTSSTLS EDQMSRLAKL TKAHRQGHMV KVDWLDRLTF REIEMINESE KRSSNFMYLM VEFRCVKCDD KEYGIVYYEK DG DESSPIL TSFELVKVPD PQMSMENLVE SKHHKLARSL RSGPSDHDLK PNAATRDQLN IIVSYPPTKQ LTYEEQDLVW KFR YYLTNQ EKALTKFLKC VNWDLPQEAK QALELLGKWK PMDVEDSLEL LSSHYTNPTV RRYAVARLRQ ADDEDLLMYL LQLV QALKY ENFDDIKNGL EPTKKDSQSS VSENVSNSGI NSAEIDSSQI ITSPLPSVSS PPPASKTKEV PDGENLEQDL CTFLI SRAC KNSTLANYLY WYVIVECEDQ DTQQRDPKTH EMYLNVMRRF SQALLKGDKS VRVMRSLLAA QQTFVDRLVH LMKAVQ RES GNRKKKNERL QALLGDNEKM NLSDVELIPL PLEPQVKIRG IIPETATLFK SALMPAQLFF KTEDGGKYPV IFKHGDD LR QDQLILQIIS LMDKLLRKEN LDLKLTPYKV LATSTKHGFM QFIQSVPVAE VLDTEGSIQN FFRKYAPSEN GPNGISAE V MDTYVKSCAG YCVITYILGV GDRHLDNLLL TKTGKLFHID FGYILGRDPK PLPPPMKLNK EMVEGMGGTQ SEQYQEFRK QCYTAFLHLR RYSNLILNLF SLMVDANIPD IALEPDKTVK KVQDKFRLDL SDEEAVHYMQ SLIDESVHAL FAAVVEQIHK FAQYWRK

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分子 #2: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator

分子名称: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.387266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASPSGKGAR ALEAPGCGPR PLARDLVDSV DDAEGLYVAV ERCPLCNTTR RRLTCAKCVQ SGDFVYFDGR DRERFIDKKE RLSRLKSKQ EEFQKEVLKA MEGKWITDQL RWKIMSCKMR IEQLKQTICK GNEEMEKNSE GLLKTKEKNQ KLYSRAQRHQ E KKEKIQRH ...文字列:
MASPSGKGAR ALEAPGCGPR PLARDLVDSV DDAEGLYVAV ERCPLCNTTR RRLTCAKCVQ SGDFVYFDGR DRERFIDKKE RLSRLKSKQ EEFQKEVLKA MEGKWITDQL RWKIMSCKMR IEQLKQTICK GNEEMEKNSE GLLKTKEKNQ KLYSRAQRHQ E KKEKIQRH NRKLGDLVEK KTIDLRSHYE RLANLRRSHI LELTSVIFPI EEVKTGVRDP ADVSSESDSA MTSSTVSKLA EA RRTTYLS GRWVCDDHNG DTSISITGPW ISLPNNGDYS AYYSWVEEKK TTQGPDMEQS NPAYTISAAL CYATQLVNIL SHI LDVNLP KKLCNSEFCG ENLSKQKFTR AVKKLNANIL YLCFSQHVNL DQLQPLHTLR NLMYLVSPSS EHLGRSGPFE VRAD LEESM EFVDPGVAGE SDESGDERVS DEETDLGTDW ENLPSPRFCD IPSQSVEVSQ SQSTQASPPI ASSSAGGMIS SAAAS VTSW FKAYTGHR

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分子 #3: Beclin-1

分子名称: Beclin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.953102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGSKTSNNS TMQVSFVCQR CSQPLKLDTS FKILDRVTIQ ELTAPLLTTA QAKPGETQEE ETNSGEEPFI ETPRQDGVSR RFIPPARMM STESANSFTL IGEASDGGTM ENLSRRLKVT GDLFDIMSGQ TDVDHPLCEE CTDTLLDQLD TQLNVTENEC Q NYKRCLEI ...文字列:
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分子 #4: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4

分子名称: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 153.293797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGNQLAGIAP SQILSVESYF SDIHDFEYDK SLGSTRFFKV ARAKHREGLV VVKVFAIQDP TLPLTSYKQE LEELKIRLNS AQNCLPFQK ASEKASEKAA MLFRQYVRDN LYDRISTRPF LNNIEKRWIA FQILTAVDQA HKSGVRHGDI KTENVMVTSW N WVLLTDFA ...文字列:
MGNQLAGIAP SQILSVESYF SDIHDFEYDK SLGSTRFFKV ARAKHREGLV VVKVFAIQDP TLPLTSYKQE LEELKIRLNS AQNCLPFQK ASEKASEKAA MLFRQYVRDN LYDRISTRPF LNNIEKRWIA FQILTAVDQA HKSGVRHGDI KTENVMVTSW N WVLLTDFA SFKPTYLPED NPADFNYFFD TSRRRTCYIA PERFVDGGMF ATELEYMRDP STPLVDLNSN QRTRGELKRA MD IFSAGCV IAELFTEGVP LFDLSQLLAY RNGHFFPEQV LNKIEDHSIR ELVTQMIHRE PDKRLEAEDY LKQQRGNAFP EIF YTFLQP YMAQFAKETF LSADERILVI RKDLGNIIHN LCGHDLPEKA EGEPKENGLV ILVSVITSCL QTLKYCDSKL AALE LILHL APRLSVEILL DRITPYLLHF SNDSVPRVRA EALRTLTKVL ALVKEVPRND INIYPEYILP GIAHLAQDDA TIVRL AYAE NIALLAETAL RFLELVQLKN LNMENDPNNE EIDEVTHPNG NYDTELQALH EMVQQKVVTL LSDPENIVKQ TLMENG ITR LCVFFGRQKA NDVLLSHMIT FLNDKNDWHL RGAFFDSIVG VAAYVGWQSS SILKPLLQQG LSDAEEFVIV KALYALT CM CQLGLLQKPH VYEFASDIAP FLCHPNLWIR YGAVGFITVV ARQISTADVY CKLMPYLDPY ITQPIIQIER KLVLLSVL K EPVSRSIFDY ALRSKDITSL FRHLHMRQKK RNGSLPDCPP PEDPAIAQLL KKLLSQGMTE EEEDKLLALK DFMMKSNKA KANIVDQSHL HDSSQKGVID LAALGITGRQ VDLVKTKQEP DDKRARKHVK QDSNVNEEWK SMFGSLDPPN MPQALPKGSD QEVIQTGKP PRSESSAGIC VPLSTSSQVP EVTTVQNKKP VIPVLSSTIL PSTYQIRITT CKTELQQLIQ QKREQCNAER I AKQMMENA EWESKPPPPG WRPKGLLVAH LHEHKSAVNR IRVSDEHSLF ATCSNDGTVK IWNSQKMEGK TTTTRSILTY SR IGGRVKT LTFCQGSHYL AIASDNGAVQ LLGIEASKLP KSPKIHPLQS RILDQKEDGC VVDMHHFNSG AQSVLAYATV NGS LVGWDL RSSSNAWTLK HDLKSGLITS FAVDIHQCWL CIGTSSGTMA CWDMRFQLPI SSHCHPSRAR IRRLSMHPLY QSWV IAAVQ GNNEVSMWDM ETGDRRFTLW ASSAPPLSEL QPSPHSVHGI YCSPADGNPI LLTAGSDMKI RFWDLAYPER SYVVA GSTS SPSVSYYRKI IEGTEVVQEI QNKQKVGPSD DTPRRGPESL PVGHHDIITD VATFQTTQGF IVTASRDGIV KVWK

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分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
300.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
25.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2243 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1229932
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 266147
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 266147 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8sor:
Structure of human PI3KC3-C1 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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