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万見
- EMDB-4063: Single particle reconstruction of slow bee paralysis virus virion... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4063
タイトルSingle particle reconstruction of slow bee paralysis virus virion at pH 5.5
マップデータsingle particle reconstruction of SBPV virion at low pH
試料
  • ウイルス: Slow bee paralysis virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3
キーワードicosahedral virus / honebee virus / iflavirus / virus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral capsid / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding ...host cell membrane / viral capsid / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. ...Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Slow bee paralysis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Kalynych S / Fuzik T / Plevka P
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM study of slow bee paralysis virus at low pH reveals iflavirus genome release mechanism.
著者: Sergei Kalynych / Tibor Füzik / Antonín Přidal / Joachim de Miranda / Pavel Plevka /
要旨: Viruses from the family Iflaviridae are insect pathogens. Many of them, including slow bee paralysis virus (SBPV), cause lethal diseases in honeybees and bumblebees, resulting in agricultural losses. ...Viruses from the family Iflaviridae are insect pathogens. Many of them, including slow bee paralysis virus (SBPV), cause lethal diseases in honeybees and bumblebees, resulting in agricultural losses. Iflaviruses have nonenveloped icosahedral virions containing single-stranded RNA genomes. However, their genome release mechanism is unknown. Here, we show that low pH promotes SBPV genome release, indicating that the virus may use endosomes to enter host cells. We used cryo-EM to study a heterogeneous population of SBPV virions at pH 5.5. We determined the structures of SBPV particles before and after genome release to resolutions of 3.3 and 3.4 Å, respectively. The capsids of SBPV virions in low pH are not expanded. Thus, SBPV does not appear to form "altered" particles with pores in their capsids before genome release, as is the case in many related picornaviruses. The egress of the genome from SBPV virions is associated with a loss of interpentamer contacts mediated by N-terminal arms of VP2 capsid proteins, which result in the expansion of the capsid. Pores that are 7 Å in diameter form around icosahedral threefold symmetry axes. We speculate that they serve as channels for the genome release. Our findings provide an atomic-level characterization of the genome release mechanism of iflaviruses.
履歴
登録2016年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月19日-
マップ公開2017年2月15日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.66
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.66
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5lk7
  • 表面レベル: 4.66
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5lk7
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4063.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4063.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈single particle reconstruction of SBPV virion at low pH
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.66 / ムービー #1: 4.66
最小 - 最大-9.694521999999999 - 14.482196
平均 (標準偏差)-0.000000000696011 (±1.0000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-190-190-190
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 406.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z406.600406.600406.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-190
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-190-190-190
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-9.69514.482-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Slow bee paralysis virus

全体名称: Slow bee paralysis virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Slow bee paralysis virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3

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超分子 #1: Slow bee paralysis virus

超分子名称: Slow bee paralysis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 458132 / 生物種: Slow bee paralysis virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 株: 3
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: icosahedral

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Slow bee paralysis virus (ウイルス)
分子量理論値: 30.307211 KDa
配列文字列: MERTFTPNVM QPTPLLPTTN DGRVTFGEAF NDLKDLARRY QLYWEGTILE GNLRAIRRNS ALVQLPLYPH GLRIQPDVNN PIWNIMRDG HIPVISSGFR YFRGGLRLRI VVEGLNSCVW VQHHPDRPSI FSRPIIGRYI AAKDAYRNHA YAAYVQNMSV N RTIEVEVP ...文字列:
MERTFTPNVM QPTPLLPTTN DGRVTFGEAF NDLKDLARRY QLYWEGTILE GNLRAIRRNS ALVQLPLYPH GLRIQPDVNN PIWNIMRDG HIPVISSGFR YFRGGLRLRI VVEGLNSCVW VQHHPDRPSI FSRPIIGRYI AAKDAYRNHA YAAYVQNMSV N RTIEVEVP FYQPGLYGML NASDNNTANS FDRLRFTGLG DLLIGIEGEQ PIPKEGIEIS VYYSIADDFS FNIFCGFPPM VY CDETYSA ATPDLAQYFE DEVTIAQPE

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Slow bee paralysis virus (ウイルス)
分子量理論値: 29.824205 KDa
配列文字列: MDRPEGSEER TVQTSNVVLG ETNIESQDIA SKEYSPTWDR LASSEVSDEY PMLTDRWLFW KSVKWEVNDS AFGKMLVQEK FPQSWVQMD VNVNNIPRYT NIPNFIPFNI HQYMRADFEV KIYVNPNDFV SGWLIMAFLY QGSEMFDYKL RRNPAALMQM P HVLVNVGA ...文字列:
MDRPEGSEER TVQTSNVVLG ETNIESQDIA SKEYSPTWDR LASSEVSDEY PMLTDRWLFW KSVKWEVNDS AFGKMLVQEK FPQSWVQMD VNVNNIPRYT NIPNFIPFNI HQYMRADFEV KIYVNPNDFV SGWLIMAFLY QGSEMFDYKL RRNPAALMQM P HVLVNVGA ANEATLKIPY RYVRPFMRCK DILRGDNLIT GVTEPLNMGV LFVEVLIPFR TSAASSAPKS LDVSLFVKMT NA KFTGMVD GSIALLSKPI ALPE

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Slow bee paralysis virus (ウイルス)
分子量理論値: 47.62391 KDa
配列文字列: DNPPDPTPAK FFVPIPSHSW AHGTNTSEPT NTLRLDGGVV GVGRSDDIGT SDTAISGIIG VYGLLKPFDW NANDTGRNVG GHLLWSMPV HPQVDKDQVI QVMTQSKLTQ YYLPPISVVS SLYAYTRGSI KYKFLFGNNP RHNARLLVAY IPGISSDNRL T LERARNSA ...文字列:
DNPPDPTPAK FFVPIPSHSW AHGTNTSEPT NTLRLDGGVV GVGRSDDIGT SDTAISGIIG VYGLLKPFDW NANDTGRNVG GHLLWSMPV HPQVDKDQVI QVMTQSKLTQ YYLPPISVVS SLYAYTRGSI KYKFLFGNNP RHNARLLVAY IPGISSDNRL T LERARNSA HVVFSLNEVS EFVFTVPYIT DTMWWPRKYG GPQAAGEFVA PSYICMFILN PLVAMESVPS IVTIVPMIAA GD DFEVAVP AQPAVGLSRN IDVIYPKDSI ISFKSGYFPV YVGSWHSFFD STKAILRYGA VSDHIAQLGN IPANVNRKAF WIV VGDTIK FKTKLDKING TEWFIPEGEY TLGYGVVWRD GAYAYMVPYP LTPLGEKIAQ YTASLLASNT AISQIRPYIP DYIV DSAAS KDNILWSPIE DRLRAQTEWV MAEPE

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 5.5 / 詳細: 30 mM Sodium Acetate 50 mM Sodium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 0, blot time 2 s..
詳細sample was purifed froim natural source and dialyzed overnight into sodium acetate buffer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5325 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 21.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4712
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5j98


詳細: devoid of the protruding domains.
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 10350
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: RELION 3D refinement was used for angle assignment & refinement
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
詳細: RELION 3D classification was used for final classification
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 49.7
得られたモデル

PDB-5lk7:
Single particle reconstruction of slow bee paralysis virus virion at pH 5.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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