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万見- EMDB-40466: human liver mitochondrial Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40466 | |||||||||
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タイトル | human liver mitochondrial Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | human / liver / mitochondrial / Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 butyrate catabolic process / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / : / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial matrix ...butyrate catabolic process / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / : / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial matrix / centrosome / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Z | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2023 タイトル: High-Resolution Structural Proteomics of Mitochondria Using the 'Build and Retrieve' Methodology. 著者: Zhemin Zhang / Marios L Tringides / Christopher E Morgan / Masaru Miyagi / Jason A Mears / Charles L Hoppel / Edward W Yu / 要旨: The application of integrated systems biology to the field of structural biology is a promising new direction, although it is still in the infant stages of development. Here we report the use of ...The application of integrated systems biology to the field of structural biology is a promising new direction, although it is still in the infant stages of development. Here we report the use of single particle cryo-EM to identify multiple proteins from three enriched heterogeneous fractions prepared from human liver mitochondrial lysate. We simultaneously identify and solve high-resolution structures of nine essential mitochondrial enzymes with key metabolic functions, including fatty acid catabolism, reactive oxidative species clearance, and amino acid metabolism. Our methodology also identified multiple distinct members of the acyl-CoA dehydrogenase family. This work highlights the potential of cryo-EM to explore tissue proteomics at the atomic level. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40466.map.gz | 83 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40466-v30.xml emd-40466.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40466_fsc.xml | 13 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40466.png | 118.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40466.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_40466_half_map_1.map.gz emd_40466_half_map_2.map.gz | 154 MB 154 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40466 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40466 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40466_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40466_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40466_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40466_validation.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40466 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40466 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8sgsMC 8sgpC 8sgrC 8sgvC 8shsC 8sk6C 8sk8C 8skrC 8sksC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40466.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8255 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40466_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40466_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase
全体 | 名称: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase |
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要素 |
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-超分子 #1: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase
超分子 | 名称: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial
分子 | 名称: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: short-chain acyl-CoA dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 44.346133 KDa |
配列 | 文字列: MAAALLARAS GPARRALCPR AWRQLHTIYQ SVELPETHQM LLQTCRDFAE KELFPIAAQV DKEHLFPAAQ VKKMGGLGLL AMDVPEELG GAGLDYLAYA IAMEEISRGC ASTGVIMSVN NSLYLGPILK FGSKEQKQAW VTPFTSGDKI GCFALSEPGN G SDAGAAST ...文字列: MAAALLARAS GPARRALCPR AWRQLHTIYQ SVELPETHQM LLQTCRDFAE KELFPIAAQV DKEHLFPAAQ VKKMGGLGLL AMDVPEELG GAGLDYLAYA IAMEEISRGC ASTGVIMSVN NSLYLGPILK FGSKEQKQAW VTPFTSGDKI GCFALSEPGN G SDAGAAST TARAEGDSWV LNGTKAWITN AWEASAAVVF ASTDRALQNK GISAFLVPMP TPGLTLGKKE DKLGIRGSST AN LIFEDCR IPKDSILGEP GMGFKIAMQT LDMGRIGIAS QALGIAQTAL DCAVNYAENR MAFGAPLTKL QVIQFKLADM ALA LESARL LTWRAAMLKD NKKPFIKEAA MAKLAASEAA TAISHQAIQI LGGMGYVTEM PAERHYRDAR ITEIYEGTSE IQRL VIAGH LLRSYRS UniProtKB: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial |
-分子 #2: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: FAD |
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分子量 | 理論値: 785.55 Da |
Chemical component information | ChemComp-FAD: |
-分子 #3: COENZYME A
分子 | 名称: COENZYME A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: COA |
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分子量 | 理論値: 767.534 Da |
Chemical component information | ChemComp-COA: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |