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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human NCX1 in complex with SEA0400 | ||||||||||||
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![]() | Na/Ca exchanger / sodium calcium exchanger / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() relaxation of smooth muscle / vascular associated smooth muscle contraction / calcium ion export / regulation of cell communication by electrical coupling / calcium:sodium antiporter activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of the force of heart contraction / sodium ion export across plasma membrane / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity ...relaxation of smooth muscle / vascular associated smooth muscle contraction / calcium ion export / regulation of cell communication by electrical coupling / calcium:sodium antiporter activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of the force of heart contraction / sodium ion export across plasma membrane / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / sodium ion import across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / calcium ion import / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / cardiac muscle cell development / calcium ion transport into cytosol / Sodium/Calcium exchangers / relaxation of cardiac muscle / calcium ion transmembrane import into cytosol / Reduction of cytosolic Ca++ levels / ankyrin binding / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of the force of heart contraction / intercalated disc / regulation of cardiac conduction / sodium ion transmembrane transport / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / positive regulation of bone mineralization / calcium ion homeostasis / monoatomic ion transport / cardiac muscle contraction / axon terminus / muscle contraction / Ion homeostasis / T-tubule / response to muscle stretch / cytoskeletal protein binding / regulation of heart rate / cell periphery / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / Z disc / cellular response to reactive oxygen species / intracellular calcium ion homeostasis / regulation of gene expression / postsynapse / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / calmodulin binding / axon / neuronal cell body / dendrite / synapse / calcium ion binding / nucleoplasm / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
![]() | Xue J / Jiang Y | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural mechanisms of human cardiac sodium calcium exchanger NCX1 著者: Xue J / Han Y / Zeng W / Jiang Y | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 167.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.5 KB 24.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 96.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 167.9 MB 167.8 MB 167.9 MB 165 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 920.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 920.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8sgiMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: focused TM map2 of NCX1 in complex with SEA0400
ファイル | emd_40456_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | focused TM map2 of NCX1 in complex with SEA0400 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: focused TM map1 of NCX1 in complex with SEA0400
ファイル | emd_40456_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | focused TM map1 of NCX1 in complex with SEA0400 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: focused CBD map of NCX1 in complex with SEA0400
ファイル | emd_40456_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | focused CBD map of NCX1 in complex with SEA0400 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40456_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40456_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : human NCX1-SEA0400 in complex with antibody Fab fragment
+超分子 #1: human NCX1-SEA0400 in complex with antibody Fab fragment
+超分子 #2: human cardiac sodium calcium exchanger NCX1 in complex with SEA0400
+超分子 #3: antibody Fab fragment
+分子 #1: Sodium/calcium exchanger 1
+分子 #2: Fab light chain
+分子 #3: Fab heavy chain
+分子 #4: 2-{4-[(2,5-difluorophenyl)methoxy]phenoxy}-5-ethoxyaniline
+分子 #5: CALCIUM ION
+分子 #6: SODIUM ION
+分子 #7: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |