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- EMDB-39161: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpXP1P2 complex bound to bor... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39161
タイトルCryoEM structure of M. tuberculosis ClpXP1P2 complex bound to bortezomib
マップデータ
試料
  • 複合体: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpXP1P2 complex bound to bortezomib
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE
キーワードMycobacterium tuberculosis / Caseinolytic protease system / Activation / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein polymerization / HslUV protease complex / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding ...negative regulation of protein polymerization / HslUV protease complex / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATPase binding / protein dimerization activity / cell division / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, ClpX C4-type superfamily / ClpX C4-type zinc finger / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX / Zinc finger, ClpX C4-type / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX, bacteria / ClpX zinc binding (ZB) domain profile. / ClpX C4-type zinc finger / : / ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. ...Zinc finger, ClpX C4-type superfamily / ClpX C4-type zinc finger / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX / Zinc finger, ClpX C4-type / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX, bacteria / ClpX zinc binding (ZB) domain profile. / ClpX C4-type zinc finger / : / ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ClpP/crotonase-like domain superfamily / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Zhou B / Zhao H / Gao Y / Chen X / Zhang T / He J / Xiong X
資金援助 中国, 9件
OrganizationGrant number国
Other government2021YFA1300903
Other government2021YFA1300904
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32300152 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81973372 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170189 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32241021 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82341085 中国
Other government2022A1515110505
Other government2022M723164
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Activation mechanism of caseinolytic chaperone-protease system in Mycobacterium tuberculosis by the anti-cancer drug bortezomib
著者: Zhou B / Zhao H / Gao Y / Chen X / Zhang T / He J / Xiong X
履歴
登録2024年2月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39161.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39161.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.71 Å/pix.
x 512 pix.
= 363.52 Å		0.71 Å/pix.
x 512 pix.
= 363.52 Å		0.71 Å/pix.
x 512 pix.
= 363.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.05194734 - 0.67790484
平均 (標準偏差)0.00209629 (±0.014643862)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 363.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39161_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39161_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39161_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of M. tuberculosis ClpXP1P2 complex bound to bor...

全体名称: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpXP1P2 complex bound to bortezomib
要素
  • 複合体: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpXP1P2 complex bound to bortezomib
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE

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超分子 #1: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpXP1P2 complex bound to bor...

超分子名称: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpXP1P2 complex bound to bortezomib
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

分子名称: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv
分子量理論値: 39.05775 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: ELPKPAEIRE FLEGYVIGQD TAKRTLAVAV YNHYKRIQAG EKGRDSRCEP VELTKSNILM LGPTGCGKTY LAQTLAKMLN VPFAIADAT ALTEAGYVGE DVENILLKLI QAADYDVKRA ETGIIYIDQV DKIARKSENP SITRDVSGEG VQQALLKILE G TQASVPPQ ...文字列:
ELPKPAEIRE FLEGYVIGQD TAKRTLAVAV YNHYKRIQAG EKGRDSRCEP VELTKSNILM LGPTGCGKTY LAQTLAKMLN VPFAIADAT ALTEAGYVGE DVENILLKLI QAADYDVKRA ETGIIYIDQV DKIARKSENP SITRDVSGEG VQQALLKILE G TQASVPPQ GGRKHPHQEF IQIDTTNVLF IVAGAFAGLE KIIYERVGKR GLGFGAEVRS KAEIDTTDHF ADVMPEDLIK FG LIPEFIG RLPVVASVTN LDKESLVKIL SEPKNALVKQ YIRLFEMDGV ELEFTDDALE AIADQAIHRG TGARGLRAIM EEV LLPVMY DIPSRDDVAK VVVTKETVQD NVLPTIVPR

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

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分子 #2: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv
分子量理論値: 21.543566 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: ILPSFIEHSS FGVKESNPYN KLFEERIIFL GVQVDDASAN DIMAQLLVLE SLDPDRDITM YINSPGGGFT SLMAIYDTMQ YVRADIQTV CLGQAASAAA VLLAAGTPGK RMALPNARVL IHQPSLSGVI QGQFSDLEIQ AAEIERMRTL METTLARHTG K DAGVIRKD ...文字列:
ILPSFIEHSS FGVKESNPYN KLFEERIIFL GVQVDDASAN DIMAQLLVLE SLDPDRDITM YINSPGGGFT SLMAIYDTMQ YVRADIQTV CLGQAASAAA VLLAAGTPGK RMALPNARVL IHQPSLSGVI QGQFSDLEIQ AAEIERMRTL METTLARHTG K DAGVIRKD TDRDKILTAE EAKDYGIIDT VLEYRKLS

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

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分子 #3: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv
分子量理論値: 19.383111 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SLTDSVYERL LSERIIFLGS EVNDEIANRL CAQILLLAAE DASKDISLYI NSPGGSISAG MAIYDTMVLA PCDIATYAMG MAASMGEFL LAAGTKGKRY ALPHARILMH QPLGGVTGSA ADIAIQAEQF AVIKKEMFRL NAEFTGQPIE RIEADSDRDR W FTAAEALE YGFVDHIITR

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #7: N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL...

分子名称: N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 14 / 式: BO2
分子量理論値: 384.237 Da
Chemical component information

ChemComp-BO2:
N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE / ボルテゾミブ / 薬剤, 抗がん剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vgq

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 380684
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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