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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38995 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Dark/Dronc complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Dark / Dronc / apoptosis / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemocyte development / nurse cell apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / head involution / Formation of apoptosome / embryonic development via the syncytial blastoderm / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death ...hemocyte development / nurse cell apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / head involution / Formation of apoptosome / embryonic development via the syncytial blastoderm / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / central nervous system formation / metamorphosis / compound eye development / chaeta development / sperm individualization / autophagic cell death / apoptosome / programmed cell death involved in cell development / Neutrophil degranulation / programmed necrotic cell death / S-adenosylmethionine cycle / CARD domain binding / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / programmed cell death / triglyceride homeostasis / zymogen activation / dendrite morphogenesis / neuron remodeling / response to starvation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / protein autoprocessing / ectopic germ cell programmed cell death / central nervous system development / determination of adult lifespan / response to gamma radiation / ADP binding / neuron cellular homeostasis / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Tian L / Li Y / Shi Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Dark and Dronc activation in . 著者: Lu Tian / Yini Li / Yigong Shi / 要旨: The onset of apoptosis is characterized by a cascade of caspase activation, where initiator caspases are activated by a multimeric adaptor complex known as the apoptosome. In , the initiator caspase ...The onset of apoptosis is characterized by a cascade of caspase activation, where initiator caspases are activated by a multimeric adaptor complex known as the apoptosome. In , the initiator caspase Dronc undergoes autocatalytic activation in the presence of the Dark apoptosome. Despite rigorous investigations, the activation mechanism for Dronc remains elusive. Here, we report the cryo-EM structures of an auto-inhibited Dark monomer and a single-layered, multimeric Dark/Dronc complex. Our biochemical analysis suggests that the auto-inhibited Dark oligomerizes upon binding to Dronc, which is sufficient for the activation of both Dark and Dronc. In contrast, the previously observed double-ring Dark apoptosome may represent a non-functional or "off-pathway" conformation. These findings expand our understanding on the molecular mechanism of apoptosis in . | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38995.map.gz | 307.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38995-v30.xml emd-38995.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38995_fsc.xml | 14.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38995.png | 119.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38995.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_38995_half_map_1.map.gz emd_38995_half_map_2.map.gz | 301.2 MB 301.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38995 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38995 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38995_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38995_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38995_validation.xml.gz | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38995_validation.cif.gz | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38995 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38995 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8y6qMC 8y6pC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38995.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.97 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38995_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38995_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Structure of the Dark/Dronc complex
全体 | 名称: Structure of the Dark/Dronc complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of the Dark/Dronc complex
超分子 | 名称: Structure of the Dark/Dronc complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
-超分子 #2: Dronc-CARD
超分子 | 名称: Dronc-CARD / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-超分子 #3: Dark
超分子 | 名称: Dark / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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-分子 #1: Apaf-1 related killer DARK
分子 | 名称: Apaf-1 related killer DARK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 142.710344 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: YQYKDILSVF EDAFVDNFDC KDVQDMPKSI LSKEEIDHII MSKDAVSGTL RLFWTLLSKQ EEMVQKFVEE VLRINYKFLM SPIKTEQRQ PSMMTRMYIE QRDRLYNDNQ VFAKYNVSRL QPYLKLRQAL LELRPAKNVL IDGVLGSGKT WVALDVCLSY K VQCKMDFK ...文字列: YQYKDILSVF EDAFVDNFDC KDVQDMPKSI LSKEEIDHII MSKDAVSGTL RLFWTLLSKQ EEMVQKFVEE VLRINYKFLM SPIKTEQRQ PSMMTRMYIE QRDRLYNDNQ VFAKYNVSRL QPYLKLRQAL LELRPAKNVL IDGVLGSGKT WVALDVCLSY K VQCKMDFK IFWLNLKNCN SPETVLEMLQ KLLYQIDPNW TSRSDHSSNI KLRIHSIQAE LRRLLKSKPY ENCLLVLLNV QN AKAWNAF NLSCKILLTT RFKQVTDFLS AATTTHISLD HHSMTLTPDE VKSLLLKYLD CRPQDLPREV LTTNPRRLSI IAE SIRDGL ATWDNWKHVN CDKLTTIIES SLNVLEPAEY RKMFDRLSVF PPSAHIPTIL LSLIWFDVIK SDVMVVVNKL HKYS LVEKQ PKESTISIPS IYLELKVKLE NEYALHRSIV DHYNIPKTFD SDDLIPPYLD QYFYSHIGHH LKNIEHPERM TLFRM VFLD FRFLEQKIRH DSTAWNASGS ILNTLQQLKF YKPYICDNDP KYERLVNAIL DFLPKIEENL ICSKYTDLLR IALMAE DEA IFEEAHKQVQ RFDDRVWFTN HGRFHQHRQI INLGDNEGRH AVYLHNDFCL IALASGQILL TDVSLEGEDT YLLRDES DS SDILRMAVFN QQKHLITLHC NGSVKLWSLW PDCPGRRHSG GSKQQLVNSV VKRFIGSYAN LKIVAFYLNE DAGLPEAN I QLHVAFINGD VSILNWDEQD QEFKLSHVPV LKTMQSGIRC FVQVLKRYYV VCTSNCTLTV WDLTNGSSNT LELHVFNVE NDTPLALDVF DERSKTATVL LIFKYSVWRL NFLPGLSVSL QSEAVQLPEG SFITCGKRST DGRYLLLGTS EGLIVYDLKI SDPVLRSNV SEHIECVDIY ELFDPVYKYI VLCGAKGKQV VHVHTLRSVS GSNSHQNREI AWVHSADEIS VMTKACLEPN V YLRSLMDM TRERTQLLAV DSKERIHLIK PAISRISEWS TITPTHAASN CKINAISAFN DEQIFVGYVD GVIIDVIHDT AL PQQFIEE PIDYLKQVSP NILVASAHSA QKTVIFQLEK IDPLQPNDQW PLMMDVSTKY ASLQEGQYII LFSDHGVCHL DIA NPSAFV KPKDSEEYIV GFDLKNSLLF LAYENNIIDV FRLIFSCNQL RYEQICEEEI AQKAKISYLV ATDDGTMLAM GFEN GTLEL FAVENRKVQL IYSIEEVHEH CIRQLLFSPC KL UniProtKB: Apaf-1 related killer DARK |
-分子 #2: Caspase Dronc
分子 | 名称: Caspase Dronc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 12.039956 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPKRHREHIR KNLNILVEWT NYERLAMECV QQGILTVQML RNTQDLNGKP FNMDEKDVRV EQHRRLLLKI TQRGPTAYNL LINALRNIN CLDAAVLLES VDE UniProtKB: Caspase Dronc |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |