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万見
- EMDB-3862: FMDV A10 dissociated pentamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3862
タイトルFMDV A10 dissociated pentamer
マップデータ
試料FMDV A10 dissociated pentamer != Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61)

FMDV A10 dissociated pentamer

  • ウイルス: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (口蹄疫ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
キーワードA10 / FMDV (口蹄疫ウイルス) / Pentamer / CryoEM (低温電子顕微鏡法) / virus (ウイルス) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ペプチダーゼ / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / regulation of translation / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...L-ペプチダーゼ / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / regulation of translation / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. ...Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (口蹄疫ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å
データ登録者Kotecha A / Malik N
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000099, G1100525/1 英国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2017
タイトル: Structures of foot and mouth disease virus pentamers: Insight into capsid dissociation and unexpected pentamer reassociation.
著者: Nayab Malik / Abhay Kotecha / Sarah Gold / Amin Asfor / Jingshan Ren / Juha T Huiskonen / Tobias J Tuthill / Elizabeth E Fry / David I Stuart /
要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) belongs to the Aphthovirus genus of the Picornaviridae, a family of small, icosahedral, non-enveloped, single-stranded RNA viruses. It is a highly infectious ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) belongs to the Aphthovirus genus of the Picornaviridae, a family of small, icosahedral, non-enveloped, single-stranded RNA viruses. It is a highly infectious pathogen and is one of the biggest hindrances to the international trade of animals and animal products. FMDV capsids (which are unstable below pH6.5) release their genome into the host cell from an acidic compartment, such as that of an endosome, and in the process dissociate into pentamers. Whilst other members of the family (enteroviruses) have been visualized to form an expanded intermediate capsid with holes from which inner capsid proteins (VP4), N-termini (VP1) and RNA can be released, there has been no visualization of any such state for an aphthovirus, instead the capsid appears to simply dissociate into pentamers. Here we present the 8-Å resolution structure of isolated dissociated pentamers of FMDV, lacking VP4. We also found these pentamers to re-associate into a rigid, icosahedrally symmetric assembly, which enabled their structure to be solved at higher resolution (5.2 Å). In this assembly, the pentamers unexpectedly associate 'inside out', but still with their exposed hydrophobic edges buried. Stabilizing interactions occur between the HI loop of VP2 and its symmetry related partners at the icosahedral 3-fold axes, and between the BC and EF loops of VP3 with the VP2 βB-strand and the CD loop at the 2-fold axes. A relatively extensive but subtle structural rearrangement towards the periphery of the dissociated pentamer compared to that in the mature virus provides insight into the mechanism of dissociation of FMDV and the marked difference in antigenicity.
履歴
登録2017年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月20日-
マップ公開2017年9月20日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5oyi
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3862.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3862.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.033 / ムービー #1: 0.033
最小 - 最大-0.067475475 - 0.117587954
平均 (標準偏差)0.0007149561 (±0.006313616)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 270.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z270.000270.000270.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0670.1180.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FMDV A10 dissociated pentamer

全体名称: FMDV A10 dissociated pentamer
要素
  • ウイルス: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (口蹄疫ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein

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超分子 #1: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61)

超分子名称: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12112 / 生物種: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 455 kDa/nm
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Foot and Disease Virus A1061 / 直径: 30.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: L-ペプチダーゼ
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 20.09798 KDa
組換発現生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)
配列文字列:
RHHTDVGFIM DRFVKINSLS PTHVIDLMQT HKHGIVGALL RAATYYFSDL EIVVRHDGNL TWVPNGAPEA ALSNTSNPTA YNKAPFTRL ALPYTAPHRV LATVYDGTNK YSASDSRSGD LGSIAARVAT QLPASFNYGA IQAQAIHELL VRMKRAELYC P RPLLAIKV TSQDRYKQKI IAPA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: L-ペプチダーゼ
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 20.701512 KDa
組換発現生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)
配列文字列:
SVGVTYGYST EEDHVAGPNT SGLETRVVQA ERFFKKFLFD WTTDKPFGYL TKLELPTDHH GVFGHLVDSY AYMRNGWDVE VSAVGNQFN GGCLLVAMVP EWKAFDTREK YQLTLFPHQF ISPRTNMTAH ITVPYLGVNR YDQYKKHKPW TLVVMVLSPL T VSNTAAPQ IKVYANIAPT YVHV

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: L-ペプチダーゼ
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 24.233992 KDa
組換発現生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)
配列文字列: GIFPVACADG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPKTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLRFDDG KPYVVTRADD TRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYT QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYIPPG VETPPDTPEE AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY ...文字列:
GIFPVACADG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPKTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLRFDDG KPYVVTRADD TRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYT QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYIPPG VETPPDTPEE AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY AYTASDTAET TNVQGWVCVY QITHGKAEND TLLVSASAGK DFELRLPIDP RTQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM Hepes, 200mM NaCl
グリッドモデル: C-Flats R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 6 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 18 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 160000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1570 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1zbe

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 4260
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 200
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5oyi:
FMDV A10 dissociated pentamer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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